甘蔗割手密種基因組數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建
發(fā)布時間：2021-01-24 12:52
甘蔗（Saccharum spp.）是世界上最重要糖料、生物燃料作物,是研究C4光合作用途徑和同源多倍體遺傳的模式植物,具有巨大的經(jīng)濟和科研價值。在過去的數(shù)年中,甘蔗的測序及分析數(shù)據(jù)迅速積累,為本研究的順利開展奠定了基礎。使用Tripal工具構(gòu)建甘蔗割手密基因組數(shù)據(jù)庫（http://www.sugarcanetf.site/sgd/html/index.html）作為甘蔗研究的中心門戶對這些數(shù)據(jù)進行存儲、挖掘、分析、整合以及共享。研究主要結(jié)果如下:（1）甘蔗割手密基因組數(shù)據(jù)的開發(fā)使用BLAST2GO和EggNOG,對甘蔗中99,708個基因進行GO項目注釋,65,277個基因進行KEGG生物通路注釋。對甘蔗割手密預測基因中的1,278個特異性基因家族進行GO富集,發(fā)現(xiàn)這些基因的功能大多富集在對傷口、外部刺激的反應。使用MISA軟件對甘蔗割手密進行全基因組SSR開發(fā),共發(fā)現(xiàn)577,299個SSR位點,其中染色體特異性位點有98,271個,約占總數(shù)的17%。將其與其他四種禾本科植物中的基因組SSR進行比較,發(fā)現(xiàn)在禾本科植物中,SSR的豐度與其基因組大小成正比,而SSR...
【文章來源】：福建農(nóng)林大學福建省
【文章頁數(shù)】：79 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
甘蔗屬及其近緣屬在禾本科中的分類位置
圖 1-2 玉米和高粱中 NADP-ME 類型的 C4光合代謝[29]Fig. 1-2 The NADP-ME type of C4pathway in maize and sorghum[29]1.2.2 糖轉(zhuǎn)運糖是綠色植物光合作用的主要產(chǎn)物，其在植物體內(nèi)有多種存儲形式，如：蔗糖、單糖、糖醇等。糖在植物的生命活動中起著重要作用，具體表現(xiàn)在為植物生長發(fā)育供能、作為信號分子參與代謝、用于儲存及運輸?shù)确矫�。在對高等植物研究中，我們將輸出、接受同化產(chǎn)物的器官稱為植物的“庫”“源”。每個能夠進行光合作用的綠色植物體內(nèi)都存在著庫源系統(tǒng)對糖分進行運輸和分配，糖轉(zhuǎn)運蛋白在維持庫源平衡中起著重要作用[30]。其作用的方式主要有：調(diào)節(jié)蔗糖轉(zhuǎn)運[31-33]、降低糖醇含量[34-36]、降低單糖含量[37]以及傳導復合體的裝運等。按照糖轉(zhuǎn)運蛋白運輸產(chǎn)物的不同，研究人員一般將其分為在葡萄糖、己糖等轉(zhuǎn)運過程中發(fā)揮作用的單糖轉(zhuǎn)運蛋白，以及在多元糖等轉(zhuǎn)運過程中發(fā)揮作用的多糖轉(zhuǎn)運蛋白。1989年Sauer等人從小球藻中克隆出歷史上第一個編碼單糖轉(zhuǎn)運蛋白的基因HUP 1[38]。自第一個單糖轉(zhuǎn)運蛋白基因在低等單細胞生物中被成功鑒定后，研究者便開始嘗
甘蔗割手密基因組數(shù)據(jù)庫的搭建溶性多糖形式存儲碳，如淀粉或纖維素。甘蔗的另一個獨特之處在于：蔗糖的儲存發(fā)生在莖的薄壁細胞中，而其他大多數(shù)植物則是發(fā)生在莖、谷粒、肉質(zhì)果實之類的終端類庫組織。對甘蔗中編碼糖轉(zhuǎn)運蛋白的基因從全基因組及演化方面進行探究有利于推動其代謝機制的研究，并最終達到提高產(chǎn)量提升經(jīng)濟效益的目的。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]甘蔗基因組研究進展[J]. 董廣蕊,石佳仙,侯藹玲,張積森. 生物技術(shù). 2018(03)
[2]清代番禺糖業(yè)研究[J]. 林曉蕾. 農(nóng)業(yè)考古. 2016(04)
[3]植物轉(zhuǎn)錄因子分類、預測和數(shù)據(jù)庫構(gòu)建[J]. 靳進樸,郭安源,何坤,張禾,朱其慧,陳新,高歌,羅靜初. 生物技術(shù)通報. 2015(11)
[4]甘蔗的起源和進化[J]. 楊翠鳳,楊麗濤,李楊瑞. 南方農(nóng)業(yè)學報. 2014(10)
[5]甘蔗屬起源及其與近緣屬進化關系研究進展[J]. 方靜平,闕友雄,陳如凱. 熱帶作物學報. 2014(04)
[6]植物基因組測序的研究進展[J]. 陳勇,柳亦松,曾建國. 生命科學研究. 2014(01)
[7]DNA測序技術(shù)及其應用研究進展[J]. 劉朋虎,林冬梅,林占熺,李晶. 福建農(nóng)業(yè)學報. 2012(10)
