發(fā)布時(shí)間：2022-02-18 16:55

　　在中國(guó),桃金娘廣泛分布華南各地,是傳統(tǒng)中藥材資源,也是優(yōu)良的新型觀花觀果的園林植物和鄉(xiāng)村振興的新型果品經(jīng)濟(jì)作物。通過(guò)開(kāi)展我國(guó)野生桃金娘地理種源的收集與生境分析、桃金娘種源種群內(nèi)和種群間遺傳多樣性分析與基因測(cè)序研究,可探討其地理遺傳差異及其生境的影響,揭示其種源遺傳多樣性特點(diǎn)及其變異的機(jī)理,為進(jìn)一步的桃金娘的引種馴化提供理論依據(jù)和生產(chǎn)指導(dǎo)。本研究采用新一代單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記技術(shù)SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）對(duì)采自中國(guó)20個(gè)種源共179份野生桃金娘植株材料進(jìn)行親緣性差異遺傳分析:使用MEGA X軟件,基于鄰接法（neighbor-joining）,采用Kimura2-parameter模型,bootstrap重復(fù)1,000次,構(gòu)建各樣品的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)�；赟NP,通過(guò)admixture軟件,分析樣品的群體結(jié)構(gòu),分別假設(shè)樣品的分群數(shù)（K值）為1-20,進(jìn)行聚類,并對(duì)聚類結(jié)果進(jìn)行交叉驗(yàn)證,根據(jù)交叉驗(yàn)證錯(cuò)誤率的估值確定最優(yōu)分群數(shù);基于SNP,通過(guò)EIGENSOFT軟件,進(jìn)行主成分分析,得到樣品的主成分聚類情況;通過(guò)PCA分析比較桃金娘種源的親緣疏近關(guān)系,將... 

【文章來(lái)源】：廣東海洋大學(xué)廣東省

【文章頁(yè)數(shù)】：79 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

SNPS測(cè)序方法示意圖

基于SNP的桃金娘種質(zhì)資源遺傳多樣性研究122.2.1SLAF實(shí)驗(yàn)流程圖2-2生物信息分析流程Fig2-2Biologicalinformationanalysisprocess利用SLAF-seq數(shù)據(jù)分組和基因型定義軟件，基于序列相似性對(duì)所有具有清晰索引信息的SLAF對(duì)端讀取進(jìn)行聚類。為了減少計(jì)算要求，相同的讀取被合并在一起，并且通過(guò)BLAT23序列使用一對(duì)一比對(duì)檢測(cè)序列相似性，超過(guò)90%的一致性被分組在一個(gè)SLAF位點(diǎn)中。為了客觀地評(píng)價(jià)基因分型的準(zhǔn)確性，利用每個(gè)單核苷酸多態(tài)性的數(shù)量，計(jì)算了給定個(gè)體在相應(yīng)位點(diǎn)上有特定基因型的后驗(yàn)條件概率。假設(shè)某一特定位點(diǎn)有m個(gè)等位基因，表示為（A1，A2，…，Am）。根據(jù)這些基因型在有限概率空間中出現(xiàn)的理論頻率，給每個(gè)基因型分配一個(gè)先驗(yàn)概率。對(duì)于純合子基因型，這個(gè)先驗(yàn)概率是相等的，但是對(duì)于一個(gè)純合子基因型，這個(gè)概率是雙倍�？紤]一對(duì)不同的等位基因a和a/，可以使用以下公式計(jì)算一個(gè)等位基因到另一個(gè)等位基因的測(cè)序概率。過(guò)濾測(cè)序reads的接頭后，進(jìn)行測(cè)序質(zhì)量和數(shù)據(jù)量的評(píng)估。通過(guò)擬南芥數(shù)據(jù)評(píng)估RsaI+HaeIII的酶切效率，以此判斷實(shí)驗(yàn)過(guò)程的準(zhǔn)確性和有效性。根據(jù)生物信息學(xué)分析，在群體中開(kāi)發(fā)全基因組范圍的SNP標(biāo)記，利用群體內(nèi)具有代表性

廣東海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文13的高質(zhì)量SNP進(jìn)行群體多態(tài)性分析。具體生物信息分析流程見(jiàn)圖2-2。2.2.2SLAF標(biāo)簽開(kāi)發(fā)圖2-3SLAF標(biāo)簽開(kāi)發(fā)流程Fig2-3SLAFlabeldevelopmentprocess本試驗(yàn)測(cè)序產(chǎn)生的reads來(lái)源于同一限制性內(nèi)切酶對(duì)不同樣品作用產(chǎn)生的長(zhǎng)reads來(lái)源于一個(gè)SLAF片段（SLAF標(biāo)簽）。同一SLAF標(biāo)簽在不同樣品間的序列相似度遠(yuǎn)高于不同SLAF標(biāo)簽間的相似度；一個(gè)SLAF標(biāo)簽在不同樣品間序列有差異（即有多態(tài)性），即可定義為多態(tài)性SLAF標(biāo)簽。多態(tài)性SLAF標(biāo)簽開(kāi)發(fā)流程圖見(jiàn)圖2-3。2.2.3DNA提取桃金娘葉片DNA的提取按照傳統(tǒng)的CTAB提取DNA方法，具體操作步驟如下：1.液氮研磨樣品用75%酒精棉擦拭臺(tái)面、研缽內(nèi)部及藥匙，酒精灼燒研缽、研磨棒及藥匙。溫度降低后用新的PE手套蓋住所有研缽，防止研磨產(chǎn)生的組織飛沫造成交叉污染。研磨前取出一個(gè)研缽和研磨棒，液氮徹底冷卻后放入100mg植物組織樣品（冷凍組織不能解凍），立即將液氮注入研缽中，用研缽棒將組織充分研磨成粉末狀，期間適時(shí)補(bǔ)充液氮，防止樣品融化，須一直保持在低溫狀態(tài)，研磨充分后

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[3]不同基質(zhì)和促根劑對(duì)灰木蓮嫩枝扦插生根的影響[J]. 趙翔,李清瑩,姜清彬,仲崇祿,張捷.  南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2019(02)
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[7]IBA與NAA對(duì)桃金娘扦插繁殖的影響[J]. 葉昌輝,陳廷慧,陳恒恒,鄭曉婷,陳丹,吳鈿.  亞熱帶植物科學(xué). 2017(02)
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[9]基質(zhì)、插穗及促根劑對(duì)喜樹(shù)扦插生根的影響[J]. 吳雅瓊,汪貴斌,曹福亮,祖元?jiǎng)?  南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2016(03)
[10]基于SLAF-seq技術(shù)的甘薯SNP位點(diǎn)開(kāi)發(fā)[J]. 蘇文瑾,趙寧,雷劍,王連軍,柴沙沙,楊新筍.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(01)

博士論文
[1]基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序的油菜高通量SNP分析及白菜基因組DNA甲基化解析[D]. 陳勛.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014

碩士論文
[1]利用SLAF-seq技術(shù)構(gòu)建高密度丹參連鎖圖譜[D]. 劉甜.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]基于SLAF標(biāo)記的蘋果遺傳連鎖圖譜構(gòu)建[D]. 陶紅霞.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[3]桃金娘（Rhodomyrtus Tomentosa （Ait） Hassk） 的生殖生態(tài)學(xué)研究[D]. 韋明思.華南師范大學(xué) 2005



本文編號(hào)：3631200