紫薇屬(Lagerstroemia Linnaeus)隸屬于千屈菜科(Lythraceae),主要分布于全球溫帶和熱帶地區(qū)。該屬在全球約55種,我國(guó)分布有18種,是夏季著名的觀賞性植物,花期能夠達(dá)到100天,又被稱(chēng)為百日紅。因其花色艷麗、花期長(zhǎng),紫薇在園林中的應(yīng)用日益廣泛。由于頻繁的種間雜交和基因漸滲,紫薇屬內(nèi)種間的系統(tǒng)發(fā)育問(wèn)題一直存在疑惑;雖然紫薇屬的花序使其很容易與其他類(lèi)群區(qū)別,但由于缺乏有效的形態(tài)分類(lèi)性狀,受環(huán)境條件和不同發(fā)育階段的影響,紫薇屬植物存在著多個(gè)形態(tài)分類(lèi)上的爭(zhēng)議分歧物種,在種水平上對(duì)紫薇屬植物進(jìn)行分類(lèi)比較困難。葉綠體(Chloroplast)基因組序列不僅是研究系統(tǒng)發(fā)育問(wèn)題的有力工具,而且是用于評(píng)估遺傳多樣性最有價(jià)值的分子標(biāo)記來(lái)源。因此,本研究對(duì)紫薇屬6個(gè)物種的葉綠體基因組測(cè)序,利用生物信息學(xué)手段對(duì)比分析紫薇屬基因組特點(diǎn)和差異,重建紫薇屬系統(tǒng)發(fā)育及進(jìn)化關(guān)系;從葉綠體基因組序列變異程度、種內(nèi)種間變異以及物種鑒定等方面在紫薇屬中對(duì)國(guó)際通用條形碼(mat K、psb A-trn H、rbc L)進(jìn)行適用性評(píng)價(jià);并從葉綠體基因組中篩選高變片段作為紫薇屬特異性條形碼,為紫薇屬物...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖2.1紫薇屬物種葉綠體基因組結(jié)構(gòu)圖

132.2結(jié)果與分析2.2.1紫薇屬葉綠體基因組的結(jié)構(gòu)和基本特征將13種紫薇屬物種的葉綠體基因組結(jié)構(gòu)和序列長(zhǎng)度進(jìn)行對(duì)比，結(jié)果統(tǒng)計(jì)到表2.2中。結(jié)果顯示，本研究中13個(gè)紫薇屬葉綠體基因組序列長(zhǎng)度均接近152kb。其中最短的是南紫薇，長(zhǎng)度為152049bp，而最長(zhǎng)的是西雙紫薇，長(zhǎng)度為....

圖2.213個(gè)紫薇屬物種葉綠體基因組的LSC區(qū)、SSC區(qū)和IR區(qū)的結(jié)構(gòu)圖

圖2.3在mVISTA中使用ShuffleLAGAN比對(duì)算法對(duì)整個(gè)葉綠體基因組進(jìn)行序列比對(duì)，選擇了紫薇作為參考基因組，垂直刻度表示序列同一性的百分比，范圍從50％到100％Figure2.3SequencealignmentofwholechloroplastgenomesusingtheShuffleLAGANalignmentalgorithminmVISTA.Lagerstroemiafaurieiwaschosentobethereferencegenome.The...

19圖2.3在mVISTA中使用ShuffleLAGAN比對(duì)算法對(duì)整個(gè)葉綠體基因組進(jìn)行序列比對(duì)，選擇了紫薇作為參考基因組，垂直刻度表示序列同一性的百分比，范圍從50％到100％Figure2.3Sequencealignmentofwholechloroplastgenomesu....

圖2.4紫薇葉綠體基因組的20個(gè)氨基酸的密碼子含量和79個(gè)編碼基因的終止密碼子，直方圖的顏色對(duì)應(yīng)于密碼子的顏色Figure2.4Codoncontentof20aminoacidandstopcodonof79codinggenesof

20中有79個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，其編碼25068-27111個(gè)密碼子。RSCU的最小值為0.39，最大值為1.81。GCU的RSCU值最高，范圍為1.54至1.81。RSCU值與編碼單個(gè)氨基酸的密碼子數(shù)量呈正相關(guān)。蛋氨酸和色氨酸是最不常見(jiàn)的氨基酸，亮氨酸，精氨酸和絲氨酸是最常見(jiàn)的氨....

本文編號(hào)：3903187