基于形態(tài)與分子數(shù)據(jù)的毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)逑到y(tǒng)發(fā)育研究
發(fā)布時(shí)間:2021-08-27 20:26
本研究通過形態(tài)測(cè)量學(xué)和DNA條形碼對(duì)毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)宀糠址N類進(jìn)行研究。運(yùn)用形態(tài)測(cè)量學(xué)2種分析方法和DNA條形碼5種方法對(duì)毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)謇ハx進(jìn)行物種分類鑒定,以及采用最大似然法(ML)和貝葉斯法(BI)構(gòu)建分子系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,以黑頭酸臭蟻?zhàn)鳛橥馊。主要研究結(jié)果如下:1.基于COI基因條形碼序列采用最大似然法(ML)和貝葉斯法(BI)對(duì)毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)?屬44種螞蟻進(jìn)行分子系統(tǒng)發(fā)育分析,分別構(gòu)建ML和BI系統(tǒng)發(fā)育樹,結(jié)果顯示:在屬級(jí)水平上,毛蟻屬Lasius和前結(jié)蟻屬Prenolepis是單系群。在種級(jí)水平上,結(jié)果支持將暗立毛蟻Paratrechina umbra歸入尼氏蟻屬Nylanderia;羅斯尼刺結(jié)蟻Lepisiota rothneyi歸入斜結(jié)蟻屬Plagiolepis。2.基于形態(tài)測(cè)量學(xué)和DNA條形碼對(duì)毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)逦浵佭M(jìn)行分類鑒定(1)基于形態(tài)測(cè)量學(xué)數(shù)據(jù)集采用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和高斯混合模型分析方法對(duì)28種螞蟻(包括外群)進(jìn)行物種鑒定,結(jié)果顯示:人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)分析的鑒定成功率為86.35%,絕對(duì)鑒定成功率為36.86%;高斯混合模型分析的鑒定成功率為91.46%,絕對(duì)鑒定成功率為65...
【文章來源】:廣西師范大學(xué)廣西壯族自治區(qū)
【文章頁數(shù)】:101 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
螞蟻的頭部正面觀、體側(cè)面觀、體背面觀Figure2-1Headfrontalview,bodylateralviewandbackviewofant
33第一位堿基替換飽和分析結(jié)果顯示Ts和Tv在0.2-0.4之間相交,都未達(dá)到飽和,基本呈直線;密碼子第二位和第三位堿基的Ts和Tv的趨勢(shì)線均呈明顯的直線關(guān)系,說明它們均未達(dá)到飽和。因此,堿基轉(zhuǎn)換和顛換都未達(dá)到飽和,數(shù)據(jù)組可以用于系統(tǒng)發(fā)育分析。ⅠⅡⅢⅣ圖3-1COI基因堿基替換飽和分析(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ分別代表全數(shù)據(jù)組、第一、第二、第三位點(diǎn))Figure3-1SubstitutionsaturationanalysisofCOIgene(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳrespectivelyrepresentingthewholedataset,thefirst,second,thirdsite)3.2.3系統(tǒng)發(fā)育分析本研究選取黑頭酸臭蟻Tapinomamelanocephalum作為外群,采用最大似然法(ML)和貝葉斯法(BI)來構(gòu)建毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)?