雙峰駝天然納米抗體庫的構(gòu)建及NGS測序鑒定多樣性的應用研究
發(fā)布時間:2021-09-24 21:55
納米抗體是由駱駝科或軟骨魚體內(nèi)僅由重鏈組成的特殊抗體的可變區(qū)克隆得到的最小的蛋白質(zhì)功能域,應用前景十分寬廣。本課題首先探究了駱駝源樣本RNA的提取方法,并對其提取條件進行了優(yōu)化;利用優(yōu)化后的方法獲取了 20峰雙峰駝外周血淋巴細胞和1峰雙峰駝脾臟細胞RNA,經(jīng)cDNA反轉(zhuǎn)、擴增、連接噬菌體,電轉(zhuǎn)化等步驟構(gòu)建了 4個駝源天然納米抗體庫,采用固體菌落計數(shù)法和高通量測序技術(shù)對四個文庫的庫容量和多樣性進行了鑒定。結(jié)果如下。1.RNA提取優(yōu)化實驗的結(jié)果顯示,兩種提取方法得到的RNA的A260/A280值和A260/A230值的數(shù)據(jù)均處于正常值區(qū)間;RNA的得率方面,沉淀法優(yōu)于硅基膜法,是其2倍以上;RT-PCR檢測發(fā)現(xiàn)硅基膜法提取的RNA可見目的條帶。2.噬菌體展示文庫實驗結(jié)果顯示,成功構(gòu)建了 CNL1、CNL2、CNL3和CNL4四個抗體文庫,且?guī)烊萘烤^好,分別為4.21× 109、4.10×109、1.74×109和4.10×109。經(jīng)隨機克隆抽樣驗證插入率,表明四個抗體庫的插入率均為100%。3.高通量測序數(shù)據(jù)顯示唯一序列與非唯一序列的比例分別為87.70%、89.22%、89.84%和8...
【文章來源】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學內(nèi)蒙古自治區(qū)
【文章頁數(shù)】:70 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1技術(shù)路線圖??Fig.?1?Technology?road?map??
83.00a±48.57?1?353.00b±86.60?0.12?0.06?2.00??80?3?023.00^:176.70?1?125.00b±33.28?0.11?0.04?2.75??注:得率:濃度X體積/脾臟用量(體積30.0?nL);同一行上標相同字母代表差異不顯著(尸>0.05),不同字母??代表差異顯著(p<〇.〇5)。??為了更直觀的探宄TRIzol試劑用量與脾臟組織用量對兩種方法提取總RNA濃??度的影響,根據(jù)脾臟組織用量與最終的RNA提取濃度數(shù)據(jù),作了如圖2所示的擬??合曲線。圖2顯示,隨著脾臟量的增加,無論沉淀法還是硅基膜法均呈現(xiàn)上升的趨??勢,且沉淀法比硅基膜法上升較快;沉淀法的擬合方程為Y=39.723X+26.733,??R2=0.9882,擬合程度很好,說明沉淀法提取RNA較為穩(wěn)定可靠,且在脾臟量70?mg??與80?mg處,兩者的RNA濃度非常接近,上升趨勢趨于平緩;硅基膜法擬合方程??為Y=17.184X+44.396,?R2=0.8834,擬合程度較差,結(jié)合圖中曲線走向,由此說明??相較于沉淀法,硅基膜法對駱駝脾臟RNA的提取效果不好,穩(wěn)定性差,對于珍貴??的樣品而言,無疑沉淀法是好的選擇。??3:00??}?=?39?723A>26.733?....??二洶0???R:?=?0.9882?>4..??*?**'?A??備?一00?.?i??7=?17?184X-?44.396??S?2000????????,.*.???R:?=?0.SS34??^?1500???-??1000?.?./????...?一一一??一?_?-?-??500?.
