石榴(Punica granatum L.)為千屈菜科(Lythraceae)石榴屬(Punica granatum)古老的果樹,是重要的功能性水果,在我國栽培歷史悠久,遺傳多樣性豐富。果實富含類黃酮類、安石榴苷等抗氧化物質(zhì),具有很高的經(jīng)濟價值。而石榴的商品價值主要取決于果實的外觀品質(zhì)和內(nèi)在品質(zhì),果皮色澤不僅影響果實的外觀性狀和市場價值,而且在很大程度上關(guān)系到果實的內(nèi)在品質(zhì)和營養(yǎng)價值。研究石榴果皮中花青苷合成的分子機理不僅能為石榴果皮著色的研究奠定重要的理論基礎(chǔ),還可以利用克隆的重要基因?qū)κ襁M行分子育種改良,從而改良石榴的外觀品質(zhì)。目前,對果樹如蘋果、葡萄等品種的花青苷合成的分子機理研究很深入,近年來石榴的花青苷合成的分子機理已經(jīng)成為石榴研究的熱點,目前國內(nèi)還沒有任何石榴轉(zhuǎn)錄組測序方面的研究。本研究利用Illumina測序技術(shù)對石榴的果皮、籽粒進行了轉(zhuǎn)錄組測序,并且對果皮、籽粒的轉(zhuǎn)錄組進行比較分析和花青苷合成代謝等途徑的解析;對相關(guān)調(diào)控因子MYB基因進行了基因克隆和功能預(yù)測研究,主要結(jié)果如下:1、石榴果皮、籽粒轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的序列組裝。使用Velvet、SOAP Denovo、Trini...

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
致謝
摘要
abstract
1 前言
    1.1 石榴概述
        1.1.1 石榴的生物學(xué)特性
        1.1.2 石榴的價值與栽培現(xiàn)狀
    1.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)概述
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組概念
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組研究方法概述
        1.2.3 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)發(fā)展歷程
        1.2.4 植物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進展
    1.3 花色苷概述
        1.3.1 花色苷生物合成途徑
    1.4 植物MYB轉(zhuǎn)錄因子
        1.4.1 MYB轉(zhuǎn)錄因子概述
        1.4.2 MYB轉(zhuǎn)錄因子對花青苷的調(diào)控研究
    1.5 本論文研究的內(nèi)容、目的、意義
2 石榴果皮、籽粒轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 石榴籽粒、果皮總RNA的提取
        2.1.3 轉(zhuǎn)錄組測序
        2.1.4 測序數(shù)據(jù)的統(tǒng)計與評估
        2.1.5 序列組裝
        2.1.6 Unigenes功能注釋
    2.2 結(jié)果與討論
        2.2.1 石榴果皮、籽�？俁NA提取
        2.2.2 測序統(tǒng)計與質(zhì)量分析
        2.2.3 序列組裝結(jié)果
        2.2.4 RNA-seq序列比對結(jié)果
        2.2.5 COG功能分類
        2.2.6 Unigenes GO功能分析
        2.2.7 KEGG代謝通路分析
3 石榴MYB基因的克隆與生物信息分析
    3.1 試驗材料與方法
        3.1.1 植物材料
        3.1.2 主要試劑及儀器
        3.1.3 試驗用具處理
        3.1.4 試驗方法
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 MYB氨基酸序列相似性比較與系統(tǒng)進化樹分析
        3.2.2 MYB理化性質(zhì)分析
        3.2.3 MYB信號肽分析
        3.2.4 MYB跨膜結(jié)構(gòu)分析
        3.2.5 MYB親疏水性分析
        3.2.6 MYB蛋白亞細胞定位
        3.2.7 MYB蛋白結(jié)構(gòu)功能域分析
        3.2.8 MYB蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
4 討論
    4.1 幾種轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拼接軟件的比較
    4.2 石榴轉(zhuǎn)錄組測序研究
    4.3 MYB基因克隆及生物信息學(xué)分析
5 結(jié)論
參考文獻
附錄



本文編號：3856776