β-乳球蛋白與川陳皮素相互作用機(jī)制研究
【學(xué)位授予單位】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號】:TS201.21
【圖文】:
考慮到結(jié)合過程中蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)的構(gòu)象改變,此模型只能用于解存在微小構(gòu)象改變的蛋白質(zhì)-配體結(jié)合模式!版i鑰模型”和“誘導(dǎo)契合中的蛋白質(zhì)構(gòu)象看作獨(dú)立且穩(wěn)定,而忽略了大多數(shù)蛋白質(zhì)構(gòu)象在本進(jìn)而,“構(gòu)象選擇(Conformation selection)”理論被提出(Tobi et al 200種模型,“構(gòu)象選擇”理論考慮到蛋白質(zhì)自身的靈活性,其假定蛋白狀態(tài)下并不是獨(dú)立的、穩(wěn)定的,而是以各種不同構(gòu)象存在達(dá)到平衡件下,配體可以選擇與其最匹配的蛋白質(zhì)構(gòu)象結(jié)合,最終蛋白質(zhì)構(gòu)能與配體結(jié)合的蛋白質(zhì)構(gòu)象轉(zhuǎn)移。換句話說,也就是未結(jié)合配體的朝著能與配體結(jié)合構(gòu)象轉(zhuǎn)變的。其后的研究中,關(guān)于分子識別認(rèn)識也不斷深入。研究發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)與二者間的互補(bǔ)性高,主要包括能量及空間結(jié)構(gòu)相關(guān)互補(bǔ);凇皹(gòu)象們可以得知:蛋白質(zhì)與配體分子形成復(fù)合物的過程中,會導(dǎo)致二者化性質(zhì)的改變。因此,從分子水平上探究蛋白質(zhì)與配體間的相互作白質(zhì)功能、設(shè)計基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的營養(yǎng)、藥物載體可起到一定的參考
提供了理論基礎(chǔ)。分子動力學(xué)模擬軟件有 AMBER(Case et al 2005, Pearlman et aBrooks et al 2009)、GROMOS(Christen et al 2005)以及 NAMD(Ph子動力學(xué)模擬相關(guān)的結(jié)構(gòu)一般基于分子對接得到。在此操作中定條件的盒子中,加入平衡離子進(jìn)行中和處理保持電中性;然術(shù)優(yōu)化體系結(jié)構(gòu),接著在一定溫度下模擬分析分子動力特征同接著在算法分析基礎(chǔ)上,確定出蛋白的構(gòu)象變化情況,同時對。球蛋白球蛋白的結(jié)構(gòu)
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本文編號:2723775
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