藤黃節(jié)桿菌（Arthrobacter luteus, A. luteus） ATCC 21606是一種革蘭氏陽性短桿狀的放線菌。該菌分泌的溶菌酶（Lyticase）能夠有效裂解酵母細(xì)胞壁,同時(shí)能分泌限制性核酸內(nèi)切酶AluⅠ和熱穩(wěn)定的黃嘌呤氧化酶,但目前還沒有該菌株的全基因組序列相關(guān)的報(bào)道。本研究首先通過對(duì)A. luteus ATCC 21606菌株的基因組進(jìn)行高通量測(cè)序;再利用SOAPdenovo、GeneMarks等軟件對(duì)基因組進(jìn)行組裝和組分分析;接著與COG、GO、KEGG、NR、Swiss-Prot和CAZy數(shù)據(jù)庫比對(duì)進(jìn)行基因功能注釋;并利用antiSMASH軟件進(jìn)行次級(jí)代謝產(chǎn)物合成基因簇預(yù)測(cè);最終得到大小為4 209 480 bp的全基因組序列,GC含量為74.68%,共預(yù)測(cè)到編碼基因3 741個(gè)�；蛐蛄幸烟峤恢撩绹鴩⑸锛夹g(shù)信息中心（NCBI）的GenBank數(shù)據(jù)庫,登錄號(hào)為RQIK000-00000。本研究首次報(bào)道了A. luteus ATCC 21606的全基因組序列,為后續(xù)該菌株的功能基因、代謝產(chǎn)物合成途徑及比較基因組學(xué)等相關(guān)研究提供基礎(chǔ)。 

【文章來源】：基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

腸桿菌屬細(xì)菌一類整合子整合酶attI位點(diǎn)特征

COG蛋白數(shù)據(jù)庫是將直系同源序列相關(guān)的蛋白歸類到同一個(gè)功能中，從而對(duì)預(yù)測(cè)到的基因序列進(jìn)行功能注釋，該數(shù)據(jù)庫共將蛋白功能劃分為26種(Galperin et al.,2015)。通過把A.luteus ATCC 21606菌株的基因序列與COG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)，被成功注釋2 918個(gè)(圖3)，其中該菌株的蛋白質(zhì)主要與一般功能預(yù)測(cè)、轉(zhuǎn)錄、碳水化合物運(yùn)轉(zhuǎn)和代謝、氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝等功能相關(guān)。圖2 藤黃節(jié)桿菌ATCC 21606基因島中的基因分布

藤黃節(jié)桿菌ATCC 21606基因島中的基因分布


本文編號(hào)：3381292