菜心是起源于我國華南地區(qū)的一種蕓薹屬蔬菜,一年四季均有種植。但在盛夏秋初的生長季節(jié),菜心生長常常遭遇到不同程度的高溫脅迫,導(dǎo)致產(chǎn)量和品質(zhì)下降。近年來,菜心耐熱性的研究得到較多關(guān)注�，F(xiàn)有菜心耐熱方面的研究主要集中在農(nóng)藝性狀和生理生化特性方面,鮮有關(guān)于菜心熱脅迫響應(yīng)分子機(jī)制的報(bào)道。據(jù)此,本研究利用RNA-seq技術(shù)探討二份耐熱性強(qiáng)和二份耐熱性弱的菜心材料在高溫脅迫和對照條件下的轉(zhuǎn)錄組,通過對差異表達(dá)基因的分析,研究菜心熱脅迫響應(yīng)的分子機(jī)理;同時(shí)根據(jù)轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù),開發(fā)出菜心EST-SSR標(biāo)記,為菜心的分子標(biāo)記輔助育種工作提供基礎(chǔ)。研究主要結(jié)果如下:1.利用RNA-seq技術(shù),分析熱脅迫和對照條件下四份菜心材料葉片的轉(zhuǎn)錄組,共得到2.95×10⁸條125 bp的高質(zhì)量配對短序列,總數(shù)據(jù)量為36.9 Gb。利用組裝軟件Trinity對菜心轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)進(jìn)行de novo組裝,共獲得48,975條Unigenes,其平均長度和N50分別為779 bp和1,317 bp。將所有Unigenes與各數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,能夠注釋到NR、Uniprot、GO和COG數(shù)據(jù)庫的基因數(shù)（百分... 

【文章來源】：廣州大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】：95 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 植物耐熱性的研究進(jìn)展
        1.1.1 熱脅迫對植物生長和形態(tài)結(jié)構(gòu)的影響
        1.1.2 熱脅迫對植物生理生化特性的影響
        1.1.3 熱脅迫與基因調(diào)控
    1.2 菜心耐熱性的研究進(jìn)展
        1.2.1 熱脅迫對菜心農(nóng)藝性狀的影響
        1.2.2 熱脅迫對菜心生理特性的影響
        1.2.3 菜心耐熱相關(guān)基因的研究
    1.3 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在植物中的應(yīng)用
        1.3.1 轉(zhuǎn)錄組測序在植物抗逆性研究中的應(yīng)用
        1.3.2 轉(zhuǎn)錄組測序在植物分子標(biāo)記開發(fā)中的應(yīng)用
    1.4 本研究的目的意義及內(nèi)容
        1.4.1 目的意義
        1.4.2 研究內(nèi)容
第二章 菜心轉(zhuǎn)錄組測序及分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 材料
        2.1.2 方法
    2.2 結(jié)果
        2.2.1 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、組裝序列結(jié)果及評價(jià)
        2.2.2 ORF預(yù)測結(jié)果
        2.2.3 Unigenes的功能注釋
    2.3 討論
第三章 差異表達(dá)基因的篩選與分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 材料
        3.1.2 方法
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 四份菜心材料熱脅迫下差異表達(dá)基因分析
        3.2.2 RNA-seq分析結(jié)果的qRT-PCR驗(yàn)證
        3.2.3 熱脅迫響應(yīng)差異表達(dá)基因的Uniprot功能注釋
        3.2.4 熱脅迫響應(yīng)差異表達(dá)基因的GO功能分類
        3.2.5 熱脅迫響應(yīng)差異表達(dá)基因的KEGG通路富集
    3.3 討論
        3.3.1 四份菜心材料在高溫脅迫下的轉(zhuǎn)錄水平表達(dá)分析
        3.3.2 差異表達(dá)基因注釋結(jié)果分析
        3.3.3 菜心的熱脅迫響應(yīng)機(jī)制
        3.3.4 菜心耐熱性分子機(jī)理的推測
第四章 利用轉(zhuǎn)錄組序列信息開發(fā)菜心EST-SSR標(biāo)記
    4.1 材料與方法
        4.1.1 材料
        4.1.2 方法
    4.2 結(jié)果
        4.2.1 菜心EST-SSR位點(diǎn)的頻率和分布
        4.2.2 菜心EST-SSR位點(diǎn)的驗(yàn)證及多態(tài)性篩選
        4.2.3 多態(tài)性EST-SSR的應(yīng)用
    4.3 討論
        4.3.1 菜心轉(zhuǎn)錄組中的EST-SSR位點(diǎn)
        4.3.2 菜心EST-SSR位點(diǎn)的驗(yàn)證
        4.3.3 菜心材料的遺傳多樣性
第五章 總結(jié)與展望
    5.1 總結(jié)
        5.1.1 菜心材料轉(zhuǎn)錄組測序及分析
        5.1.2 差異表達(dá)基因分析
        5.1.3 菜心熱脅迫響應(yīng)機(jī)制
        5.1.4 EST-SSR的開發(fā)與應(yīng)用
    5.2 展望
參考文獻(xiàn)
碩士期間的科研成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[6]黃瓜花期高溫?zé)岷θ~片光合特性和果實(shí)品質(zhì)的影響[J]. 薛思嘉,楊再強(qiáng),李軍.  北方園藝. 2017(06)
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[8]熱激轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控植物逆境響應(yīng)研究進(jìn)展[J]. 田尉婧,殷學(xué)仁,李鮮,陳昆松.  園藝學(xué)報(bào). 2017(01)
[9]短期高溫脅迫對茄子主要生理指標(biāo)及葉片解剖結(jié)構(gòu)的影響[J]. 李艷艷,王俊青,李植良,孫保娟.  熱帶作物學(xué)報(bào). 2016(09)
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博士論文
[1]番茄耐寒種質(zhì)低溫脅迫下的轉(zhuǎn)錄組分析及相關(guān)基因功能鑒定[D]. 劉輝.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012

碩士論文
[1]低溫脅迫下西葫蘆轉(zhuǎn)錄組分析與SSR分子標(biāo)記開發(fā)[D]. 張宏亮.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015



本文編號：3635843