蛋白質(zhì)賴氨酸修飾數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及生物信息學(xué)預(yù)測(cè)
發(fā)布時(shí)間：2022-02-12 23:20
蛋白質(zhì)賴氨酸修飾是生物體內(nèi)非常重要的一類修飾,發(fā)生在蛋白質(zhì)翻譯完成后,在蛋白質(zhì)賴氨酸殘基上共價(jià)結(jié)合不同分子基團(tuán)或小蛋白質(zhì)的過程。蛋白質(zhì)賴氨酸修飾影響蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)、活性以及定位,參與多種生物學(xué)過程,例如蛋白質(zhì)降解、細(xì)胞分化、基因表達(dá)、DNA復(fù)制及損傷修復(fù)、體內(nèi)代謝和自噬等。蛋白質(zhì)賴氨酸修飾的異常狀態(tài)常常與諸如癌癥等疾病有著密切的關(guān)系。近年來,隨著高通量質(zhì)譜技術(shù)和賴氨酸修飾特異性抗體的飛速發(fā)展,積累了海量的蛋白質(zhì)賴氨酸修飾數(shù)據(jù)。如何整合和挖掘這些數(shù)據(jù)并為實(shí)驗(yàn)研究提供有價(jià)值參考是該領(lǐng)域亟待解決的問題。因此,本文對(duì)蛋白質(zhì)賴氨酸修飾進(jìn)行了系統(tǒng)的生物信息學(xué)研究。我們首先構(gòu)建了蛋白質(zhì)賴氨酸修飾綜合數(shù)據(jù)庫(kù)PLMD 3.0。通過文獻(xiàn)檢索和數(shù)據(jù)庫(kù)整合,我們搜集了176個(gè)物種中53,501個(gè)蛋白質(zhì)上總共284,780個(gè)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的賴氨酸修飾位點(diǎn),涉及20種不同的賴氨酸修飾,包括九種�；愋揎�,四種泛素和類泛素修飾以及七種其它類型的賴氨酸修飾。基于PLMD數(shù)據(jù)集,我們發(fā)現(xiàn)16種賴氨酸修飾具有顯著發(fā)生模體。此外,我們還發(fā)現(xiàn)65,297個(gè)賴氨酸修飾位點(diǎn)原位相互影響現(xiàn)象,表明不同賴氨酸修飾原位相互影響事件顯著存在。迄...
【文章來源】：華中科技大學(xué)湖北省211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：113 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
結(jié)合賴氨酸殘基的不同配體分子修飾的示意圖
1.2 蛋白質(zhì)�；� KDACs 和 KATs 可逆調(diào)控。蛋白質(zhì)�；捎少嚢彼狨；D(zhuǎn)移酶（KAT催化，賴氨酸去�；福↘DACs）去除。ure 1.2 Protein acylation is balanced by KDACs and KATs. Protein acylation can be enzymaticatalyzed by lysine acyltransferases (KATs) and removed by lysine deacylases (KDACs).酰酶。Zn2+依賴性 HDAC 擁有高度保守的去乙酰酶結(jié)構(gòu)域，通常被稱為經(jīng)AC 或經(jīng)典 KDAC。基于進(jìn)化保守性和序列相似性，經(jīng)典 KDAC 進(jìn)一步被分I 類，IIa 類，IIb 類和 IV 類。I 類和 IV 類 KDAC 位于細(xì)胞核，IIb 類 KDA胞質(zhì)，信號(hào)響應(yīng)類 IIa KDAC 主要位于細(xì)胞核，但在信號(hào)激活后輸出到細(xì)胞tuin 去乙酰酶，也被稱為 III 類 KDACs，定位于不同的細(xì)胞區(qū)室，包括細(xì)胞核（SSIRT6），核仁（SIRT7），細(xì)胞質(zhì)（SIRT2）和線粒體（SIRT3，SIRT4 和 SIR。乙�；揎椫泻土速嚢彼嵘系恼姾�，改變其上 R 基團(tuán)的結(jié)構(gòu)，從而對(duì)修[3, 60]
