rpoC1基因編碼RNA聚合酶β￠亞基蛋白,在轉錄過程中與DNA模板結合,與β亞基形成的β-β￠亞基復合體構成RNA合成的催化中心。以rpoC1基因為研究對象,在貝葉斯因子大于20的條件下,用HyPhy軟件位點模型檢測到3個正選擇位點和541個負選擇位點;用PAML軟件位點模型檢測到10個正選擇位點,其中3個位點的后驗概率超過99%。此外,基于最大似然法構建64種蕨類植物的系統(tǒng)發(fā)育樹,結合HyPhy軟件分析rpoC1基因的轉換率、顛換率、轉換率/顛換率、同義替換率、非同義替換率以及同義替換率/非同義替換率,探討rpoC1基因內含子丟失與分子進化速率的關系。結果表明, rpoC1基因內含子缺失對轉換率、顛換率以及非同義替換率有一定影響。 

【文章來源】：植物學報. 2020,55(03)北大核心

【文章頁數(shù)】：12 頁

【部分圖文】：

海金沙RPOC1蛋白質的三維結構

模型M8a的似然值?=–32 735.212 985,與模型M8相比2倍對數(shù)似然值2??=2×(–32 715.067 141+32 735.212 985)=40.291 7,由χ2分布(Df.=1)得出P=2.187×10–10,即P值遠小于0.05,因此模型M8a被極顯著地拒絕。模型M2a和M8的假定條件中均允許ω值大于1,PAML分析結果均顯示rpoC1基因中存在正選擇位點。與它們各自對應的零假設模型M1a和M7相比,模型M2a比M1a多2個參數(shù),它們的LRT統(tǒng)計量2??=42.484 8,卡方檢驗P值為5.950×10–10。模型M8與M7相比,在自由度為2的條件下,2??=106.583 8。在95%水平上,模型M2a鑒定出4個氨基酸位點(687P、692S、697S和700A)受到正選擇,其中687P、692S和697S后驗概率超過99%;模型M8鑒定出10個氨基酸位點(578V、579Y、686S、687P、689T、692S、693I、696T、697S和700A)受到正選擇,其中687P、692S和697S后驗概率超過99%。2.5 RPOC1蛋白質三維結構

將海金沙RPOC1蛋白質序列導入SWISS-MODEL中,通過與結核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis)RNAP啟動子蛋白質(SMTL ID:6ee8.1)序列進行比對,基于同源建模原理得到其蛋白質結構圖(圖3)。其中,HyPhy軟件篩選出來的正選擇位點156T、184F及568I如圖3所示。異亮氨酸(isoleucine,I)和苯丙氨酸(phenylalanine,F)均為非極性R基氨基酸。156T和184F正選擇位點靠近DNA結合結構域,周圍大部分氨基酸為非極性R基氨基酸(疏水氨基酸),568I正選擇位點周圍大部分是不帶電荷的極性R基氨基酸。2.6 討論

【參考文獻】：
期刊論文
[1]人猿超科和舊大陸猴7種高等靈長類FKN全基因序列的測定及進化分析[J]. 洪曉武,張亞平,儲以微,高海峰,蔣正剛,熊思東.  遺傳. 2008(05)



本文編號：3067358