格氏乳桿菌（Lactobacillus gasseri）是腸道、生殖道重要菌種之一。因其具有優(yōu)良的益生特性,部分菌株已應(yīng)用于食品、醫(yī)藥等行業(yè),但有關(guān)格氏乳桿菌比較基因組方面的研究仍是空白。2018年通過(guò)全基因組序列分析和生物信息分析,將副格氏乳桿菌從格氏乳桿菌中劃分出來(lái),成為一個(gè)新物種,但兩者在基因?qū)用娴墓残耘c差異仍不清楚。因此,全面的解析格氏乳桿菌和副格氏乳桿菌基因組,并對(duì)兩者進(jìn)行基因組比較,對(duì)明確兩者的異同以及優(yōu)良菌株選育和開(kāi)發(fā)具有重要意義。本研究從人體糞便及生殖道樣品中篩選格氏乳桿菌,并對(duì)菌株基因組進(jìn)行測(cè)序。通過(guò)基因組分析研究菌株進(jìn)化關(guān)系區(qū)分物種,比較基因組、泛基因組了解菌株基因組組成并尋找差異基因。此外,對(duì)菌株的前噬菌體、毒力因子、耐藥基因進(jìn)行預(yù)測(cè),并測(cè)定菌株對(duì)13種常見(jiàn)抗生素的耐藥性,以此評(píng)估菌株的安全性。主要結(jié)果如下:（1）從人體糞便和生殖道樣品篩選菌株并鑒定菌株物種,經(jīng)乳桿特異性引物GroEL測(cè)序鑒定,選取130株“格氏乳桿菌”,對(duì)菌株進(jìn)行基因組草圖測(cè)序得到序列,以ANI96%為閾值,初步將“格氏乳桿菌”分為兩個(gè)組,一組由105株菌組成,其ANI范圍在97.89%

【文章來(lái)源】：江南大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：72 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

“格氏乳桿菌”菌落形態(tài)（a）與菌形態(tài)（b）

13圖 3-2 130 菌株與格氏乳桿菌 ATCC33323、副格氏乳桿 JCM5343 的平均核苷酸同一性比對(duì)聚類熱圖Fig. 3-2 ANI values of isolated strains together with L. gasseri ATCC33323 and L. paragasseri JCM53433.1.3.2 格氏乳桿菌與副格氏乳桿菌的管家基因系統(tǒng)發(fā)育此外，管家基因系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)也是鑒定區(qū)分物種的方法，其中 GroEL（分子伴侶）是一種比 16S rRNA 基因更強(qiáng)大的乳酸桿菌屬單基因系統(tǒng)發(fā)育標(biāo)記[96]。2011 年 Shevtsov

江南大學(xué)碩士畢業(yè)論文已經(jīng)報(bào)道 GroEL 能夠?qū)?68 株乳桿菌確鑒定到種水平。2015 年 Ranjan 也通過(guò) PCR 擴(kuò)增GroEL 將干酪乳桿菌、副干酪乳桿菌和鼠李糖乳桿菌區(qū)分[97]。PheS（苯丙氨酰-tRNA 合酶α亞基）也是乳桿菌屬物種分類強(qiáng)有力的工具，并具有較高的鑒別能力是可靠鑒定[69]。根據(jù)報(bào)道 PheS 基因構(gòu)建將副格氏乳桿菌從格氏乳桿菌種區(qū)分出來(lái)[3]。本研究從 130 株菌種提取了兩個(gè)管家基因 PheS 和 GroEL 的核酸序列，并構(gòu)建管家基因進(jìn)化樹(shù)，結(jié)果顯示 105 株副格氏菌聚集在一個(gè)進(jìn)化分枝上（圖 3-4）剩余的 25 株格氏乳桿菌在另一個(gè)進(jìn)化分支上，這與基于直系同源基因的系統(tǒng)發(fā)進(jìn)化樹(shù)結(jié)果一致。因此，推測(cè) PheS 基因和GroEL 基因的完整序列可作為鑒定格氏乳桿菌、副格氏乳桿菌的一種手段。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]泡菜發(fā)酵乳酸菌的分離鑒定及耐藥性分析[J]. 黨喬,孔令聰,劉潔,劉樹(shù)明,魏星,馬紅霞,閔偉紅.  食品科學(xué). 2019(20)
[2]保加利亞乳桿菌CRISPR位點(diǎn)的序列分析[J]. 程娜,蔡針華,呂加平,賈震虎,逄曉陽(yáng).  生物技術(shù)通報(bào). 2018(05)
[3]群體基因組學(xué)在乳酸菌研究中的應(yīng)用[J]. 孫志宏.  中國(guó)食品學(xué)報(bào). 2017(08)
[4]沙門氏菌CRISPR位點(diǎn)的結(jié)構(gòu)特征比較[J]. 曲道峰,沈楊,張聰聰,韓劍眾.  微生物學(xué)報(bào). 2018(02)
[5]發(fā)酵用鮮辣椒中乳酸菌抗生素耐藥性與耐藥基因[J]. 蔡婷,徐顧榕,林凱,宋菲菲,張其圣,陳功,蔡義民,張慶,向文良.  食品與生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2016(09)
[6]羅伊氏乳桿菌的益生特性及安全性分析[J]. 朱振軍,黃國(guó)宏,梁曉琳,蔡達(dá),梁愛(ài)紅,李全陽(yáng).  現(xiàn)代食品科技. 2016(06)
[7]內(nèi)蒙古達(dá)茂旗牧區(qū)牛乳中乳酸菌的鑒定與耐藥性分析[J]. 呂耀龍,李少英,包丹丹,趙春杰.  食品工業(yè)科技. 2016(12)
[8]乳酸菌CRISPR-Cas系統(tǒng)同源性分析[J]. 李婉,張丹青,王娜娜,霍貴成.  食品工業(yè)科技. 2016(11)
[9]碳水化合物活性酶數(shù)據(jù)庫(kù)（CAZy）及其研究趨勢(shì)[J]. 王帥,陳冠軍,張懷強(qiáng),王祿山.  生物加工過(guò)程. 2014(01)
[10]細(xì)菌泛基因組學(xué)的研究[J]. 莊緒冉,朱泳璋.  上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2012(11)

博士論文
[1]自然發(fā)酵乳中嗜熱鏈球菌群體遺傳學(xué)和功能基因組學(xué)研究[D]. 趙潔.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]復(fù)雜樣品中雙歧桿菌的高通量檢測(cè)和菌種高效分離方法的研究[D]. 胡陸軍.江南大學(xué) 2017
[3]泛基因組學(xué)分析方法開(kāi)發(fā)及應(yīng)用[D]. 趙永兵.中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所 2014

碩士論文
[1]糞腸球菌乳源分離株與其它環(huán)境分離株基因組比較分析[D]. 王彥杰.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]加氏乳桿菌JDM511安全性分析[D]. 葉露.上海交通大學(xué) 2014
[3]特殊生境中產(chǎn)細(xì)菌素乳桿菌的分離、鑒定及益生特性分析[D]. 趙慧.遼寧師范大學(xué) 2005



本文編號(hào)：3063826