本研究采用高通量測序方法,測定了蟻科6屬6種(即粗角猛蟻屬Cerapachy的西藏粗角猛蟻C.xizangensis、矛猛蟻屬M(fèi)yopopone的紅矛猛蟻M.castanea、細(xì)長蟻屬Tertaponera的飄細(xì)長蟻T.allaborans、小眼蟻屬M(fèi)yopias的洛巴小眼猛蟻M.luobaensis、行軍蟻屬Doxrylus的東方行軍蟻D.orientalis、鈍猛蟻屬Amblyopone的細(xì)齒點(diǎn)猛蟻A.crenatum)的線粒體基因組全序列,并自行設(shè)計(jì)引物補(bǔ)齊了高通量測序缺口。對每一個(gè)種的線粒體基因組進(jìn)行了注釋和堿基分析,并下載NCBI上已經(jīng)發(fā)表的蟻科20種的線粒體基因組序列,提取其蛋白質(zhì)基因和rRNA基因,并聯(lián)合本研究的6種,建立了COX1,COX2,rrnL,rrnS,COX1+COX2+rrnL+rrnS以及蛋白基因6個(gè)數(shù)據(jù)集,構(gòu)建BI樹和ML樹進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析,旨在探討蟻科各種在亞科級階元上的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,豐富其線粒體基因數(shù)據(jù)庫。本研究得到以下結(jié)果:1.測得粗角猛蟻屬Cerapachy的西藏粗角猛蟻C.xizangensis、矛猛蟻屬M(fèi)yopopone的紅矛猛蟻M.castanea、細(xì)長蟻屬Tertaponera的飄細(xì)長蟻T.allaborans、小眼蟻屬M(fèi)yopias的洛巴小眼猛蟻M.luobaensis、行軍蟻屬Doxrylus東方行軍蟻D.orientalis、鈍猛蟻屬Amblyopone-細(xì)齒點(diǎn)猛蟻A.crenatum的線粒體序列分別為16769bp,15890bp,15459bp,15227bp,17792bp,16016bp,其中洛巴小眼猛蟻和東方行軍蟻的線粒體序列可能在CR區(qū)附近存在缺口,其余序列均已測通。2.研究發(fā)現(xiàn)6種螞蟻的線粒體蛋白基因均排列一致,且ATP8-ATP6與NAD4-NAD4L這兩組基因之間常有基因重疊現(xiàn)象。tRNA基因有較多的重排現(xiàn)象,如CR區(qū)到NAD2基因之間的3個(gè)基因(tRNA-Met,tRNA-Gln,tRNA-Ile)均有活躍的基因重排事件,tRNA-Ala基因在西藏粗角猛蟻和紅矛猛蟻的線粒體基因組中發(fā)生了倒置,tRNA-Val基因在紅矛猛蟻、飄細(xì)長蟻、細(xì)齒點(diǎn)猛蟻、洛巴小眼猛蟻和東方行軍蟻的線粒體基因組中發(fā)生了倒置,tRNA-Trp基因在洛巴小眼猛蟻的線粒體基因組中發(fā)生了異位倒置。發(fā)現(xiàn)東方行軍蟻的tRNA-Pro基因與NAD6基因的間隔區(qū)存在高度重復(fù)序列TATAAA,同時(shí)NAD2基因至tRNA-Gln基因出現(xiàn)了重復(fù),而且序列一樣,洛巴小眼猛蟻NAD1基因以TTG為起始密碼子。3.除了洛巴小眼猛蟻NAD1基因外,其余的蛋白基因均以典型的ATN作為起始密碼子,大部分蛋白基因以TAA為終止密碼子,一部分蛋白基因以TAG為終止密碼子,還有少數(shù)的蛋白基因以不完全密碼TA或者是T結(jié)尾。通過統(tǒng)計(jì)各個(gè)物種的RSCU,發(fā)現(xiàn)線粒體蛋白編碼基因以UUU、UUA、AUU、AUA、UAU、AAU六種密碼子居多,這和線粒體基因組具有明顯AT偏向性相符合。4.從tRNAscan-SE網(wǎng)站上下載了6種螞蟻的大部分tRNA二級結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)有一些種tRNA的存在著錯(cuò)配現(xiàn)象,主要是U-U錯(cuò)配且都發(fā)生于氨基酸接受臂上。5.利用COX1,COX2,rrnL,rrnS,COX1+COX2+rrnL+rrnS以及蛋白基因6個(gè)數(shù)據(jù)集建立了6種螞蟻的ML樹和BI樹,多基因聯(lián)合建樹結(jié)果支持蟻亞科與切葉蟻亞科為姐妹群關(guān)系,大多數(shù)建樹結(jié)果顯示西藏粗角猛蟻與東方行軍蟻親緣關(guān)系很近,這一結(jié)果支持將粗角猛蟻亞科歸為行軍蟻亞科。
【學(xué)位單位】：廣西師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：Q963
【部分圖文】：

圖 1-2 昆蟲線粒體基因組原始排列（引自：陳志騰，杜予州, 2016）ure 1-2 Original arrangement of insect mitochondrial geno源代，Margulis 提出線粒體共生起源理論，這是解釋

圖 1-2-5 tRNA 二級結(jié)構(gòu)（引自：周雪婷 , 2017）Figure 1-2-5 Secondary structure of tRNA因組堿基組成特點(diǎn)偏向性分析

-4a成環(huán)序列
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本文編號：2852434