發(fā)布時間：2024-05-16 05:50

　　香蕉枯萎病是世界香蕉產業(yè)的毀滅性病害。目前,多數香蕉轉錄組研究樣本均是香蕉幼苗,本論文通過RNA-Seq技術研究發(fā)病蕉園中花芽分化期抗病品種寶島蕉和感病品種巴西蕉根部組織之間的轉錄組差異,以期獲得與香蕉枯萎病抗性密切相關的重要基因。分別以幼苗期和花芽期香蕉根系為樣本,運用實時熒光定量PCR的方法,對10個抗病相關基因進行了表達分析,并探討了其抗病機理。本研究為豐富現有香蕉轉錄組數據庫、發(fā)掘寶島蕉抗枯萎病相關基因及探討寶島蕉抗枯萎病機理奠定了基礎。主要結果如下:(1)發(fā)病蕉園巴西蕉和寶島蕉花芽分化期香蕉根樣經過轉錄組測序,在巴西蕉中得到17773064×2條高質量序列,有26917421條高質量序列能注釋到香蕉基因組;在寶島蕉中得到20083619×2條高質量的序列,有28353810條高質量序列能注釋到香蕉基因組。通過與GO、COG和KEGG數據庫比對,得到25029條序列被注釋到GO的三大分類中,9461條序列被注釋到COG的23個功能分類中,及10598條序列注釋到290條KEGG通路中。(2)通過對巴西蕉和寶島蕉兩個香蕉樣本的轉錄組進行比較分析,我們得到107個差異表達基因,其中...

【文章頁數】：72 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖３－１原始數據的巧基與質貴分布圖??Ｆｉｇ．３－１??

?１７７７３０６４＊２?３，３４１，３３６，０３２??從圖３－１可知，上述所獲得的測序數據達到后續(xù)的分析要求。對于雙端測序數據??的評估結果如圖３－１所示，由堿基在序列中的分布圖（圖３－１－Ａ）可見，每個位置上??Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ在開始有所波動，之后會趨于穩(wěn)定。一般情況下Ａ與Ｔ相等....

圖３－２?ＧＯ功化分類??Ｆｉｇ．３－２?ＧＯ?Ｉｎｕｎｃｔｉｏｎ?Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ??注：圖中橫坐標表示ＧＯ的二級分類術語，左邊縱坐標表示包含在該二級分類中的ｉｓｏｇｅｎｅ占總數的百分比，??

３丄３?ＧＯ功能分類??用ＧＯ數據庫對測序得到的基因進行基于序列同源性的功能分類，通過Ｂｌａｓｔｓ?ＧＯ??軟件，可快速得到高質量數據的ＧＯ分類結果（圖３－２）。我們對質控后的高質量序??列進行了?ＧＯ功能注釋，結果發(fā)現共有２５０２９個序列被分配到生物過程（Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?....

圖3一表達童(FPKMscores)分?

Ｆｉｇ．３－５?Ｔｈｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ＦＰＫＭ?ｓｃｏｉ＊ｅｓ?ａｎｄ?ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ?ｏｆ?ａｖｅｒａｇｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｌｅｖｅｌ?ｉｎ?ｓａｍｐｌ注；圖中Ａ為寶島蕉樣本，Ｂ為己西蕉樣本。（ａ）表達量（ＦＰＫＭｓｃｏｒｅｓ）分布圖，橫坐標....

圖３－６差異表達的可視化圖??巧３．３－６?Ｔｈｅ?ｖｉｓｕａｌ?ｍａｐ?ｏｆ?（ＩＨＴｃｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ??注：Ａ為寶島蕉樣本，Ｂ為己西蕉樣本，??

巧３．３－６?Ｔｈｅ?ｖｉｓｕａｌ?ｍａｐ?ｏｆ?（ＩＨＴｃｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ??注：Ａ為寶島蕉樣本，Ｂ為己西蕉樣本，??從表達量（ＦＰＫＭ?ｓｃｏｒｅｓ）分布圖和樣品平均表達狀況可視化圖（圖３－５）可見，??己西蕉和寶島蕉根部的兩個轉錄組雖然高度一致，但仍存....

本文編號：3974784