揚子鰓蛭線粒體基因組全序列測定及其系統(tǒng)學(xué)地位——基于Pacbio和Illumina技術(shù)
發(fā)布時間:2023-01-14 14:22
利用Illumina和Pacbio測序技術(shù)對揚子鰓蛭(Ozobranchus jantseanus)線粒體基因組全序列進行測序及注釋,并與NCBI數(shù)據(jù)庫中蛭綱(Hirudinea)其他物種的線粒體全序列的排列方式和系統(tǒng)進化關(guān)系進行了比較,以確定其系統(tǒng)學(xué)地位.結(jié)果顯示:獲得的線粒體基因組序列長度為14 868 bp,蛋白編碼基因存在2種起始密碼子,分別為ATG和ATT;終止密碼子共有4種,分別為TAA,TAG,TA和T;蛭綱10個物種的線粒體基因組全序列基因排序可分為2種類型,其差異表現(xiàn)在tRNAs的互換和長非編碼區(qū)的長度的不同;揚子鰓蛭所屬的吻蛭目(Rhynchobdellida)均為b型,絕大部分無吻蛭目(Arhynchobdellida)的排列方式為a型.基于蛭綱物種的13個蛋白編碼基因(PCGs)的Neighbor-Joining(NJ)樹進化分析顯示,揚子鰓蛭與其他吻蛭目物種聚類.
【文章頁數(shù)】:8 頁
【部分圖文】:
圖1PacBioSubreads的長度分布Fig.1LengthDistributionofPacBioSubreads
圖3蛭綱線粒體基因組基因序列差異Fig.3DifferencesinGeneOrderintheMitochondrialGenomesfromtheHirudinea
圖4基于線粒體13個蛋白編碼基因DNA序列構(gòu)建的蛭綱物種的NJ樹Fig.4NJPhylogeneticTreeofHirudineaSpeciesBasedon13PCGs
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]線粒體基因組的遺傳與進化研究進展[J]. 潘寶平,卜文俊. 生物學(xué)通報. 2005(08)
[2]動物線粒體假基因的識別及其在進化生物學(xué)中的應(yīng)用[J]. 王繼文. 動物學(xué)雜志. 2004(03)
[3]烏龜寄生性鰓蛭病的防治探討[J]. 李良華,邊書京,蔡軍,陳定貴,王維龍,李冬泉. 動物科學(xué)與動物醫(yī)學(xué). 2002(05)
碩士論文
[1]無吻蛭目五種水蛭線粒體基因組注釋分析[D]. 徐云玲.湖北中醫(yī)藥大學(xué) 2013
本文編號:3730646
【文章頁數(shù)】:8 頁
【部分圖文】:
圖1PacBioSubreads的長度分布Fig.1LengthDistributionofPacBioSubreads
圖3蛭綱線粒體基因組基因序列差異Fig.3DifferencesinGeneOrderintheMitochondrialGenomesfromtheHirudinea
圖4基于線粒體13個蛋白編碼基因DNA序列構(gòu)建的蛭綱物種的NJ樹Fig.4NJPhylogeneticTreeofHirudineaSpeciesBasedon13PCGs
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]線粒體基因組的遺傳與進化研究進展[J]. 潘寶平,卜文俊. 生物學(xué)通報. 2005(08)
[2]動物線粒體假基因的識別及其在進化生物學(xué)中的應(yīng)用[J]. 王繼文. 動物學(xué)雜志. 2004(03)
[3]烏龜寄生性鰓蛭病的防治探討[J]. 李良華,邊書京,蔡軍,陳定貴,王維龍,李冬泉. 動物科學(xué)與動物醫(yī)學(xué). 2002(05)
碩士論文
[1]無吻蛭目五種水蛭線粒體基因組注釋分析[D]. 徐云玲.湖北中醫(yī)藥大學(xué) 2013
本文編號:3730646
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