柑橘作為我國第一大果樹,提升其果實產(chǎn)量和改良品質(zhì)是最基本的需求。先前研究報道了甜橙中Ruby基因上游區(qū)域的Copia-like LTR插入介導了血橙品種的形成,揭示了轉(zhuǎn)座子在柑橘的品質(zhì)性狀改良方面的應(yīng)用潛能。而現(xiàn)有研究對于柑橘中轉(zhuǎn)座子的注釋存在注釋標準和注釋流程不統(tǒng)一及不同物種無法橫向比較的問題。本研究主要使用了MITE-HUNTER,LTRFINDER和RepeatMasker等工具和統(tǒng)一標準,注釋了已測序的6個柑橘物種的轉(zhuǎn)座子序列,揭示了柑橘中MITE和LTR轉(zhuǎn)座子的序列特征和演化特征,同時為后續(xù)研究提供了部分轉(zhuǎn)座活躍家族序列和全基因組轉(zhuǎn)座子注釋參考數(shù)據(jù)集。本研究共注釋得到了來源于110個家族的62,010條全長MITE序列,發(fā)現(xiàn)了MITE相關(guān)序列在這6個柑橘物種中占比在3%左右。通過對序列分歧度分布和系統(tǒng)發(fā)生樹的分析,我們發(fā)現(xiàn)DTM63在部分柑橘物種中轉(zhuǎn)座活躍,這是在柑橘中首次發(fā)現(xiàn)的Mutator超家族的活躍MITE。通過同源搜索的方法,我們推測DTM63的轉(zhuǎn)座機制為cross-mobilization。此外DTM53等古老的MITE家族在嚎殼刺屬和柑橘屬分化之前就已完成了擴增爆... 

【文章頁數(shù)】：46 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
    1. 前言
        1.1 轉(zhuǎn)座子概述
        1.2 MITE和LTR研究概述
        1.3 轉(zhuǎn)座子注釋方法和工具概述
        1.4 本研究目的和內(nèi)容
    2 材料和方法
        2.1 實驗數(shù)據(jù)
        2.2 生物信息工具和數(shù)據(jù)庫
        2.3 實驗方法
    3 結(jié)果與分析
        3.1 MITE注釋與分類
        3.2 MITE家族分析
        3.3 MITE多態(tài)性
        3.4 MITE來源的small RNA
        3.5 Complete LTR及Solo LTR
        3.6 LTR的Copia和Gypsy支系分類
        3.7 LTR富集在近著絲粒區(qū)
        3.8 克里曼丁橘LTR插入時間符合指數(shù)分布
        3.9 Solo LTR形成相關(guān)因素
    4 討論
參考文獻
附錄
致謝



本文編號：3648213