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六種白蟻線粒體基因組序列及遺傳多樣性分析

發(fā)布時間:2021-08-18 23:21
  白蟻作為一種古老的,起源悠久,種類眾多且品級分化明顯的社會性昆蟲,在昆蟲分類系統(tǒng)中處于較原始和古老的地位。本論文首次測定了小楹白蟻(Incisitermes minor),新渡戶近扭白蟻(Pericapritermes nitobei),古田近扭白蟻(Pericapritermes gutianensis),細顎散白蟻(Reticulitermes leptomandibularis),近黃胸散白蟻(Reticulitermes periflaviceps)和近圓唇散白蟻(Reticulitermes perilabralis)等六種白蟻的線粒體全基因組,并對每種白蟻序列進行了詳細的注釋與分析。同時,對6種白蟻的線粒體全基因組的堿基組成、氨基酸組成、密碼子使用等方面進行了系統(tǒng)地分析,并對其進行了系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建與簡單的進化關(guān)系分析。另外,本研究對已有的14種散白蟻屬白蟻(NCBI數(shù)據(jù)庫中11種,實驗測得3種)線粒體全基因組數(shù)據(jù)進行多重序列比對,以期找到Cytb基因中片段可作為DNA條形碼應(yīng)用于散白蟻屬白蟻的分子分類鑒定。本論文研究的主要結(jié)果如下:(1)完成小楹白蟻、古田近扭白蟻、新渡戶... 

【文章來源】:浙江農(nóng)林大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】:102 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【部分圖文】:

六種白蟻線粒體基因組序列及遺傳多樣性分析


小楹白蟻的線粒體基因組織結(jié)構(gòu)示意圖

轉(zhuǎn)運RNA,白蟻,結(jié)構(gòu)預(yù)測


3.1.1.5 核糖體 RNA 和轉(zhuǎn)運 RNA小楹白蟻線粒體基因組有兩個核糖體 RNA為 12sRNA和 16sRNA基因,長度分別是 830bp 和 1311bp。同時還有 22 個轉(zhuǎn)運 RNA,其中 8 個(Gln,Cys,Tyr,Phe,His,Pro,Leu1,Val)位于 L 鏈上反向編碼,其余的轉(zhuǎn)運 RNA 都位于 H 鏈上,所有 tRNA 基因合計全長 1452bp。通過 MITOS 對所有的轉(zhuǎn)運RNA進行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測[125],發(fā)現(xiàn)所有的 tRNA均具有典型的三葉草結(jié)構(gòu)(一個反密碼子臂和反密碼子環(huán),一個 TΨC 臂或 TΨC 環(huán),一個 D 臂或 D 環(huán),一個氨基酸接受臂以及一個可變環(huán)),除了 tRNA-Ser 缺失了二氫尿嘧啶(DHU)臂。所有二級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果如圖(3-2),同時我們發(fā)現(xiàn)小楹白蟻轉(zhuǎn)運 RNA 共有 9 處堿基錯配現(xiàn)象。

線粒體基因組,結(jié)構(gòu)示意圖,基因,內(nèi)圈


33圖 3-3 新渡戶近扭白蟻的線粒體基因組織結(jié)構(gòu)示意圖外圈基因為正向編碼(H),內(nèi)圈基因為反向編碼(L)Figure 3-3 Gene map of the Pericapritermes nitobei.The outer circle gene is forwardcoded (H) and the inner circle gene is forward coded (L)


本文編號:3350821

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