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海生桿菌屬的基因組測序數(shù)據(jù)分析

發(fā)布時(shí)間:2021-08-18 07:35
  海生桿菌屬首次于1997年鑒定,迄今包括18個(gè)物種,其中10個(gè)已完成全基因組序列測定。文中總結(jié)了海生桿菌屬的菌種特征,并從碳源利用、聚羥基脂肪酸酯代謝和芳香族化合物降解三個(gè)方面對基因組測序數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析。研究發(fā)現(xiàn),海生桿菌屬具有完整的糖酵解途徑和三羧酸循環(huán),缺乏木糖利用基因。所有海生桿菌屬菌種均含有Ⅰ型和Ⅲ型聚羥基脂肪酸酯合成酶的編碼基因,表明該菌屬可能具有普遍的聚羥基脂肪酸酯合成能力。海生桿菌屬含有芳香族化合物的降解途徑,苯、苯酚和苯甲酸可由不同的酶催化生成鄰苯二酚,再由鄰位斷裂途徑降解為3-酮己二酸,鄰苯二酚也可由間位斷裂途徑降解為丙酮酸和乙酰輔酶A;蚪M測序數(shù)據(jù)分析加深了對海生桿菌屬代謝特征的認(rèn)識(shí),提示該菌屬在聚羥基脂肪酸酯合成和海洋芳香族污染物治理方面有一定的應(yīng)用前景。 

【文章來源】:生物工程學(xué)報(bào). 2020,36(12)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】:12 頁

【部分圖文】:

海生桿菌屬的基因組測序數(shù)據(jù)分析


海生桿菌屬的16S r RNA系統(tǒng)發(fā)育樹

合成酶,桿菌,代表性,鄰苯


作為海生桿菌屬的代表菌種,喬治亞海生桿菌能夠利用苯酚等芳香族化合物作為唯一碳源生長[5];诨蚪M測序數(shù)據(jù)對海生桿菌屬的芳香族化合物降解途徑進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)該菌屬普遍具有苯、苯酚和苯甲酸的降解途徑(表5)。芳香族化合物經(jīng)過以鄰苯二酚為中間代謝物的途徑進(jìn)行降解,相關(guān)基因以基因簇的形式存在。苯和苯酚由苯酚羥化酶催化生成鄰苯二酚;苯甲酸由苯甲酸-1,2-雙加氧酶催化生成鄰苯二酚。鄰苯二酚經(jīng)由鄰位斷裂途徑降解為3-酮己二酸,或者由間位斷裂途徑降解為丙酮酸和乙酰輔酶A。鄰位斷裂途徑包括4個(gè)酶:鄰苯二酚1,2-雙加氧酶、黏糠酸環(huán)異構(gòu)酶、黏糠酸內(nèi)酯異構(gòu)酶和3-酮己二酸烯醇內(nèi)酯酶;3-酮己二酸可以進(jìn)一步與輔酶A縮合,再分解成琥珀酸和乙酰輔酶A,從而進(jìn)入三羧酸循環(huán)被徹底氧化。間位斷裂途徑包括鄰苯二酚2,3-雙加氧酶、2-羥基黏糠酸半醛脫氫酶、4-草酰巴豆酸互變異構(gòu)酶等7個(gè)酶,將鄰苯二酚降解為丙酮酸和乙酰輔酶A,再進(jìn)入三羧酸循環(huán)氧化。據(jù)報(bào)道,同為海洋細(xì)菌的Neptunomonas屬也有芳香族化合物的降解途徑,鄰苯二酚由間位斷裂途徑降解[31]。在某些假單胞菌中,可以同時(shí)具有鄰位斷裂和間位斷裂兩條途徑,在高濃度苯甲酸底物存在時(shí),兩條途徑能夠同時(shí)發(fā)揮降解作用[32]。海生桿菌屬具體的芳香族化合物降解能力需要進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)研究。3 結(jié)論

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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本文編號:3349481

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