[8]調(diào)控植物類黃酮生物合成的轉(zhuǎn)錄因子研究進展[J]. 李宗艷,李名揚. 南京林業(yè)大學學報(自然科學版). 2011(05)
[9]野生大豆GsbZIP33基因的分離及脅迫耐性分析[J]. 才華,朱延明,柏錫,紀巍,李勇,王冬冬,孫曉麗. 分子植物育種. 2011(04)
[10]80份甘蔗種質(zhì)RAMP標記遺傳多樣性分析[J]. 王英,陳守俊,朱相成,莊南生. 植物遺傳資源學報. 2011(04)
碩士論文
[1]青蝦高多態(tài)性EST-SSR標記的篩選及遺傳多樣性的研究[D]. 周巧.南京農(nóng)業(yè)大學 2013
本文編號：2997279
【文章來源】：福建農(nóng)林大學福建省
【文章頁數(shù)】：79 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
甘蔗屬及其近緣屬在禾本科中的分類位置
圖 1-2 玉米和高粱中 NADP-ME 類型的 C4光合代謝[29]Fig. 1-2 The NADP-ME type of C4pathway in maize and sorghum[29]1.2.2 糖轉(zhuǎn)運糖是綠色植物光合作用的主要產(chǎn)物，其在植物體內(nèi)有多種存儲形式，如：蔗糖、單糖、糖醇等。糖在植物的生命活動中起著重要作用，具體表現(xiàn)在為植物生長發(fā)育供能、作為信號分子參與代謝、用于儲存及運輸?shù)确矫�。在對高等植物研究中，我們將輸出、接受同化產(chǎn)物的器官稱為植物的“庫”“源”。每個能夠進行光合作用的綠色植物體內(nèi)都存在著庫源系統(tǒng)對糖分進行運輸和分配，糖轉(zhuǎn)運蛋白在維持庫源平衡中起著重要作用[30]。其作用的方式主要有：調(diào)節(jié)蔗糖轉(zhuǎn)運[31-33]、降低糖醇含量[34-36]、降低單糖含量[37]以及傳導復合體的裝運等。按照糖轉(zhuǎn)運蛋白運輸產(chǎn)物的不同，研究人員一般將其分為在葡萄糖、己糖等轉(zhuǎn)運過程中發(fā)揮作用的單糖轉(zhuǎn)運蛋白，以及在多元糖等轉(zhuǎn)運過程中發(fā)揮作用的多糖轉(zhuǎn)運蛋白。1989年Sauer等人從小球藻中克隆出歷史上第一個編碼單糖轉(zhuǎn)運蛋白的基因HUP 1[38]。自第一個單糖轉(zhuǎn)運蛋白基因在低等單細胞生物中被成功鑒定后，研究者便開始嘗
甘蔗割手密基因組數(shù)據(jù)庫的搭建溶性多糖形式存儲碳，如淀粉或纖維素。甘蔗的另一個獨特之處在于：蔗糖的儲存發(fā)生在莖的薄壁細胞中，而其他大多數(shù)植物則是發(fā)生在莖、谷粒、肉質(zhì)果實之類的終端類庫組織。對甘蔗中編碼糖轉(zhuǎn)運蛋白的基因從全基因組及演化方面進行探究有利于推動其代謝機制的研究，并最終達到提高產(chǎn)量提升經(jīng)濟效益的目的。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]甘蔗基因組研究進展[J]. 董廣蕊,石佳仙,侯藹玲,張積森. 生物技術(shù). 2018(03)
[2]清代番禺糖業(yè)研究[J]. 林曉蕾. 農(nóng)業(yè)考古. 2016(04)
[3]植物轉(zhuǎn)錄因子分類、預測和數(shù)據(jù)庫構(gòu)建[J]. 靳進樸,郭安源,何坤,張禾,朱其慧,陳新,高歌,羅靜初. 生物技術(shù)通報. 2015(11)
[4]甘蔗的起源和進化[J]. 楊翠鳳,楊麗濤,李楊瑞. 南方農(nóng)業(yè)學報. 2014(10)
[5]甘蔗屬起源及其與近緣屬進化關系研究進展[J]. 方靜平,闕友雄,陳如凱. 熱帶作物學報. 2014(04)
[6]植物基因組測序的研究進展[J]. 陳勇,柳亦松,曾建國. 生命科學研究. 2014(01)
[7]DNA測序技術(shù)及其應用研究進展[J]. 劉朋虎,林冬梅,林占熺,李晶. 福建農(nóng)業(yè)學報. 2012(10)
[8]調(diào)控植物類黃酮生物合成的轉(zhuǎn)錄因子研究進展[J]. 李宗艷,李名揚. 南京林業(yè)大學學報(自然科學版). 2011(05)
[9]野生大豆GsbZIP33基因的分離及脅迫耐性分析[J]. 才華,朱延明,柏錫,紀巍,李勇,王冬冬,孫曉麗. 分子植物育種. 2011(04)
[10]80份甘蔗種質(zhì)RAMP標記遺傳多樣性分析[J]. 王英,陳守俊,朱相成,莊南生. 植物遺傳資源學報. 2011(04)
碩士論文
[1]青蝦高多態(tài)性EST-SSR標記的篩選及遺傳多樣性的研究[D]. 周巧.南京農(nóng)業(yè)大學 2013
本文編號：2997279
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