楊梅(Morella rubra Lour.)屬楊梅科(Myricaceae)楊梅屬(Morella Lour.),是一種特產(chǎn)于中國(guó)的著名水果,自然分布于中國(guó)和鄰近的東亞各國(guó)。楊梅屬在中國(guó)分布有4個(gè)種,分別為楊梅、毛楊梅(M. esculenta)、青楊梅(M adenophora)和云南楊梅(M. nand),其中只有楊梅被馴化為水果。我國(guó)的野生楊梅群體分布很廣,在華東、華南至西南11個(gè)省區(qū)均有存在,是栽培楊梅的主要種質(zhì)資源庫。栽培楊梅在中國(guó)馴化已有2000多年,目前已形成浙江、江蘇、福建、廣東等多個(gè)主要栽培區(qū)。目前,關(guān)于楊梅系統(tǒng)地位、野生楊梅群體遺傳結(jié)構(gòu)及歷史動(dòng)態(tài)、栽培楊梅的馴化起源及品種間關(guān)系一直沒有得到很好解決。本研究在前人研究基礎(chǔ)上,基于二代高通量測(cè)序中的簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)RAD-seq研究了楊梅的系統(tǒng)地位；通過對(duì)楊梅葉綠體全基因組分析,基于篩選的具有多態(tài)性的cpDNA片段,并結(jié)合核SSR及RAD-seq分子標(biāo)記分析了野生楊梅群體的遺傳多樣性及歷史動(dòng)態(tài)、栽培楊梅的馴化起源以及不同楊梅栽培品種(系)之間的關(guān)系。得到的以下主要?jiǎng)?chuàng)新性研究結(jié)果：(1)楊梅的系統(tǒng)地位及種間、種內(nèi)分化歷...

【文章頁數(shù)】：181 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第1章 前言
    1.1 被子植物分子系統(tǒng)學(xué)研究進(jìn)展
    1.2 植物群體遺傳及親緣地理學(xué)概述
        1.2.1 植物群體遺傳學(xué)
        1.2.2 植物親緣地理學(xué)概述
    1.3 栽培植物馴化起源研究
        1.3.1 植物馴化起源概述
        1.3.2 分子標(biāo)記在植物馴化起源中的應(yīng)用
    1.4 楊梅的研究概況
        1.4.1 物種介紹及其研究現(xiàn)狀
        1.4.2 楊梅種質(zhì)遺傳及品種間關(guān)系研究
        1.4.3 存在的問題和研究意義
        1.4.4 研究?jī)?nèi)容和目的
第2章 野外調(diào)查與采樣
    2.1 資源調(diào)查與采集方法
    2.2 野外調(diào)查及采樣結(jié)果
        2.2.1 野外調(diào)查及形態(tài)學(xué)描述
        2.2.2 野外采集結(jié)果
第3章 楊梅屬中國(guó)種類的系統(tǒng)位置及分化時(shí)間研究
    3.1 材料和方法
        3.1.1 材料
        3.1.2 方法
            3.1.2.1 分子系統(tǒng)學(xué)方法
            3.1.2.2 種內(nèi)種間分化時(shí)間估算
            3.1.2.3 De novo組裝和序列注釋
    3.2 結(jié)果分析
        3.2.1 基因組DNA提取及檢測(cè)
        3.2.2 RAD標(biāo)簽生成及De novo組裝
        3.2.3 系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系及分化時(shí)間估算
        3.2.4 序列注釋及GO富集分析
    3.3 討論
        3.3.1 楊梅及其近緣種親緣關(guān)系及分類
        3.3.2 青海-西藏高原(QTP)第三次隆起與楊梅種內(nèi)分化
        3.3.3 基于RAD-seq對(duì)楊梅遺傳資源的開發(fā)
    3.4 小結(jié)
第4章 楊梅葉綠體基因組測(cè)序與組裝
    4.1 材料
    4.2 方法
        4.2.1 基因組總DNA提取
        4.2.2 文庫的制備和測(cè)序
        4.2.3 葉綠體基因組拼接與組裝
        4.2.4 葉綠體基因組注釋
        4.2.5 葉綠體基因組SNP及SSR分子標(biāo)記開發(fā)
    4.3 結(jié)果
        4.3.1 測(cè)序結(jié)果分析
        4.3.2 葉綠體基因組拼接與組裝
        4.3.3 基因注釋結(jié)果
        4.3.4 SNP及SSR分子標(biāo)記開發(fā)
    4.4 討論
        4.1.1 基于Illumina測(cè)序平臺(tái)對(duì)楊梅葉綠體基因組的組裝
        4.1.2 楊梅葉綠體基因組結(jié)構(gòu)特征
第5章 野生楊梅群體遺傳及親緣地理研究
    5.1 材料
    5.2 方法
        5.2.1 基因組DNA提取
