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基于時(shí)間序列的DNA特征分析

發(fā)布時(shí)間:2021-09-24 02:25
  生物與生態(tài)構(gòu)成的統(tǒng)一整體稱為生態(tài)系統(tǒng),在這個(gè)系統(tǒng)中,生物與環(huán)境相互影響、相互制約,并形成了相對穩(wěn)定的生態(tài)平衡狀態(tài)。對不同物種的生物信息進(jìn)行研究具有重大意義。生物信息學(xué)的主要研究對象由DNA、RNA和蛋白質(zhì)分子構(gòu)成,這些大分子中含括了物種進(jìn)化和遺傳的所有信息。其中DNA里的線粒體是生物系統(tǒng)研究中應(yīng)用最為廣泛的遺傳物質(zhì)之一,具有進(jìn)化速率快,在遺傳過程不發(fā)生基因重組、倒位、易變等突變,嚴(yán)格遵守母系遺傳方式的特點(diǎn)。本文中對于30個(gè)哺乳動(dòng)物的線粒體DNA進(jìn)行研究,利用短記憶ARIMA模型做出詳細(xì)闡述,概述了線粒體DNA攜帶mtDNA的一般屬性。我們首先對于30個(gè)物種隨機(jī)抽取5個(gè)物種的線粒體DNA(位置4,70個(gè)堿基)的堿基序列,對其進(jìn)行時(shí)序化;然后利用ARIMA模型進(jìn)行模型識(shí)別、參數(shù)估計(jì)、模型診斷(檢驗(yàn)及優(yōu)化)、進(jìn)行預(yù)測(堿基位置71-75)。結(jié)果表明:在短記憶模型ARIMA(p,q)模型高度顯著擬合下,其作為合適的時(shí)間序列模型能幫助我們挖掘DNA序列中的未知特性。 

【文章來源】:科學(xué)技術(shù)創(chuàng)新. 2020,(12)

【文章頁數(shù)】:3 頁

【部分圖文】:

基于時(shí)間序列的DNA特征分析


人的時(shí)序圖

時(shí)序圖,一階差分,時(shí)序圖,自相關(guān)圖


人的一階差分的時(shí)序圖

時(shí)序圖,一階差分,自相關(guān)圖,時(shí)序圖


一階差分自相關(guān)圖

【參考文獻(xiàn)】:
博士論文
[1]基于時(shí)間序列理論方法的生物序列特征分析[D]. 高潔.江南大學(xué) 2009



本文編號(hào):3406907

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