屬44種螞蟻的系統(tǒng)發(fā)育樹。3.2.3.1最大似然法系統(tǒng)發(fā)育分析本研究以COI基因條形碼序列所構(gòu)建的毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)?屬44種螞蟻的最大似然法樹(ML樹)如圖3-2所示。外群黑頭酸臭蟻Tapinomamelanocephalum位于系統(tǒng)樹的基部,該拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)把所研究類群分為兩大支,第一支由毛蟻屬9種毛蟻(黑毛蟻Lasiusniger、玉米毛蟻L.alienus、東洋毛蟻L.nipponensis、亮毛蟻L.fuliginosus、凹結(jié)毛蟻L.concavussp.nov.、黃毛蟻L.flavus、田鼠毛蟻L.talpa、小眼毛蟻L.myops和遮蓋毛蟻L.umbratus)組成,形成一個(gè)單系群。第二大支又分為兩支,第一支是由擬毛蟻屬、長腳捷蟻Anoplolepisgracilipes和擬立毛蟻屬4種擬立毛蟻(邵氏擬立毛蟻Paraparatrechinasauteri、孔明擬立
37鑒定結(jié)果為一個(gè).csv文件,統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果如附錄2。從附錄2可知,共242條序列全部鑒定成功,成功鑒定率為100%。27種螞蟻(阿美尼氏蟻、布氏尼氏蟻、黃腹尼氏蟻、黃足尼氏蟻、亮尼氏蟻、皮氏尼氏蟻、全唇尼氏蟻、暗立毛蟻、埃氏擬毛蟻、西氏擬毛蟻、東洋毛蟻、黑毛蟻、黃毛蟻、亮毛蟻、田鼠毛蟻、遮蓋毛蟻、凹結(jié)毛蟻、孔明擬立毛蟻、櫻花擬立毛蟻、布特?cái)M立毛蟻、擬立毛蟻sp2、邵氏擬立毛蟻、角胸前結(jié)蟻、內(nèi)氏前結(jié)蟻、柱胸前結(jié)蟻、羅斯尼刺結(jié)蟻、滿斜結(jié)蟻)所包含的所有序列都鑒定準(zhǔn)確。圖3-3COI基因序列的毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)錌I樹Figure3-3BItreeoftheLasiiniandPlagiolepidinibasedonCOIgene3.2.4.2FuzzyId分析用BarcodingR軟件包對(duì)COI序列進(jìn)行模糊集合理論分析,對(duì)242條序列進(jìn)行鑒定,
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于高斯混合模型聚類和多維尺度分析的負(fù)荷分類方法[J]. 張美霞,李麗,楊秀,孫改平,蔡雅慧. 電網(wǎng)技術(shù). 2020(11)
[2]運(yùn)用DNA條形碼技術(shù)鑒定茶園蜘蛛物種[J]. 邢樹文,孫延杰,朱慧,查廣才. 植物保護(hù). 2019(01)
[3]A review of the ant genus Prenolepis(Hymenoptera: Formicidae) in China, with descriptions of four new species[J]. Zhilin Chen,Shanyi Zhou. Zoological Systematics. 2018(01)
[4]基于形態(tài)測(cè)量和DNA條形碼的中國鯔科魚類分類研究[J]. 黃鎮(zhèn)宇,章群,盧麗鋒,周琪,唐楚林. 海洋漁業(yè). 2018(01)
[5]DNA條形碼分析方法研究進(jìn)展[J]. 楊倩倩,劉蘇汶,俞曉平. 應(yīng)用生態(tài)學(xué)報(bào). 2018(03)
[6]DNA條形碼專用R包及其主要功能簡介[J]. 金倩,阮倩倩,陳芬,羅桂杰,張愛兵. 環(huán)境昆蟲學(xué)報(bào). 2017(03)
[7]DNA條形碼不同分析方法對(duì)鹿類動(dòng)物識(shí)別效果的比較[J]. 馬巍威,劉依明,董丙君,楊寶田. 長春師范大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(04)
[8]蟻屬(膜翅目:蟻科)4種的形態(tài)測(cè)量學(xué)分析[J]. 黃海燕,陳媛,周善義. 環(huán)境昆蟲學(xué)報(bào). 2017(01)