        5.2.2 基于RAD-seq對(duì)楊梅野生群體親緣關(guān)系的分析
        5.2.3 基于cpDNA序列變異的群體遺傳和親緣地理分析
            5.2.3.1 cpDNA引物篩選及群體擴(kuò)增
            5.2.3.2 數(shù)據(jù)處理及遺傳多樣性分析
            5.2.3.3 單倍型網(wǎng)絡(luò)圖及系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建
            5.2.3.4 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析及歷史動(dòng)態(tài)分析
        5.2.4 基于SSR楊梅群體遺傳結(jié)構(gòu)及動(dòng)態(tài)歷史分析
            5.2.4.1 SSR引物篩選及評(píng)價(jià)
            5.2.4.2 SSR原始數(shù)據(jù)處理
            5.2.4.3 野生楊梅群體遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析
            5.2.4.4 野生楊梅群體動(dòng)態(tài)歷史分析
    5.3 結(jié)果分析
        5.3.1 基于RAD-seq對(duì)楊梅野生群體親緣關(guān)系的研究
        5.3.2 cpDNA序列的測(cè)序結(jié)果
        5.3.3 基于cpDNA的單倍型譜系關(guān)系分析
        5.3.4 SSR引物篩選及評(píng)價(jià)
        5.3.5 基于cpDNA和SSR的群體遺傳多樣性
        5.3.6 基于SSR的群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        5.3.7 群體歷史動(dòng)態(tài)分析
            5.3.7.1 中性檢驗(yàn)及失配分布分析
            5.3.7.2 地理隔離效應(yīng)(IBD)檢測(cè)
            5.3.7.3 群體間基因流(Nm)檢測(cè)
    5.4 討論
        5.4.1 野生楊梅的群體結(jié)構(gòu)、親緣地理及歷史動(dòng)態(tài)
        5.4.2 野生楊梅群體的遺傳多樣性及其種質(zhì)資源利用與保護(hù)
    5.5 小結(jié)
第6章 基于SSR和RAD-seq標(biāo)記對(duì)栽培楊梅馴化起源及品種(系)間關(guān)系研究
    6.1 材料
    6.2 方法
        6.2.1 基因組DNA提取
        6.2.2 基于SSR分子標(biāo)記對(duì)栽培楊梅馴化起源及品種間關(guān)系研究
            6.2.2.1 SSR群體擴(kuò)增和測(cè)序
            6.2.2.2 SSR原始數(shù)據(jù)處理
            6.2.2.3 群體遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)分析
            6.2.2.4 基于SSR標(biāo)記的栽培楊梅品種(系)間關(guān)系的研究
        6.2.3 基于RAD-seq對(duì)栽培楊梅馴化起源及品種間關(guān)系研究
            6.2.3.1 RAD文庫的制備和測(cè)序
            6.2.3.2 原始數(shù)據(jù)處理及SNP位點(diǎn)篩選
            6.2.3.3 具有親緣關(guān)系的系統(tǒng)樹構(gòu)建
        6.2.4 栽培品種(系)形態(tài)和農(nóng)藝性狀分析
    6.3 結(jié)果
        6.3.1 栽培楊梅各品種(系)農(nóng)藝性狀統(tǒng)計(jì)
        6.3.2 基于SSR分子標(biāo)記的栽培楊梅與野生楊梅的群體遺傳多樣性分析
        6.3.3 基于SSR分子標(biāo)記的群體遺傳結(jié)構(gòu)及群體間基因流分析
        6.3.4 基于RAD-seq的楊梅群體間親緣關(guān)系分析
        6.3.5 不同楊梅栽培品種(系)之間的關(guān)系
            6.3.5.1 基于SSR標(biāo)記的栽培品種(系)間的關(guān)系
            6.3.5.2 基于RAD-seq數(shù)據(jù)的栽培品種(系)間關(guān)系分析
    6.4 討論
        6.4.1 馴化對(duì)楊梅遺傳多樣性及群體遺傳結(jié)構(gòu)影響
        6.4.2 栽培楊梅的馴化起源
        6.4.3 不同楊梅品種(系)間的關(guān)系
    6.5 小結(jié)
第7章 總結(jié)與展望
    7.1 總結(jié)
    7.2 展望
參考文獻(xiàn)
附錄
在讀期間的主要成果
致謝



本文編號(hào)：3822163