?內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學碩士學位論文?21_??3.1.2瓊脂糖凝膠電泳檢測結(jié)果??利用瓊脂糖凝膠電泳對兩種方法提取的駱駝脾臟組織RNA和血液淋巴細胞??RNA進行提取質(zhì)量檢測,結(jié)果如圖3和圖4所7K。如圖3a所7K,對米用沉淀法得??到的駱駝脾臟組織RNA做了瓊脂糖凝膠電泳檢測。結(jié)果顯示10?mg?80?mg的脾臟??添加量均出現(xiàn)3條帶,且條帶的明亮程度逐漸增強,這表明所獲得的RNA濃度逐??漸上升,此外條帶較為清晰分明,表明RNA基本無降解情況出現(xiàn),這均與超微量??分光光度計的測定結(jié)果保持一致。由圖3b可知,硅基膜法提取的RNA只能看到28??S和18?S這2個條帶,這與文獻報道的結(jié)果保持一致[97];此外RNA條帶清晰分明,??基本未有降解,且10?mg?50?mg脾臟量時,條帶亮度呈逐漸增強的態(tài)勢,而50?mg?80??mg的脾臟量時,條帶亮度變化較少,這與超微量分光光度計的濃度檢測結(jié)果保持??一致。就柱純化法提。遥危炼裕洌遥危恋牡寐蕰呌谝粋飽和值,這與硅基膜??的富集能力有很大關(guān)系,即硅基膜的RNA富集能力有限。通過圖4可知,硅基膜??法提取的血液淋巴細胞總RNA僅有28?S和18?S兩條條帶明亮,沉淀法提取的RNA??有三條條帶,富集到了分子量小的5?S條帶,RNA收集比較全。??M?12345678?M?1?2?3?4?5?6?7?S??a沉,芯対:i取睥.眺總RNA?b砘坫膜法提収陴臟總RNA??圖3駱駝脾臟組織總RNA電泳圖??Fig.3?Camel?spleen?tissue?total?RNA?electrophoresis??注:1?8,脾臟用量?10mg ̄80mg;?M,DL-2?
本文編號:3408501
【文章來源】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學內(nèi)蒙古自治區(qū)
【文章頁數(shù)】:70 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1技術(shù)路線圖??Fig.?1?Technology?road?map??
83.00a±48.57?1?353.00b±86.60?0.12?0.06?2.00??80?3?023.00^:176.70?1?125.00b±33.28?0.11?0.04?2.75??注:得率:濃度X體積/脾臟用量(體積30.0?nL);同一行上標相同字母代表差異不顯著(尸>0.05),不同字母??代表差異顯著(p<〇.〇5)。??為了更直觀的探宄TRIzol試劑用量與脾臟組織用量對兩種方法提取總RNA濃??度的影響,根據(jù)脾臟組織用量與最終的RNA提取濃度數(shù)據(jù),作了如圖2所示的擬??合曲線。圖2顯示,隨著脾臟量的增加,無論沉淀法還是硅基膜法均呈現(xiàn)上升的趨??勢,且沉淀法比硅基膜法上升較快;沉淀法的擬合方程為Y=39.723X+26.733,??R2=0.9882,擬合程度很好,說明沉淀法提取RNA較為穩(wěn)定可靠,且在脾臟量70?mg??與80?mg處,兩者的RNA濃度非常接近,上升趨勢趨于平緩;硅基膜法擬合方程??為Y=17.184X+44.396,?R2=0.8834,擬合程度較差,結(jié)合圖中曲線走向,由此說明??相較于沉淀法,硅基膜法對駱駝脾臟RNA的提取效果不好,穩(wěn)定性差,對于珍貴??的樣品而言,無疑沉淀法是好的選擇。??3:00??}?=?39?723A>26.733?....??二洶0???R:?=?0.9882?>4..??*?**'?A??備?一00?.?i??7=?17?184X-?44.396??S?2000????????,.*.???R:?=?0.SS34??^?1500???-??1000?.?./????...?一一一??一?_?-?-??500?.
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本文編號:3408501
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