hsa-miR-150-5p的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2022-07-29 14:24
目的探討hsa-miR-150-5p在其基因家族的進(jìn)化關(guān)系及可能介入的生物學(xué)過程。方法利用人類miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)(HMED)獲得hsa-miR-150-5p在不同組織和疾病中特異性表達(dá)豐度信息,運(yùn)用miRBase、Clustalw2和MEGA5.0分析軟件獲取hsa-miR-150-5p的染色體定位、堿基序列比對(duì)特征和進(jìn)化規(guī)律等基本信息,通過miRDB、PicTar和TargetScan進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè),采用基因本體(GO)和代謝通路富集分析(KEGG)對(duì)靶基因的生物學(xué)功能注釋分析,進(jìn)一步認(rèn)識(shí)hsa-miR-150-5p的生物學(xué)功能。結(jié)果通過同源性搜索在miRBase數(shù)據(jù)中獲得miR-150基因家族成員的序列36條,分布于23個(gè)物種。多序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)miR-150基因家族成員序列堿基保守性很高,其中有16個(gè)堿基完全保守,6個(gè)堿基相對(duì)保守。進(jìn)化分析表明人類的miR-150與青鳉、三文魚、鉗魚、斑馬魚的分子系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn),與其他18個(gè)物種的進(jìn)化關(guān)系較近。對(duì)miRDB、PicTar和TargetScan預(yù)測(cè)的靶基因進(jìn)行交集后共得到25個(gè)靶基因,GO分析結(jié)果顯示靶基因參與多個(gè)信號(hào)通路的調(diào)節(jié),包...
【文章頁(yè)數(shù)】:6 頁(yè)
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 材料
1.2 方法
1.2.1 hsa-miR-150-5p表達(dá)譜分析
1.2.2 序列分析
1.2.3靶基因預(yù)測(cè)及功能注釋
2 結(jié)果
2.1 hsa-miR-150-5p表達(dá)譜
2.2 miR-150基因家族成員的分布特征分析
2.3 hsa-miR-150-5p序列同源性分析
2.4 miR-150基因家族成員系統(tǒng)進(jìn)化分析
2.5 miR-150靶基因預(yù)測(cè)及功能分析
3 討論
本文編號(hào):3666627
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1 材料與方法
1.1 材料
1.2 方法
1.2.1 hsa-miR-150-5p表達(dá)譜分析
1.2.2 序列分析
1.2.3靶基因預(yù)測(cè)及功能注釋
2 結(jié)果
2.1 hsa-miR-150-5p表達(dá)譜
2.2 miR-150基因家族成員的分布特征分析
2.3 hsa-miR-150-5p序列同源性分析
2.4 miR-150基因家族成員系統(tǒng)進(jìn)化分析
2.5 miR-150靶基因預(yù)測(cè)及功能分析
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