花是園林植物的重要觀賞部分,對(duì)于花型、花色等性狀的變異改良研究具有極大經(jīng)濟(jì)效益,也一直是花發(fā)育研究的熱點(diǎn)。重瓣是一種突變花型,觀賞價(jià)值大,關(guān)于其形成分子機(jī)理的研究對(duì)提高植物觀賞性具有重大意義。矮牽牛既是園林植物中被廣泛應(yīng)用的花壇花卉,也同擬南芥、金魚(yú)草一樣是植物花發(fā)育研究的模式植物,因此是研究重瓣性狀的理想材料。本研究結(jié)合前人的研究分析結(jié)果,從正向遺傳學(xué)角度出發(fā),通過(guò)全基因組重測(cè)序構(gòu)建矮牽牛遺傳連鎖圖譜。同時(shí)利用分子標(biāo)記與近等基因系對(duì)重瓣基因進(jìn)行定位,結(jié)合圖譜定位結(jié)果,以期圈定重瓣基因所在區(qū)間,獲得重瓣候選基因。目前獲得的主要研究結(jié)果如下:1.利用原有標(biāo)記比對(duì)到重瓣基因組9條Scaffold,根據(jù)單重瓣矮牽牛重測(cè)序及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果,用IGV軟件對(duì)9條Scaffold上注釋的459個(gè)基因進(jìn)行篩選,得到52個(gè)在單重瓣中CDS序列存在顯著差異的基因。優(yōu)先對(duì)在重測(cè)序或轉(zhuǎn)錄組中顯示單瓣完全缺失的基因設(shè)計(jì)引物進(jìn)行差異片段擴(kuò)增,其中4對(duì)引物在單重瓣矮牽牛中擴(kuò)增出現(xiàn)差異,擴(kuò)大群體檢測(cè)在單重瓣中擴(kuò)增差異穩(wěn)定存在。同時(shí)篩選得到37個(gè)在單重瓣中啟動(dòng)子序列存在顯著差異,并且在重瓣中表達(dá)量上調(diào)的基因。2.選取近...

【文章頁(yè)數(shù)】：69 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
1 前言
    1.1 分子標(biāo)記技術(shù)
        1.1.1 遺傳標(biāo)記的發(fā)展
        1.1.2 DNA分子標(biāo)記
            1.1.2.1 DNA分子標(biāo)記的分類(lèi)
            1.1.2.2 SNP標(biāo)記
        1.1.3 分子標(biāo)記在觀賞植物中的應(yīng)用現(xiàn)狀
    1.2 植物遺傳圖譜的構(gòu)建
        1.2.1 遺傳圖譜的定義及應(yīng)用
        1.2.2 遺傳圖譜構(gòu)建方法
        1.2.3 基于高通量測(cè)序的遺傳圖譜構(gòu)建
        1.2.4 矮牽牛遺傳圖譜構(gòu)建
    1.3 重瓣性研究進(jìn)展
        1.3.1 重瓣花形成的分子機(jī)理
        1.3.2 矮牽牛重瓣性研究現(xiàn)狀
    1.4 本研究的目的和意義
2 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 近等基因系
        2.1.2 遺傳圖譜構(gòu)建的親本及群體
        2.1.3 試驗(yàn)試劑
        2.1.4 主要儀器設(shè)備
        2.1.5 所需試劑配方
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 基因組DNA提取
        2.2.2 差異基因篩選
        2.2.3 與矮牽牛重瓣性狀緊密連鎖分子標(biāo)記篩選
            2.2.3.1 特異引物設(shè)計(jì)
            2.2.3.2 PCR擴(kuò)增及檢測(cè)
            2.2.3.3 共線(xiàn)性分析
        2.2.4 矮牽牛遺傳圖譜構(gòu)建
            2.2.4.1 親本及群體全基因組測(cè)序
            2.2.4.2 SNP檢測(cè)和基因分型
            2.2.4.3 遺傳圖譜構(gòu)建
            2.2.4.4 重瓣性狀定位
3 結(jié)果與分析
    3.1 差異基因篩選
        3.1.1 結(jié)構(gòu)變異基因篩選
        3.1.2 差異片段擴(kuò)增
        3.1.3 啟動(dòng)子差異篩選
    3.2 與矮牽牛重瓣性狀緊密連鎖分子標(biāo)記的篩選
        3.2.1 近等基因系篩選群體構(gòu)建
        3.2.2 標(biāo)記檢測(cè)結(jié)果
        3.2.3 共線(xiàn)性分析
    3.3 矮牽牛遺傳圖譜構(gòu)建
        3.3.1 作圖群體構(gòu)建及基因組DNA提取
        3.3.2 全基因組重測(cè)序
        3.3.3 SNP檢測(cè)和基因分型
        3.3.4 遺傳圖譜構(gòu)建
            3.3.4.1 JoinMap4.1 軟件分群及圖譜構(gòu)建
            3.3.4.2 LepMap3 軟件分群及圖譜構(gòu)建
        3.3.5 重瓣性狀定位
4 討論
    4.1 遺傳圖譜構(gòu)建
    4.2 差異基因篩選
    4.3 分子標(biāo)記檢測(cè)
5 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
    附錄 Ⅰ群體Clean Data及比對(duì)結(jié)果統(tǒng)計(jì)表
    附錄 Ⅱ單重瓣CDS及啟動(dòng)子差異基因注釋信息
    附錄 Ⅲ差異基因篩選引物序列
    附錄 Ⅳ特異標(biāo)記引物序列
致謝



本文編號(hào)：3762027