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蛋白質轉運過程中易位子通道結構變化的分子動力學模擬研究

發(fā)布時間:2020-12-06 13:38
  蛋白質的轉運必須要借助一個引導通道來完成,該引導通道稱為易位子(Sec)。Sec輔助新生肽插入到膜中或分泌到膜外的過程,是所有生物細胞中普遍存在且必不可少的。真核細胞中的易位子是Sec61,該分子是一個由α,β和γ三個亞基組成的三聚體,Sec61α亞基是由10個跨膜(transmembrane,TM)螺旋構成的一個通道結構,其中TM2和TM7螺旋構成了一個側門。在Sec61α通道中,如果新生肽是整合膜蛋白,則側門打開,允許其通過側門插入到膜中,否則側門不打開,新生肽被分泌到膜外。在插入過程中,Sec61α通道結構的變化對新生肽的膜插入和維持膜的滲透性屏障至關重要。近些年來,雖然對Sec61α通道結構的研究已取得一些進展,但對Sec61α通道構象轉變過程中,結構恢復能力,側門、孔環(huán)、栓塞間的聯(lián)動機制仍不清楚。闡明Sec61α通道輔助蛋白質插入膜過程的分子機制一直是生物化學領域的研究熱點。由于實驗手段所限,計算機模擬成為該領域研究的有力工具。此外,Sec61α輔助蛋白質進行膜插入過程需要很多相關分子共同完成,膜插入過程極其復雜,其時空尺度跨度很大,傳統(tǒng)的全原子模擬不能達到此過程所需的時空尺... 

【文章來源】:廣西民族大學廣西壯族自治區(qū)

【文章頁數(shù)】:68 頁

【學位級別】:碩士

【部分圖文】:

蛋白質轉運過程中易位子通道結構變化的分子動力學模擬研究


細胞膜的結構.

示意圖,載體蛋白,運輸機,離子通道


圖 1-2 載體蛋白和通道蛋白運輸機制示意圖[4].1.1.1 離子通道和水通道目前發(fā)現(xiàn)的通道蛋白已經有 100 多種。離子通道(ion channel)位于細胞膜上,是由

示意圖,插入膜,螺旋,過程


圖 1-3 TM 螺旋插入膜的過程示意圖[15].位的機制需要知道 Sec 結構的詳細信息。Hanein[20]n[24]等人通過單顆粒電子顯微鏡獲得低分辨率分離的結合的復合物結構。Breyton[25]等人根據(jù)二維晶體的電

【參考文獻】:
期刊論文
[1]介觀模擬研究溫度對DPPC磷脂雙層膜結構的影響[J]. 尹倩倩,史新元,丁海歐,戴幸星,喬延江.  計算機與應用化學. 2015(05)
[2]蛋白質結構預測方法簡述[J]. 靳利霞,唐煥文.  自然雜志. 2001(04)

博士論文
[1]分子動力學模擬在幾類重要蛋白研究中的應用[D]. 吳云劍.吉林大學 2014
[2]一類非平衡分子動力學模擬中優(yōu)化方法的研究[D]. 楊坤.大連理工大學 2009

碩士論文
[1]新型多肽基人工離子通道的設計、合成及性質研究[D]. 譚思.河南師范大學 2017



本文編號:2901469

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