枇杷（Eriobotrya japonica）是薔薇科亞熱帶常綠果樹,果實(shí)成熟期較其它水果早（春末初夏）,且具有獨(dú)特的風(fēng)味和高藥用價(jià)值,一直以來深受人們的喜愛,但果實(shí)偏酸已經(jīng)成為影響果實(shí)品質(zhì)和商品價(jià)值的主要因素。本研究以福建省主栽高酸品種‘解放鐘’和低酸品種‘白梨’為試驗(yàn)材料,借助Illumina Hi SeqTM 2000測(cè)序平臺(tái)對(duì)3個(gè)不同發(fā)育時(shí)期（花后65d、花后95d、花后125d）的果實(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序;篩選出參與蘋果酸代謝的關(guān)鍵差異基因,并對(duì)2個(gè)關(guān)鍵酶基因（cy NADP-ME2和VHP1）的全長(zhǎng)CDS進(jìn)行克隆及生物信息學(xué)分析;利用超高效液相（HPLC）對(duì)發(fā)育期果實(shí)中有機(jī)酸含量進(jìn)行測(cè)定;通過q RT-PCR對(duì)關(guān)鍵差異基因表達(dá)量進(jìn)行測(cè)定;同時(shí)對(duì)基因表達(dá)量的變化與蘋果酸含量之間的關(guān)系進(jìn)行分析,為進(jìn)一步弄清果實(shí)成熟過程中調(diào)控蘋果酸積累的分子機(jī)制提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:1.應(yīng)用RNA-Seq測(cè)序技術(shù),對(duì)2種枇杷的3個(gè)不同階段的果實(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。在18個(gè)轉(zhuǎn)錄組文庫中獲得大約27000萬個(gè)高質(zhì)量的Clean reads,進(jìn)行De novo混合組裝,共獲得的45044個(gè)Unigen... 

