全基因組關(guān)聯(lián)研究（genome-wide association studies,GWAS）已經(jīng)鑒定出多個與帕金森�。≒arkinson’s disease,PD）相關(guān)的遺傳變異。然而,通過遺傳變異影響PD的風(fēng)險基因及功能性DNA元件仍然是未知的。本研究通過整合GWAS、表達(dá)數(shù)量性狀基因座（expression quantitative trait locus,e QTL）和甲基化定量性狀基因座等組學(xué)數(shù)據(jù),鑒別了PD的風(fēng)險基因并解析了其潛在的致病機(jī)制。首先,本文基于元分析方法匯總了兩組GWAS數(shù)據(jù),共得到超過600萬個單核苷酸多態(tài)性位點,其中1,678個與PD顯著相關(guān)（BHadjusted p-value<7.83e-09）。這些顯著位點的富集分析涉及了軸突、神經(jīng)元至神經(jīng)元突觸以及GABA能突觸等與PD相關(guān)的通路,表明經(jīng)過元分析的GWAS數(shù)據(jù)能夠反映PD的病理特征。其次,采用基于匯總數(shù)據(jù)的孟德爾隨機(jī)化和異質(zhì)性檢驗方法,結(jié)合元分析的GWAS數(shù)據(jù)和e QTL數(shù)據(jù)鑒別了PD的風(fēng)險基因。本研究發(fā)現(xiàn)了四個PD的風(fēng)險基因在元分析GWAS結(jié)果中具有顯著的效應(yīng):CRHR1、KANSL1、NSF和... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
1 前言
    1.1 帕金森病的研究進(jìn)展概述
    1.2 帕金森病的風(fēng)險基因及其致病機(jī)制概述
        1.2.1 帕金森病的風(fēng)險基因概述
        1.2.2 帕金森病的致病機(jī)制概述
    1.3 多組學(xué)研究概述
        1.3.1 組學(xué)的相關(guān)概念
        1.3.2 多組學(xué)的研究進(jìn)展
        1.3.3 多組學(xué)研究方案的發(fā)展
    1.4 研究內(nèi)容及意義
2 材料與方法
    2.1 數(shù)據(jù)來源
    2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.2.1 全基因組測序數(shù)據(jù)的預(yù)處理
        2.2.2 基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理
        2.2.3 甲基化數(shù)據(jù)的預(yù)處理
    2.3 研究方法
        2.3.1 基于全基因組測序數(shù)據(jù)的GWAS
        2.3.2 基于效應(yīng)值的元分析
        2.3.3 遺傳位點的有效性檢驗
        2.3.4 顯著基因的富集分析
        2.3.5 基于SMR的因果關(guān)系分析
        2.3.6 基于HEIDI的因果關(guān)系檢驗
        2.3.7 基于PPI識別核心基因網(wǎng)絡(luò)
        2.3.8 甲基化探針的功能注釋
3 結(jié)果與分析
    3.1 基于GWAS篩選帕金森病的遺傳位點
    3.2 基于元分析篩選帕金森病的遺傳位點
        3.2.1 基于元分析匯總兩組GWAS數(shù)據(jù)集
        3.2.2 元分析GWAS數(shù)據(jù)的遺傳位點檢驗
        3.2.3 元分析GWAS數(shù)據(jù)的顯著基因富集
    3.3 基于GWAS和 eQTL數(shù)據(jù)識別帕金森病的風(fēng)險基因
        3.3.1 風(fēng)險基因的識別
        3.3.2 風(fēng)險基因的效應(yīng)解析
        3.3.3 新風(fēng)險基因的解析
        3.3.4 基于PPI評估風(fēng)險基因的結(jié)果
        3.3.5 基于獨立數(shù)據(jù)集評估風(fēng)險基因的結(jié)果
    3.4 基于多組學(xué)的多效性因果關(guān)聯(lián)結(jié)果
    3.5 基于多組學(xué)的致病機(jī)制解析
        3.5.1 甲基化探針的功能解析
        3.5.2 風(fēng)險基因的致病機(jī)制解析
4 討論與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
    附錄1 論文補充材料
    附錄2 作者簡歷及研究成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]GWAS promotes precision medicine in China[J]. Liangdan Sun,Xuejun Zhang,Lin He.  Journal of Genetics and Genomics. 2016(08)



本文編號：3430463