超氧化物歧化酶（SOD）在植物生長和發(fā)育過程中具有關(guān)鍵作用,為明確SOD基因在辣椒生長發(fā)育等中的作用,本文借助生物信息學(xué)手段,通過HMMER3. 0、NCBI-CDD、ProtParam tool、GSDS、MEME、MEGA5. 0、TBtools、SOPMA、SWISS-MODEL等軟件對辣椒SOD基因家族的結(jié)構(gòu)域、蛋白理化性質(zhì)、基因結(jié)構(gòu)、保守基序、系統(tǒng)進化、熱圖表達、蛋白高級結(jié)構(gòu)等進行分析,共鑒定出15條SOD家族成員,其氨基酸數(shù)目在55～326之間,分子量介于5 753. 35～34557. 55,理論等電點在4. 80～9. 84之間,大多數(shù)為酸性穩(wěn)定的親水性蛋白;內(nèi)含子數(shù)目在1～9之間;同一亞族的SOD基因具有相似的保守基序。系統(tǒng)進化樹分析顯示,SOD基因家族可分為GroupⅠ、GroupⅡ兩個亞族,同一亞族含有相同的保守基序以及相似的基因結(jié)構(gòu)。辣椒SOD基因在不同組織和發(fā)育階段的表達水平差異顯著。α-螺旋和無規(guī)則卷曲是該基因家族主要的二級結(jié)構(gòu),三級結(jié)構(gòu)中都含有螺旋-轉(zhuǎn)角-螺旋結(jié)構(gòu)。 

【文章來源】：石河子大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2020,38(06)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 辣椒SOD基因的獲取及序列分析
    1.2 辣椒SOD基因序列結(jié)構(gòu)分析
    1.3 辣椒SOD基因進化樹分析
    1.4 辣椒SOD基因家族在不同組織中的表達量
    1.5 辣椒SOD基因家族蛋白二、三級結(jié)構(gòu)和信號肽分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 辣椒SOD主結(jié)構(gòu)域鑒定
    2.2 辣椒SOD蛋白理化性質(zhì)分析
    2.3 辣椒SOD基因結(jié)構(gòu)與蛋白基序分析
    2.4 辣椒SOD蛋白系統(tǒng)進化分析
    2.5 辣椒SOD基因表達模式分析
    2.6 辣椒SOD蛋白二級結(jié)構(gòu)分析
    2.7 辣椒SOD蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
3 討論
4 結(jié)論


【參考文獻】：
期刊論文
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