真核生物的染色質(zhì)在細(xì)胞核中高度折疊且有序排列,這種三維結(jié)構(gòu)對基因轉(zhuǎn)錄和DNA復(fù)制等細(xì)胞功能發(fā)揮至關(guān)重要。近年來Hi-C數(shù)據(jù)的涌現(xiàn),使得研究染色質(zhì)三維交互作用及其空間結(jié)構(gòu)成為了可能。自2009年Hi-C被開發(fā)以來,已經(jīng)出現(xiàn)了許多用于處理Hi-C數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)工具,從原始序列比對到接觸矩陣的可視化,均提供了系統(tǒng)的Hi-C數(shù)據(jù)處理過程或解決某一個(gè)特定問題的方法。本研究全面介紹了傳統(tǒng)的Hi-C數(shù)據(jù)處理工作流程,以及近十年來新興的Hi-C數(shù)據(jù)處理工具以及其未來發(fā)展方向。 

【文章來源】：基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(04)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 Hi-C數(shù)據(jù)處理工作流程
    1.1 配對末端讀段比對到參考基因組
    1.2 過濾實(shí)驗(yàn)偏差
    1.3 原始交互矩陣的歸一化處理
    1.4 后續(xù)相關(guān)研究介紹
2 主流的Hi-C數(shù)據(jù)分析工具
3 常用的歸一化工具
4 常用的可視化工具
5 不同數(shù)據(jù)分析工具的對比分析
6 結(jié)論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]全基因組染色質(zhì)相互作用Hi-C文庫制備的優(yōu)化及其質(zhì)量控制[J]. 張香媛,何超,葉丙雨,謝德健,師明磊,張彥,沈文龍,李平,趙志虎.  遺傳. 2017(09)
[2]染色質(zhì)構(gòu)象解析技術(shù)——Hi-C及染色質(zhì)構(gòu)象信息提取[J]. 胡文橋,侯越,張峰,劉宏德,孫嘯.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2015(11)



本文編號：3594586