具有自我更新能力和分化潛能的干細胞是哺乳動物早期胚胎發(fā)育過程中的關鍵細胞。對各種干細胞進行深入研究是理解哺乳動物發(fā)育、生長機制的關鍵,也是將干細胞應用于臨床再生醫(yī)學、治療人類疾病的前提。在m RNA水平上,RNA編輯是真核生物轉錄組和蛋白質組多樣性增加的轉錄后修飾作用。目前的研究發(fā)現(xiàn),RNA編輯有助于癌癥干細胞的產(chǎn)生和維持,而被敲除ADAR酶的小鼠可能導致胚胎死亡。在DNA水平上,內源性逆轉錄病毒是過去的逆轉錄病毒感染的遺留物。目前的研究發(fā)現(xiàn),這些內源性逆轉錄病毒不是休眠的,它們可以為基因提供啟動子或增強子。人的部分內源性逆轉錄病毒具有生理作用,包括影響胎盤發(fā)育中的合體滋養(yǎng)細胞形成和對外源性逆轉錄病毒感染的內在抗性等。但目前缺乏RNA編輯和內源性逆轉錄病毒在哺乳動物整個早期胚胎發(fā)育時期的動態(tài)變化研究,并且RNA編輯與內源性逆轉錄病毒之間是否存在關系也不清楚。因此,從多組學層面上獲得早期胚胎發(fā)育的規(guī)律并尋找一些與細胞干性有關的基因,對研究胚胎干細胞和重編程有重要作用。本研究以人、小鼠和豬為對象采用多組學方法分析并比較了三者在早期胚胎發(fā)育時期的RNA-seq和ATAC-seq數(shù)據(jù)。主要探索...

【文章頁數(shù)】：86 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻綜述
    1.1 早期胚胎發(fā)育過程相關研究
        1.1.1 胚胎發(fā)育過程概述
        1.1.2 早期胚胎發(fā)育相關基因
        1.1.3 基于RNA-seq的早期胚胎發(fā)育研究
        1.1.4 基于ATAC-seq的早期胚胎發(fā)育研究
    1.2 RNA編輯相關研究
        1.2.1 RNA編輯概述
        1.2.2 檢測RNA編輯的方法
    1.3 內源性逆轉錄病毒的相關研究
        1.3.1 內源性逆轉錄病毒概述
        1.3.2 內源性逆轉錄病毒在胚胎發(fā)育過程的相關研究
    1.4 早期胚胎發(fā)育的多組學分析研究
第二章 早期胚胎發(fā)育過程中RNA編輯的研究
    2.1 材料和方法
        2.1.1 獲取注釋信息
        2.1.2 單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)收集
        2.1.3 RNA-seq分析流程
        2.1.4 RNA編輯位點的檢測
        2.1.5 可靠性檢測
        2.1.6 RNA編輯位點的注釋
        2.1.7 編輯位點在必需與非必需基因上的分布
    2.2 結果
        2.2.1 編輯位點在功能區(qū)的分布
        2.2.2 編輯位點在染色體上的分布
        2.2.3 RNA編輯類型分布特點
        2.2.4 編輯頻率的比較
        2.2.5 必需基因的關系
        2.2.6 功能富集分析
        2.2.7 RNA編輯相關多能性基因
    2.3 討論
    2.4 小結
第三章 早期胚胎發(fā)育過程中ERV的研究
    3.1 材料和方法
        3.1.1 序列信息文件下載
        3.1.2 表達量的計算
        3.1.3 ATAC-seq數(shù)據(jù)收集
        3.1.4 ATAC-seq分析流程
        3.1.5 染色質開放區(qū)域Motif分析
    3.2 結果
        3.2.1 ERV的數(shù)量分布特征
        3.2.2 ERV在染色體上的分布特征
        3.2.3 ERV呈階段特異性表達
        3.2.4 ERV富集的序列功能
        3.2.5 ERV的染色質開放狀態(tài)
    3.3 討論
    3.4 小結
第四章 RNA編輯與ERV的相互關系的研究
    4.1 材料和方法
        4.1.1 提取含有RNA編輯位點的ERV
        4.1.2 鑒定ERV相關基因和轉錄因子
        4.1.3 ERV序列及附近區(qū)域的Motif分析
        4.1.4 ERV、ERV相關基因和轉錄因子的相關性
    4.2 結果
        4.2.1 ERV上 RNA編輯位點分布
        4.2.2 ERV在外顯子上的分布
        4.2.3 ERV上存在轉錄因子結合位點
        4.2.4 ERV上 RNA編輯位點處motif的序列特征
        4.2.5 胚胎發(fā)育相關基因與ERV的相關性
    4.3 討論
    4.4 小結
第五章 結論
    5.1 結論
    5.2 主要創(chuàng)新
    5.3 未來計劃
參考文獻
附錄
致謝
個人簡歷



本文編號：3769683