圖 1.3 泛素和類泛素修飾蛋白質(zhì)的基本過程。。Figure 1.3 Illustration of the basic set of reactions in protein modification by Ubiquitin andUbiquitin-like ptotein.合，進(jìn)而調(diào)控被標(biāo)記底物的功能。經(jīng)由 K48 位置連接的 K48 聚泛素鏈?zhǔn)亲畛Ｒ姅?shù)量超過了目前所有鏈型的一半以上，K48 聚泛素鏈?zhǔn)堑鞍酌阁w降解該底物的。K63 聚泛素鏈，作為細(xì)胞內(nèi)數(shù)目第二多的鏈型，其主要的功能是調(diào)控細(xì)胞內(nèi)號(hào)傳導(dǎo)。但聚泛素鏈并不是 Ub 發(fā)揮調(diào)控功能的唯一途徑，單泛素化或多泛素化節(jié)蛋白質(zhì)的活性方面也發(fā)揮著重要的作用[76]。蛋白質(zhì)賴氨酸泛素化是一個(gè)可逆的修飾過程，由許多去泛素化酶完成[55]。雖 Ub 連接酶相比，DUBs 的研究較少，但它代表了一大批對(duì) Ub、Ub 偶聯(lián)物和具有特異性的蛋白酶。在人類基因組中，超過 100 個(gè)可能編碼 DUB 的基因被識(shí)來。根據(jù)這些 DUBs 結(jié)構(gòu)和作用，去泛素化酶可分為六種，包括 UCHs、OTU
本文編號(hào)：3622567
【文章來源】：華中科技大學(xué)湖北省211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：113 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
結(jié)合賴氨酸殘基的不同配體分子修飾的示意圖
1.2 蛋白質(zhì)�；� KDACs 和 KATs 可逆調(diào)控。蛋白質(zhì)�；捎少嚢彼狨；D(zhuǎn)移酶（KAT催化，賴氨酸去�；福↘DACs）去除。ure 1.2 Protein acylation is balanced by KDACs and KATs. Protein acylation can be enzymaticatalyzed by lysine acyltransferases (KATs) and removed by lysine deacylases (KDACs).酰酶。Zn2+依賴性 HDAC 擁有高度保守的去乙酰酶結(jié)構(gòu)域，通常被稱為經(jīng)AC 或經(jīng)典 KDAC。基于進(jìn)化保守性和序列相似性，經(jīng)典 KDAC 進(jìn)一步被分I 類，IIa 類，IIb 類和 IV 類。I 類和 IV 類 KDAC 位于細(xì)胞核，IIb 類 KDA胞質(zhì)，信號(hào)響應(yīng)類 IIa KDAC 主要位于細(xì)胞核，但在信號(hào)激活后輸出到細(xì)胞tuin 去乙酰酶，也被稱為 III 類 KDACs，定位于不同的細(xì)胞區(qū)室，包括細(xì)胞核（SSIRT6），核仁（SIRT7），細(xì)胞質(zhì)（SIRT2）和線粒體（SIRT3，SIRT4 和 SIR。乙�；揎椫泻土速嚢彼嵘系恼姾�，改變其上 R 基團(tuán)的結(jié)構(gòu)，從而對(duì)修[3, 60]
圖 1.3 泛素和類泛素修飾蛋白質(zhì)的基本過程。。Figure 1.3 Illustration of the basic set of reactions in protein modification by Ubiquitin andUbiquitin-like ptotein.合，進(jìn)而調(diào)控被標(biāo)記底物的功能。經(jīng)由 K48 位置連接的 K48 聚泛素鏈?zhǔn)亲畛Ｒ姅?shù)量超過了目前所有鏈型的一半以上，K48 聚泛素鏈?zhǔn)堑鞍酌阁w降解該底物的。K63 聚泛素鏈，作為細(xì)胞內(nèi)數(shù)目第二多的鏈型，其主要的功能是調(diào)控細(xì)胞內(nèi)號(hào)傳導(dǎo)。但聚泛素鏈并不是 Ub 發(fā)揮調(diào)控功能的唯一途徑，單泛素化或多泛素化節(jié)蛋白質(zhì)的活性方面也發(fā)揮著重要的作用[76]。蛋白質(zhì)賴氨酸泛素化是一個(gè)可逆的修飾過程，由許多去泛素化酶完成[55]。雖 Ub 連接酶相比，DUBs 的研究較少，但它代表了一大批對(duì) Ub、Ub 偶聯(lián)物和具有特異性的蛋白酶。在人類基因組中，超過 100 個(gè)可能編碼 DUB 的基因被識(shí)來。根據(jù)這些 DUBs 結(jié)構(gòu)和作用，去泛素化酶可分為六種，包括 UCHs、OTU
本文編號(hào)：3622567
本文鏈接：http://sikaile.net/projectlw/swxlw/3622567.html
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