[目的]利用成年小鼠室管膜下區(qū)的神經(jīng)發(fā)生及其參與的嗅球神經(jīng)微環(huán)路可塑性過程的特性,通過整合分析相關區(qū)域的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),探究成鼠嗅球新生神經(jīng)元的發(fā)展過程及表達特征,并討論其定位及分離獲取的可行性。為神經(jīng)系統(tǒng)再生修復及神經(jīng)環(huán)路可塑性等領域的相關研究提供基礎支持。[方法]收集并篩選成鼠嗅球及室管膜下區(qū)的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。經(jīng)質(zhì)控及預處理,將單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行比對及注釋�；诤侠淼暮Y選過程,構(gòu)建各樣本的表達譜矩陣并進行校正及整合。通過有效的降維及聚類算法估計各細胞類型及部分類型的亞群。利用Wilcoxon符號秩檢驗篩選各細胞群間的差異基因作為其表達譜特征�；诮稻S結(jié)果及相關性,構(gòu)建各細胞發(fā)生軸的擬時間序列。通過共表達分析構(gòu)建各發(fā)生軸時序相關基因的共表達模塊及各模塊的共表達網(wǎng)絡,并對網(wǎng)絡中的各模塊分別進行GO功能富集分析。[結(jié)果]通過對3組單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析,總共獲得了 96,732個細胞及其27,375個基因的表達情況。經(jīng)分類,確定了 27種細胞分類群、4種星形膠質(zhì)細胞亞群,以及嗅球的5種神經(jīng)元亞群。通過表達譜的降維結(jié)果,觀察到了從星形膠質(zhì)細胞開始的神經(jīng)元發(fā)生軸及少突膠質(zhì)細胞發(fā)生軸... 

【文章來源】：昆明醫(yī)科大學云南省

【文章頁數(shù)】：103 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１嗅球神經(jīng)網(wǎng)絡及其微環(huán)路結(jié)構(gòu)模式圖??

ｆｅａｔｕｒｅ?ＭＪｔｏ．?ＲＮＡ?Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｃｏｕｎｔ?ａｎｄ?ｆｅａｔｕｒｅ??（ｃｏｒ－０．９６６）??？?Ｉ?３０００??４０００?．?２Ｓ?？??＊?＊?＂?＊?．?．??：［＊?＾??ｋｔｏｎＷｙ?Ｉｄｅｎｔｉｔｙ?＾??圖４液滴及表達特征的統(tǒng)計及篩選??嗅球測序數(shù)據(jù)由于各樣本均存在４組技術重復，為了將其整合并進行技術偏??倚校正，首先計算各技術重復組篩選細胞之間的Ｐｅａｒｓｏｎ相關系數(shù)矩陣，并以最??大相關性為邊構(gòu)建無向圖。之后按連通度大于４且ｂａｒｃｏｄｅ最大１個堿基的錯配??的條件進行重復合并，各合并細胞的轉(zhuǎn)錄組表達最取均值。??最后篩除各樣本表達量小于３的表達特征，將各組各樣本最終篩選得到的??ｂａｒｃｏｄｅ區(qū)分作為細胞標記，ＵＭＩ結(jié)果作為特征即表達基丙的標記，構(gòu)建各自的??轉(zhuǎn)錄組表達矩陣。??２．５定置結(jié)果的校正與整合??２．５．１技術偏倚的校正??由于室管膜下區(qū)測序數(shù)據(jù)在建庫流程中使用了?Ｓｐｉｋｅ－ｉｎ技術，即加入了??ＥＲＣＣ?Ｓｐｉｋｅ－ｉｎ片段作為內(nèi)參，故可用其在一定程度上對技術偏倚進行校正ｔＭ］。??通過計算各樣本表達特征間的Ｐｅａｒｓｏｎ相關系數(shù)矩陣，可以發(fā)現(xiàn)在使用ＥＲＣＣ??Ｓｐｉｋｅ－ｉｎ作內(nèi)參的樣本中存在髙表達相關性的ＥＲＣＣ序列片段（表１）。本流程使??用奇異值分解獲得ＥＲＣＣ?Ｓｐｉｋｅ－ｉｎ片段的特征向量，對各樣本整體的表達量進行??校正，并比較了?Ｓｐｉｋｅ－ｉｎ校正的效果。此外，本流程基于ＥＲＣＣ?Ｓｐｉｋｅ－ｉｎ片段與??其他基因的相關性，對其他基因作為內(nèi)參的可行性進行分析。??１７??

基因進行基因本體（Ｇｅｎｅ?Ｏｎｔｏｌｏｇｙ，?ＧＯ）的生物學功能（Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?Ｐｒｏｃｅｓｓ，?ＢＰ）富集??［７２］。通過?Ｇｏｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ?工具（ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ＯＣＢＨＯ／Ｇｏｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）采集小鼠轉(zhuǎn)錄組的??ＧＯ功能注釋（數(shù)據(jù)釆集于２０２０年５月１０日），并按注釋層級構(gòu)建有向無環(huán)圖??（Ｄｉｒｅｃｔｅｄ?Ａｃｙｃｌｉｃ?Ｇｒａｐｈ．?ＤＡＧ）（圖５），通過超幾何分布對各分類的差異基因集進??行富集分析，篩選出ＦＤＲ＜０．０５的富集結(jié)果作為各分類所涉及的生物學調(diào)控過程。??Ｇ０：０００８１５０??ＧＯ?００４８８５６?Ｇ０：００３２５０１?Ｇ０：００５０７８９??＼ｙ?—??Ｇ０：００４８７３１?Ｇ〇：００５１２３９??圖５?ＧＯ部分生物學功能注釋層級構(gòu)成的有向無環(huán)圖??２１??

【參考文獻】：
期刊論文
[1]中縫核5-羥色胺能神經(jīng)投射對嗅球調(diào)制效應的研究進展[J]. 王德娟,周楊,操田田,李安安.  生物化學與生物物理進展. 2017(02)



本文編號：3347741