選取有代表性的10個南荻（Miscanthus lutarioriparius L. Liu ex Renvoize&S. L. Chen）野生居群,以種群轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),對種群局部適應(yīng)性的關(guān)鍵因子進行研究。首先利用SNP構(gòu)建推斷單倍型,分析環(huán)境間和推斷單倍型間的差異表達基因,并將這類基因分為4類:僅受環(huán)境顯著影響的基因（E）、僅受單倍型顯著影響的基因（G）、受環(huán)境和單倍型相互作用顯著影響的基因（G&E）以及非顯著影響的基因。分析結(jié)果顯示:G&E和E基因集在種群局域適應(yīng)中發(fā)揮重要作用,前者的基因表達更容易受其它因素的影響,而后者相對較為穩(wěn)定;前者中顯著富集核糖體途徑相關(guān)功能基因,后者中顯著富集蛋白質(zhì)折疊相關(guān)功能基因。這兩類功能基因均參與響應(yīng)外界壓力,推測這些基因的差異表達主要受環(huán)境以及基因型和生長環(huán)境相互作用的影響。 

【文章來源】：植物科學學報. 2020,38(06)北大核心

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

環(huán)境和推斷基因型中的差異表達基因

通過路徑分析，本研究未發(fā)現(xiàn)G和E基因組中有顯著功能富集，僅發(fā)現(xiàn)G&E基因組中有一個核糖體(ko03010)顯著富集。在1286個基因的G&E基因組中有108個ko03010基因，而在16 225個基因的背景基因組中只有186個基因顯著富集。GO功能術(shù)語分析結(jié)果顯示，在G中沒有發(fā)現(xiàn)顯著功能基因，只發(fā)現(xiàn)了一個與蛋白質(zhì)折疊相關(guān)的重要基因GO:0006457。路徑分析結(jié)果表明，在G&E基因集中富集了26個重要的GO功能基因(圖3)。在生物學過程、細胞組成和分子功能3個領(lǐng)域，25個GO術(shù)語均與核糖體相關(guān)。GO:0004576與低聚糖轉(zhuǎn)移酶有關(guān)。圖3 G&E的GO富集

G&E的GO富集


本文編號：3060130