克隆得到玉米中AAP基因的核酸序列,通過對其編碼蛋白理化性質(zhì)、跨膜區(qū)、高級結(jié)構(gòu)等方面進行生物信息學(xué)分析,為進一步深入研究玉米AAP基因的功能提供理論依據(jù)。采用同源克隆技術(shù)得到含有完整編碼閱讀框的一段玉米未知功能基因,使用ProtParam、ProtScale、TargetP v1.01 server、SignalP4.1 server、TMHMM services v.2.0、SOPMA、Phyre2、DNAman等軟件對該基因進行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明:克隆的玉米未知功能基因全長cDNA序列為1 396 bp,包括1 212 bp的開放閱讀框,編碼的氨基酸數(shù)403個,分子質(zhì)量42.88 kD,理論等電點9.24,正、負(fù)電荷殘基總數(shù)分別是18和30,在組成蛋白編碼的20種氨基酸中絲氨酸所占比例最高,為13.4%,而組氨酸比例最低,為1.0%。AAP蛋白包含信號肽,剪切位點位于38、39殘基處;編碼區(qū)核苷酸序列與其他作物對比后發(fā)現(xiàn),與大麥AAP1基因的相似性最高,相似度為87%。通過生物信息學(xué)分析初步證明從玉米中克隆的基因為AAP的核酸序列,命名為ZmAAP。 

【文章來源】：吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2020,42(06)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

克隆的未知功能的多聚核苷酸序列與大麥、馬鈴薯、擬南芥、茄屬AAP基因比對

DNAman軟件分析結(jié)果顯示,該序列可翻譯成多肽,無終止密碼子。將此序列在NCBI中進行檢索,獲得一段未知功能且含有完整ORF閱讀框的玉米核酸序列,以此序列重新設(shè)計引物B1、B2,進行PCR擴增出約1 400 bp的核酸序列,大小與預(yù)測值相符(圖2)。經(jīng)凝膠回收,連接,轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)細胞,送上海生工測序,測序結(jié)果與NCBI中參考設(shè)計引物的玉米基因組未知功能基因進行比對,相似性達到99.67%,表明成功分離得到玉米一段1 396 bp的功能基因片段,其核酸序列見圖3(方框內(nèi)堿基序列分別表示玉米ZmAAP基因的起始和終止密碼子; 附有底紋背景的字母50～72、93～112、117～139、212～234、249～271位氨基酸形成一個典型的跨膜螺旋區(qū))。

根據(jù)SignalP4.1 server(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)對所預(yù)測的氨基酸序列進行分析,驗證其是否具有信號肽及其位置,C表示剪切位點分值(C值),S表示信號肽分值(S值),Y表示綜合剪切點分值(Y值)。經(jīng)過分析得知,分析值中的平均S值=0.45,表示該蛋白包含信號肽,剪切位點位于38、39殘基處(圖6)。圖4 Zm AAP基因與12種植物中AAP基因核苷酸序列比對

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
[1]水稻谷氨酸合酶基因和胞質(zhì)異檸檬酸脫氫酶基因的功能研究以及氨基酸轉(zhuǎn)運蛋白基因家族分析[D]. 盧永恩.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014

碩士論文
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本文編號：3355592