為探究江西鉛山紅芽芋和江西鉛山青稈芋之間的分子差異,以江西鉛山紅芽芋(HYY組)和江西鉛山青稈芋(QGY組)的試管苗為試驗材料進行轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明:HYY組Clean reads為41 298 676,GC含量為53.09%;QGY組Clean reads為45 551 860,GC含量為51.17%。HYY組和QGY組表達量FPKM的對數(shù)值在0～2,表達量密度在0～0.7。HYY組和QGY組表達的共有基因數(shù)為14 038,HYY組單獨表達的基因數(shù)為17 843,QGY組單獨表達的基因數(shù)為18 634。HYY組和QGY組表達量的相關(guān)系數(shù)為0.035,樣本間相關(guān)性較差。HYY組和QGY組共產(chǎn)生差異表達基因32 555個,與QGY組比較,HYY組上調(diào)基因15 887,下調(diào)基因16 668。GO富集分析顯示,差異基因主要注釋到多糖代謝過程、基因沉默、果膠分解代謝過程、碳水化合物代謝過程、生長素激活的信號通路、細胞外區(qū)、膜的固有成分、膜的組成成分、膜部件、凋亡細胞、作用于糖基鍵水解酶活性、水解O-糖基化合物的水解酶活性、蛋白質(zhì)二聚活性、DNA結(jié)合、氧化還原酶活性對二酚及其相關(guān)物質(zhì)的作用等功...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 RNA提取
        1.2.2 Illumina Hiseq測序
        1.2.3 數(shù)據(jù)分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
    2.2 轉(zhuǎn)錄組從頭組裝結(jié)果評估
    2.3 測序數(shù)據(jù)與組裝結(jié)果比對
    2.4 表達量統(tǒng)計
    2.5 表達量樣本間Venn分析
    2.6 表達量樣本間相關(guān)性分析
    2.7 差異表達分析
    2.8 差異表達基因GO富集分析
    2.9 差異表達基因KEGG注釋
    2.10 與芋稈澀味相關(guān)差異表達基因的篩選
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