發(fā)布時間：2022-01-06 11:35

　　水青樹為水青樹科單種孑遺植物,具有重要的科學研究、觀賞、藥用和木材利用等價值,其種群數(shù)量稀少,自然更新困難,已被我國列為國家二級重點保護植物。本研究以簡化基因組測序（RAD-seq）技術(shù)為基礎(chǔ)開發(fā)SSR標記位點,并將其應(yīng)用于水青樹的遺傳多樣性及群體遺傳結(jié)構(gòu)分析,其研究結(jié)果對于該物種的科學研究和保護具有重要意義。主要研究結(jié)果如下:（1）水青樹SSR標記位點的開發(fā)利用高通量測序技術(shù)（HTS）得到了大量的數(shù)據(jù)信息,其中在8322400條序列中查找SSR位點,共識別出121022個SSRs,其中復(fù)合SSRs有6672個;優(yōu)勢核苷酸重復(fù)序列為單核苷酸重復(fù),有63985個,占總重復(fù)類型的59.14%;其次為二核苷酸重復(fù),有31068個,占總重復(fù)類型的28.71%。在二核苷酸重復(fù)中,以AG、AT的堿基重復(fù)比例最高;三核苷酸重復(fù)以AAG/CTT、AGC/GCT為主要重復(fù)。以重復(fù)基元最小重復(fù)次數(shù)為5為標準,我們共設(shè)計得到了1212對引物,從中選擇了67對引物進行合成并檢測其多態(tài)性高低,其中52對引物具有擴增產(chǎn)物,48對引物具有多態(tài)性,占總引物的92.31%。根據(jù)位點多態(tài)信息含量（PIC）值篩選出了14對... 

【文章來源】：西華師范大學四川省

【文章頁數(shù)】：61 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

水青樹SSR重復(fù)基元的分布比例Fig2-1TheSSRrepetitiveelementdistributionofT.sinense重復(fù)單元類型及發(fā)生頻率的分析結(jié)果顯示，水青樹基因組序列片段

第二章基于RAD-seq技術(shù)開發(fā)水青樹SSR分子標記13圖2-2水青樹基因組序列片段中二、三堿基重復(fù)基元的類型及出現(xiàn)頻率Fig2-2ThetypeandfrequencyoftwoandthreerepeatunitsingenomicsequencefragmentsofT.sinense.表2-3水青樹基因組SSR序列中二、三堿基重復(fù)基元的類型及出現(xiàn)頻率Table2-3Di-andtri-nucleotideSSRrepeatmotifsandtheirfrequenciesinthegenomeofT.sinense堿基重復(fù)Repeatmotif重復(fù)次數(shù)Repeatnumbers合計Total頻率567891011≥12FrequencyAC/GT017464291891296847284289212.31AG/CT02236150210277285323841776818534.85AT/TA025451494926658409219625687629.28CG/GC0128631012251191017897.62AAC/GTT5120932003880.37AAG/CTT338125764320106166342.70AAT/ATT81699631415631310294.38ACC/GGT14747251530202391.02ACG/CGT1204124111077172270.97ACT/AGT52111122303840.36AGC/GCT2821218345208555692.42AGG/CCT7652171322041660.71ATC/GAT1644821765392631.12CCG/CGG3476417653104431.89合計Total239384414081242316511072678274523484頻率Frequency10.1935.9417.3810.327.034.562.8911.692.3.2SSR分子標記多態(tài)性分析與引物篩選利用生物信息學軟件得到114350條含SSR位點的高質(zhì)量序列，共設(shè)計出1212對引物，以用于對水青樹種群內(nèi)不同個體間的多態(tài)性檢測。在設(shè)計好的1212對水

第二章基于RAD-seq技術(shù)開發(fā)水青樹SSR分子標記16圖2-359號引物對16個水青樹材料的擴增結(jié)果Fig2-3Amplificationresultsofprimer59forTetracentronsinenseOliv.表2-521對SSR引物信息Table2-521SSRprimersofTetracentronsinenseOliv.引物編號Primercode引物序列（5，-3，）Primersequence(5"-3")重復(fù)基元Repeatmotif目的片段大小（bp）Expectedamplificationproduct退火溫度Tm(℃)SSR5F:CGACGAGAGTTCTTCGTTCC(AAG)99550R:GGAGTGGGTGAGCTTCATTCSSR6F:CGAGCTCAAGGAAGAATACTTTG(TCT)99958R:AAACCTTAAGCCTAGATCTTGAACTSSR7F:CGATTCGTCTCTTTATTTCTCCTC(TCT)89954R:AGACGCAGAAACCCTAGCAGSSR19F:ATGCTGGGATAACAAGGCAG(TTTG)69552R:CCAGAGCAAAACTCCATCTCASSR23F:CGATAAAAGCTCGCCCATT(TCGGC)78550R:TTTGACAATTCTATAATAGGGGTGGSSR24F:CGAATAAAGGGTATAGGATGTTCTT(TCTTC)89460R:CGCTGTTCACAAAGAGAAGGSSR27F:GAGCCGAGCCTGAACAATAG(GGCTC)78052R:GAACCAGTGGGAAGCAAAGASSR29F:GGGTCGCCGTTTCTTACTTT(CGGATT)68656R:TCCGGCTAAATGGATACCAASSR31F:CGATCTCTTTCAAGAATGCCA(CTC)810054R:TGGACTGACTCTTCAGGAGATGSSR32F:GACATTACATGGGGGACGAC(GGA)108958R:CCCCATCTTCTTCTCCTCATCSSR34F:AAATTTTCCGGATGTGCGT(GTAT)88850R:GGATGCCGGGTAAAAAGCSSR36F:GAGGTGAGGACTAAAGACTCCG(TTTTC)69052R:ATTTGTGGCGGTTTCAAAAASSR38F:CGAAGAAGCTGATTGACAGAGA(AG)2210054R:GTGGCCACGAAAAAGACTGTSSR39F:CTTTTGAGTTATCGTGCGCC(AC)178852R:TATGTGCGGATGTGTGTGTG

【參考文獻】：
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碩士論文
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[3]丹霞梧桐EST-SSR標記位點開發(fā)及其群體遺傳結(jié)構(gòu)分析[D]. 陳璐.中南林業(yè)科技大學 2018
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本文編號：3572377