以68種蕨類植物和2種石松類植物的rps12基因為對象,在系統(tǒng)發(fā)育背景下,結(jié)合最大似然法,使用HyPhy和PAML軟件對該基因進(jìn)行進(jìn)化速率和適應(yīng)性進(jìn)化研究。結(jié)果顯示:位于IR區(qū)的外顯子2～3,其替換率明顯降低,rps12基因編碼序列的替換率也隨之降低,且rps12基因密碼子第3位的GC含量明顯升高;在蕨類植物的進(jìn)化過程中,3’-rps12更傾向定位于IR區(qū),以保持較低的替換率; rps12基因編碼的123個氨基酸位點(diǎn)中,共檢測到4個正選擇位點(diǎn)和116個負(fù)選擇位點(diǎn)。研究結(jié)果表明基因序列進(jìn)入到IR區(qū)后,顯示出降低的替換率;強(qiáng)烈的負(fù)選擇壓力表明RPS12蛋白的高度保守性以及rps12基因的功能和結(jié)構(gòu)已經(jīng)趨于穩(wěn)定。 

【文章頁數(shù)】：9 頁

【文章目錄】：
1材料與方法
    1.1序列數(shù)據(jù)
    1.2分析方法
        1.2.1系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
        1.2.2進(jìn)化速率分析
        1.2.3選擇壓力分析
        1.2.4氨基酸正選擇位點(diǎn)的鑒定
2結(jié)果與分析
    2.1 rps12基因特征分析
    2.3密碼子GC含量
    2.4系統(tǒng)發(fā)育樹
    2.5進(jìn)化速率分析
        2.5.1物種分支內(nèi)外顯子1與外顯子2～3的參數(shù)均值比較
        2.5.2物種分支間基因序列的參數(shù)均值比較
        2.5.3假設(shè)檢驗
    2.6選擇壓力
    2.7正選擇氨基酸位點(diǎn)的鑒定
        2.7.1分支模型
        2.7.2位點(diǎn)模型
        2.7.3分支-位點(diǎn)模型
3討論
    3.1反向重復(fù)區(qū)內(nèi)基因序列替換率的降低
    3.2適應(yīng)性進(jìn)化


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]水龍骨科附生蕨類Rubisco大亞基的適應(yīng)性進(jìn)化:正向選擇位點(diǎn)的鑒定[J]. 蘇應(yīng)娟,王艇.  中山大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2008(05)
[2]蕨類植物葉綠體rps4基因的適應(yīng)性進(jìn)化分析[J]. 張麗君,陳潔,王艇.  植物研究. 2010(01)



本文編號：3693048