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
縮略詞
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1 果實(shí)有機(jī)酸代謝概述
    2 果實(shí)酸(高/低)性狀遺傳研究
    3 果實(shí)蘋果酸代謝途徑研究進(jìn)展
        3.1 蘋果酸的概述
        3.2 果實(shí)中蘋果酸代謝途徑及關(guān)鍵酶的研究
    4 轉(zhuǎn)錄組研究
        4.1 轉(zhuǎn)錄組的概述
        4.2 RNA-Seq測(cè)序技術(shù)研究進(jìn)展
        4.3 RNA-seq測(cè)序技術(shù)在木本果樹中的應(yīng)用
    5 本研究的目的、內(nèi)容
        5.1 研究目的
        5.2 研究?jī)?nèi)容
            5.2.1 枇杷果實(shí)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析
            5.2.2 蘋果酸代謝途徑關(guān)鍵基因全長(zhǎng)的克隆
            5.2.3 果實(shí)蘋果酸代謝相關(guān)基因表達(dá)與積累分析
        5.3 技術(shù)路線
第二章 枇杷果實(shí)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析
    1 材料
    2 方法
        2.1 果實(shí)總RNA的提取及檢測(cè)
        2.2 果實(shí)c DNA文庫的構(gòu)建及測(cè)序
        2.3 轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)質(zhì)控
        2.4 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組裝與注釋
        2.5 預(yù)測(cè)編碼蛋白框(CDS)
        2.6 Unigene基因的表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
        2.7 差異基因(DEGs)的GO和 Pathway顯著性富集分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 總RNA樣品提取及質(zhì)量檢測(cè)
        3.2 枇杷果實(shí)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序質(zhì)量評(píng)估
        3.3 轉(zhuǎn)錄組結(jié)果De novo組裝和功能注釋
        3.4 GO分類和KEGG代謝通路分析
        3.5 編碼蛋白框(CDS)預(yù)測(cè)
        3.6 差異表達(dá)基因(DEGs)的分析
        3.7 差異基因GO和 pathway功能富集分析
        3.8 蘋果酸代謝途徑關(guān)鍵基因的篩選
    4 討論
        4.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組裝與注釋
        4.2 差異基因(DEGs)pathway分析
        4.3 蘋果酸代謝途徑關(guān)鍵基因的篩選
第三章 枇杷蘋果酸代謝相關(guān)基因的克隆與序列分析
    1 材料
        1.1 試材與取樣
        1.2 試劑與儀器設(shè)備
    2 試驗(yàn)方法
        2.1 總RNA、DNA提取和c DNA合成
        2.2 引物設(shè)計(jì)、合成與擴(kuò)增體系
        2.3 生物信息學(xué)分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 總RNA的提取及檢測(cè)結(jié)果分析
        3.2 cy NADP-ME2 基因的克隆和生物信息學(xué)分析
        3.3 VHP1 基因的克隆和生物信息學(xué)分析
    4 討論
第四章 枇杷果實(shí)蘋果酸積累關(guān)鍵基因表達(dá)與含量分析
    1 材料
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 試劑與儀器設(shè)備
    2 試驗(yàn)方法
        2.1 枇杷果實(shí)中蘋果酸含量的測(cè)定
        2.2 枇杷果實(shí)中可滴定酸（TA）的測(cè)定
        2.3 總RNA的提取與cDNA合成
        2.4 實(shí)時(shí)熒光定量PCR引物設(shè)計(jì)與合成
        2.5 實(shí)時(shí)熒光定量PCR反應(yīng)體系與程序
        2.6 數(shù)據(jù)處理
    3 結(jié)果與分析
        3.1 枇杷果實(shí)發(fā)育過程中蘋果酸含量的動(dòng)態(tài)變化
        3.2 蘋果酸代謝關(guān)鍵基因的表達(dá)分析及轉(zhuǎn)錄組qRT-PCR驗(yàn)證
    4 討論
        4.1 果實(shí)發(fā)育過程中果肉中蘋果酸的積累
        4.2 果實(shí)發(fā)育過程中蘋果酸代謝關(guān)鍵酶基因表達(dá)量變化及其與蘋果酸的關(guān)系
第五章 總結(jié)與展望
    1 總結(jié)
    2 展望
參考文獻(xiàn)
附件1
附件2
攻讀學(xué)位期間的學(xué)術(shù)論文與研究成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]江蘇不同產(chǎn)地‘白玉’枇杷果實(shí)品質(zhì)與果實(shí)和土壤中礦質(zhì)元素含量的相關(guān)性分析[J]. 黃霄,姚丹,陸愛華,王化坤,渠慎春,高志紅.  植物資源與環(huán)境學(xué)報(bào). 2018(02)
[2]植物磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶的研究進(jìn)展[J]. 王麗媛,張玉,徐明怡,冷海楠,伍一寧.  國土與自然資源研究. 2017(05)
[3]有機(jī)酸及揮發(fā)性香氣在枇杷醋加工中的變化及其對(duì)品質(zhì)的影響[J]. 段珍珍,袁敏,常榮,周才瓊.  食品與發(fā)酵工業(yè). 2017(12)
[4]轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 洪奇陽,畢行建,王大寧,李子真,俞海,夏寧邵,李少偉.  中國生化藥物雜志. 2017(06)
[5]紅肉枇杷和白肉枇杷果實(shí)成熟不同階段的比較轉(zhuǎn)錄組研究[J]. 陳棟,宋海巖,龔榮高,李靖,涂美艷,江國良,孫淑霞,湯浩茹.  分子植物育種. 2017(06)
[6]藍(lán)莓磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因cDNA克隆及表達(dá)分析[J]. 邵姁,王月,應(yīng)炎標(biāo),朱友銀,劉向蕾,葛凡,郭衛(wèi)東.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2016(01)
[7]杏果實(shí)蘋果酸脫氫酶基因克隆及定量表達(dá)分析[J]. 陳美霞,趙從凱,徐永芳,陳學(xué)森,張憲省.  濰坊高等職業(yè)教育. 2015 (04)
[8]轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在果樹研究中的應(yīng)用[J]. 薛輝,曹尚銀,李好先,牛娟,張富紅,趙弟廣.  江西農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2015(05)
[9]轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在高等植物中的研究進(jìn)展[J]. 黃小花,許鋒,程華,李琳玲,程水源.  黃岡師范學(xué)院學(xué)報(bào). 2014(06)
[10]RNA-Seq在果樹學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 馮超,朱長(zhǎng)青,徐昌杰,陳昆松.  果樹學(xué)報(bào). 2014(01)

博士論文
[1]歐李果實(shí)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及蘋果酸積累關(guān)鍵酶基因的克隆與表達(dá)分析[D]. 王鵬飛.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015

碩士論文
[1]枇杷果實(shí)品質(zhì)形成的分子生理機(jī)制研究[D]. 鐘燦鈺.福建農(nóng)林大學(xué) 2016
[2]兩個(gè)蘋果液泡膜質(zhì)子泵基因H+-PPase和H+-ATPase subunit A的抗逆功能鑒定[D]. 董慶龍.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[3]刺梨果實(shí)中AsA氧化分解和再生過程的生理基礎(chǔ)[D]. 劉明.貴州大學(xué) 2009
[4]枇杷果實(shí)發(fā)育過程中NADP-ME和PEPC基因的表達(dá)[D]. 謝成宇.福建農(nóng)林大學(xué) 2008



本文編號(hào)：3711223