[9]蚱類昆蟲后翅的形態(tài)測(cè)量學(xué)研究(直翅目)(英文)[J]. 張榮嬌,周善義,鄧維安. Entomotaxonomia. 2016(03)
[10]中國厚結(jié)猛蟻屬(膜翅目:蟻科)十三種螞蟻的形態(tài)測(cè)量學(xué)研究[J]. 張榮嬌,周雪婷,唐祺玲,周善義. 應(yīng)用昆蟲學(xué)報(bào). 2016(05)
碩士論文
[1]中國寄蠅科(雙翅目)DNA條形碼及線粒體全基因組研究[D]. 李新.沈陽師范大學(xué) 2018
[2]基于DNA條形碼的螽蟖物種界定及多樣性評(píng)估[D]. 郭慧芳.河北大學(xué) 2017
[3]厚結(jié)猛蟻屬部分種的DNA條形碼與形態(tài)測(cè)量學(xué)研究[D]. 張榮嬌.廣西師范大學(xué) 2015
[4]基于DNA條形碼的中國猛蟻亞科系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 梁立為.廣西師范大學(xué) 2015
[5]中國蟻屬16種螞蟻系統(tǒng)發(fā)育及DNA條形碼研究[D]. 陳媛.廣西師范大學(xué) 2014
[6]蟻亞科16屬分子系統(tǒng)學(xué)研究(膜翅目:蟻科)[D]. 陳志林.廣西師范大學(xué) 2012
本文編號(hào):3367039
【文章來源】:廣西師范大學(xué)廣西壯族自治區(qū)
【文章頁數(shù)】:101 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
螞蟻的頭部正面觀、體側(cè)面觀、體背面觀Figure2-1Headfrontalview,bodylateralviewandbackviewofant
33第一位堿基替換飽和分析結(jié)果顯示Ts和Tv在0.2-0.4之間相交,都未達(dá)到飽和,基本呈直線;密碼子第二位和第三位堿基的Ts和Tv的趨勢(shì)線均呈明顯的直線關(guān)系,說明它們均未達(dá)到飽和。因此,堿基轉(zhuǎn)換和顛換都未達(dá)到飽和,數(shù)據(jù)組可以用于系統(tǒng)發(fā)育分析。ⅠⅡⅢⅣ圖3-1COI基因堿基替換飽和分析(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ分別代表全數(shù)據(jù)組、第一、第二、第三位點(diǎn))Figure3-1SubstitutionsaturationanalysisofCOIgene(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳrespectivelyrepresentingthewholedataset,thefirst,second,thirdsite)3.2.3系統(tǒng)發(fā)育分析本研究選取黑頭酸臭蟻Tapinomamelanocephalum作為外群,采用最大似然法(ML)和貝葉斯法(BI)來構(gòu)建毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)?屬44種螞蟻的系統(tǒng)發(fā)育樹。3.2.3.1最大似然法系統(tǒng)發(fā)育分析本研究以COI基因條形碼序列所構(gòu)建的毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)?屬44種螞蟻的最大似然法樹(ML樹)如圖3-2所示。外群黑頭酸臭蟻Tapinomamelanocephalum位于系統(tǒng)樹的基部,該拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)把所研究類群分為兩大支,第一支由毛蟻屬9種毛蟻(黑毛蟻Lasiusniger、玉米毛蟻L.alienus、東洋毛蟻L.nipponensis、亮毛蟻L.fuliginosus、凹結(jié)毛蟻L.concavussp.nov.、黃毛蟻L.flavus、田鼠毛蟻L.talpa、小眼毛蟻L.myops和遮蓋毛蟻L.umbratus)組成,形成一個(gè)單系群。第二大支又分為兩支,第一支是由擬毛蟻屬、長腳捷蟻Anoplolepisgracilipes和擬立毛蟻屬4種擬立毛蟻(邵氏擬立毛蟻Paraparatrechinasauteri、孔明擬立
