長鏈非編碼RNA（lncRNA）是長度大于200堿基,且可以通過折疊的方式形成穩(wěn)定的空間結(jié)構(gòu),但是不能編碼蛋白的RNA。隨著下一代測(cè)序技術(shù)與生物信息學(xué)的發(fā)展,近年來lncRNA研究引起了越來越多的關(guān)注,深入探討lncRNA與蛋白質(zhì)的相互作用關(guān)系以及疾病關(guān)聯(lián)分析是推斷l(xiāng)ncRNA功能和深入研究lncRNA的主要途徑。目前l(fā)ncRNA與蛋白質(zhì)的互作預(yù)測(cè)仍處于初步階段。lncRNA在眾多生物學(xué)通路與生物分子功能中扮演著重要的角色,且與眾多疾病的發(fā)生、發(fā)展息息相關(guān),lncRNA通過生物大分子之間的相互作用來實(shí)現(xiàn)生物學(xué)功能,lncRNA最重要的分子機(jī)制之一是與蛋白質(zhì)的相互作用。網(wǎng)絡(luò)科學(xué)的興起以及其在生物信息學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用深入也為lncRNA的深入挖掘提供新的方法。目前已經(jīng)有多種預(yù)測(cè)lncRNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法被提出。主要分為兩大類預(yù)測(cè)lncRNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法:第一大類是基于序列、結(jié)構(gòu)及理化性質(zhì)的內(nèi)在特征預(yù)測(cè)lncRNA與蛋白質(zhì)相互作用的計(jì)算模型;第二大類是基于網(wǎng)絡(luò)方法的外部關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)lncRNA與蛋白質(zhì)相互作用的計(jì)算模型。一方面反映了學(xué)界對(duì)lncRNA與蛋白質(zhì)分子相互作用關(guān)系的這一問... 

【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：79 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

目前探索lncRNA功能的方法的示意圖

第 2 章 預(yù)測(cè) lncRNA-蛋白質(zhì)相互關(guān)聯(lián)計(jì)算方法的系統(tǒng)分析可 能 的 相 互 作 用 的 數(shù) 據(jù) 信 息 ， 用 戶 可 以 從 Github 中 瀏 覽 和 下 載（https://github.com/HAN-Siyu/APINet/）。將對(duì)融合基于網(wǎng)絡(luò)科學(xué)的異質(zhì)數(shù)據(jù)預(yù)測(cè) lncRNA-蛋白質(zhì)互作的計(jì)算方法進(jìn)行總結(jié)并整理，基于網(wǎng)絡(luò)方法的整體概述如圖 2.2 所示。

圖 2.5 Yang 等人提出的方法的整體示意圖Hetesim 對(duì)于 MALAT1 這個(gè) lncRNA 的 AUC 值為 0.955。用傳統(tǒng)方法預(yù)測(cè)lncRNA 與蛋白質(zhì)的相互作用，很難突破 lncRNA 的低保守性，這種方法通常只利用 RNA 和蛋白質(zhì)固有特征的信息，提出基于網(wǎng)絡(luò)方法預(yù)測(cè) lncRNA 與蛋白質(zhì)相互作用的新方法是一個(gè)挑戰(zhàn)，在基于網(wǎng)絡(luò)方法的計(jì)算模型的性能結(jié)果證實(shí)了一個(gè)難題。他們的方法也證明了基于網(wǎng)絡(luò)方法 lncRNA 相關(guān)領(lǐng)域的巨大價(jià)值，并對(duì)預(yù)測(cè)由生物分子構(gòu)成的異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中的相互作用具有重要意義。在基于定義相關(guān)路徑的 Hetesim 算法中，相關(guān)路徑 P 表示為 A1 →1R... →lRAl1，是在模式 TG= (A, R)上定義的路徑，相關(guān)路徑的符號(hào)化揭示節(jié)點(diǎn)類型A 和A 之間的復(fù)合關(guān)系 = 1° 2° ° ，其中 表示關(guān)系的組合運(yùn)算符，對(duì)于給定的相關(guān)路徑，Hetesim 可根據(jù)關(guān)聯(lián)度得分測(cè)量對(duì)象 x和 y (x R1.X and yR .Y)之間的相似性，如公式（2.10）所示：


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