平菇(Pleurotus ostreatus)的生長發(fā)育對其栽培育種以及農(nóng)副產(chǎn)品的加工有著深遠(yuǎn)的影響。凝集素是在不同有機(jī)體中非免疫來源的蛋白或者糖蛋白。凝集素(lectin)不僅在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的免疫調(diào)節(jié)以及抑制病毒增殖方面得以應(yīng)用,并且其與食用真菌的生長發(fā)育息息相關(guān)。本論文基于從頭拼接(De novo)的RNA-Seq技術(shù),分析了平菇P739雙核菌株不同發(fā)育時期的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)并利用生物信息學(xué)方法分析了在P739和已測序平菇PC15的凝集素基因,可以讓我們在轉(zhuǎn)錄本水平上了解平菇的基因結(jié)構(gòu)、功能、可變剪接以及特定生理過程的分子機(jī)理,結(jié)果如下:1)通過提取P739的四個不同生長發(fā)育階段即菌絲(Myc)、原基(Pri)、幼嫩子實體(Yfb)、成熟子實體(Mfb)時期的總RNA,構(gòu)建mRNA的鏈特異性文庫,通過Illumina Hi-seq 2500獲得P739在這四個不同生長發(fā)育時期的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。由于P739與已測序的平菇PC15的同源性較低,故采用De novo從頭拼接的技術(shù)對測序結(jié)果進(jìn)行組裝,組裝結(jié)果總計Unigene 51131個,總長111850405nt,平均長度2188nt,N50達(dá)到3...

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【學(xué)位級別】：碩士

圖2.1生物信息學(xué)分析流程

圖2.2利用Trinity進(jìn)行denovo轉(zhuǎn)錄本組裝步驟圖

圖2.3平菇四個不同發(fā)育時期的總RNA提取圖

圖2.4四個不同發(fā)育時期鏈特異性cDNA文庫的電泳檢測

本文編號：3889272