37鑒定結(jié)果為一個(gè).csv文件,統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果如附錄2。從附錄2可知,共242條序列全部鑒定成功,成功鑒定率為100%。27種螞蟻(阿美尼氏蟻、布氏尼氏蟻、黃腹尼氏蟻、黃足尼氏蟻、亮尼氏蟻、皮氏尼氏蟻、全唇尼氏蟻、暗立毛蟻、埃氏擬毛蟻、西氏擬毛蟻、東洋毛蟻、黑毛蟻、黃毛蟻、亮毛蟻、田鼠毛蟻、遮蓋毛蟻、凹結(jié)毛蟻、孔明擬立毛蟻、櫻花擬立毛蟻、布特?cái)M立毛蟻、擬立毛蟻sp2、邵氏擬立毛蟻、角胸前結(jié)蟻、內(nèi)氏前結(jié)蟻、柱胸前結(jié)蟻、羅斯尼刺結(jié)蟻、滿斜結(jié)蟻)所包含的所有序列都鑒定準(zhǔn)確。圖3-3COI基因序列的毛蟻?zhàn)搴托苯Y(jié)蟻?zhàn)錌I樹Figure3-3BItreeoftheLasiiniandPlagiolepidinibasedonCOIgene3.2.4.2FuzzyId分析用BarcodingR軟件包對(duì)COI序列進(jìn)行模糊集合理論分析,對(duì)242條序列進(jìn)行鑒定,
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于高斯混合模型聚類和多維尺度分析的負(fù)荷分類方法[J]. 張美霞,李麗,楊秀,孫改平,蔡雅慧. 電網(wǎng)技術(shù). 2020(11)
[2]運(yùn)用DNA條形碼技術(shù)鑒定茶園蜘蛛物種[J]. 邢樹文,孫延杰,朱慧,查廣才. 植物保護(hù). 2019(01)
[3]A review of the ant genus Prenolepis(Hymenoptera: Formicidae) in China, with descriptions of four new species[J]. Zhilin Chen,Shanyi Zhou. Zoological Systematics. 2018(01)
[4]基于形態(tài)測(cè)量和DNA條形碼的中國鯔科魚類分類研究[J]. 黃鎮(zhèn)宇,章群,盧麗鋒,周琪,唐楚林. 海洋漁業(yè). 2018(01)
[5]DNA條形碼分析方法研究進(jìn)展[J]. 楊倩倩,劉蘇汶,俞曉平. 應(yīng)用生態(tài)學(xué)報(bào). 2018(03)
[6]DNA條形碼專用R包及其主要功能簡介[J]. 金倩,阮倩倩,陳芬,羅桂杰,張愛兵. 環(huán)境昆蟲學(xué)報(bào). 2017(03)
[7]DNA條形碼不同分析方法對(duì)鹿類動(dòng)物識(shí)別效果的比較[J]. 馬巍威,劉依明,董丙君,楊寶田. 長春師范大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(04)
[8]蟻屬(膜翅目:蟻科)4種的形態(tài)測(cè)量學(xué)分析[J]. 黃海燕,陳媛,周善義. 環(huán)境昆蟲學(xué)報(bào). 2017(01)
[9]蚱類昆蟲后翅的形態(tài)測(cè)量學(xué)研究(直翅目)(英文)[J]. 張榮嬌,周善義,鄧維安. Entomotaxonomia. 2016(03)
[10]中國厚結(jié)猛蟻屬(膜翅目:蟻科)十三種螞蟻的形態(tài)測(cè)量學(xué)研究[J]. 張榮嬌,周雪婷,唐祺玲,周善義. 應(yīng)用昆蟲學(xué)報(bào). 2016(05)
碩士論文
[1]中國寄蠅科(雙翅目)DNA條形碼及線粒體全基因組研究[D]. 李新.沈陽師范大學(xué) 2018
[2]基于DNA條形碼的螽蟖物種界定及多樣性評(píng)估[D]. 郭慧芳.河北大學(xué) 2017
[3]厚結(jié)猛蟻屬部分種的DNA條形碼與形態(tài)測(cè)量學(xué)研究[D]. 張榮嬌.廣西師范大學(xué) 2015
[4]基于DNA條形碼的中國猛蟻亞科系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 梁立為.廣西師范大學(xué) 2015
[5]中國蟻屬16種螞蟻系統(tǒng)發(fā)育及DNA條形碼研究[D]. 陳媛.廣西師范大學(xué) 2014
[6]蟻亞科16屬分子系統(tǒng)學(xué)研究(膜翅目:蟻科)[D]. 陳志林.廣西師范大學(xué) 2012
本文編號(hào):3367039
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