本研究以平邑甜茶（Malus hupenensis Rhed.）當(dāng)年生根（輸導(dǎo)根、延長(zhǎng)根和吸收根）,及沙培、土培和水培環(huán)境下平邑甜茶幼苗根系（沙培根、土培根和水培根）為試材,采用Illumina HiSeq 2500測(cè)序技術(shù),研究了基因的差異表達(dá)與根系生長(zhǎng)發(fā)育、功能行使的關(guān)系,篩選了與凋亡相關(guān)的差異基因。具體結(jié)果如下:1、采用Illumina HiSeq 2500測(cè)序平臺(tái)對(duì)平邑甜茶當(dāng)年生新根進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,獲得54,396個(gè)單基因簇（Unigene）。利用BLAST進(jìn)行序列同源性比較,有31,530個(gè)Unigenes獲得比對(duì)信息,占Unigenes總數(shù)的57.96%。大量基因在表達(dá)水平存在明顯不同,其中,銨轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、質(zhì)膜ATP酶、過氧化物酶、類枯草菌素蛋白酶和萌發(fā)素類蛋白的基因在吸收根中的表達(dá)水平比在延長(zhǎng)根高,水孔蛋白、凱氏帶膜蛋白、伸展蛋白基因在吸收根中的表達(dá)水平比在輸導(dǎo)根高,木葡聚糖基轉(zhuǎn)移酶、水解酶基因在延長(zhǎng)根中的表達(dá)水平比在輸導(dǎo)根高;果膠裂解酶基因在吸收根中的表達(dá)水平比在輸導(dǎo)根低,熱激蛋白、糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、擴(kuò)展蛋白基因在延長(zhǎng)根中的表達(dá)水平比在輸導(dǎo)根低。這些存在差異表達(dá)的基因的功能與三... 

【文章來(lái)源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：90 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
1 前言
    1.1 蘋果當(dāng)年生新根的類型及功能
    1.2 果樹轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究概述
        1.2.1 園藝性狀的分子機(jī)理及標(biāo)記開發(fā)
        1.2.2 果實(shí)成熟與發(fā)育
        1.2.3 次生代謝及抗性基因挖掘
    1.3 轉(zhuǎn)錄組研究?jī)?yōu)越性及面臨挑戰(zhàn)
    1.4 本試驗(yàn)的研究目的和意義
2 材料與方法
    2.1 試材
        2.1.1 平邑甜茶輸導(dǎo)根、延長(zhǎng)根及吸收根的獲得
        2.1.2 沙培、土培及水培環(huán)境下平邑甜茶根系的獲得
        2.1.3 實(shí)驗(yàn)主要試劑及引物
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 根系活力測(cè)定
        2.2.2 細(xì)胞死亡率測(cè)定
        2.2.3 平邑甜茶根系總RNA的提取及質(zhì)量檢測(cè)
    2.3 文庫(kù)的構(gòu)建及測(cè)序
    2.4 上機(jī)測(cè)序
    2.5 測(cè)序數(shù)據(jù)處理與質(zhì)量控制
        2.6.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)組裝
        2.6.2 數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估
        2.6.3 功能注釋
    2.6 差異基因分析
        2.6.1 差異基因篩選
        2.6.2 差異表達(dá)基因GO及KEGG富集分析
    2.7 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
3. 結(jié)果與分析
    3.1 平邑甜茶根系相關(guān)代謝變化
        3.1.1 平邑甜茶當(dāng)年生新根根系活力的變化
        3.1.2 平邑甜茶當(dāng)年生新根細(xì)胞死亡率變化
        3.1.3 平邑甜茶當(dāng)年生新根在不同根區(qū)環(huán)境下根系活力變化
        3.1.4 平邑甜茶當(dāng)年生新根在不同根區(qū)環(huán)境下細(xì)胞死亡率變化
        3.1.5 沙培、土培、水培環(huán)境下平邑甜茶幼苗根系活力及細(xì)胞死亡率差異
        3.1.6 沙培、土培、水培環(huán)境下平邑甜茶幼苗根系
    3.2 平邑甜茶輸導(dǎo)根、延長(zhǎng)根和吸收根轉(zhuǎn)錄組分析
        3.2.1 RNA質(zhì)量檢測(cè)結(jié)果及質(zhì)量分析
        3.2.2 RNA-Seq序列產(chǎn)量統(tǒng)計(jì)、組裝及結(jié)果分析
        3.2.3 差異基因的比對(duì)分析
        3.2.4 與細(xì)胞凋亡相關(guān)的差異基因表達(dá)驗(yàn)證
        3.2.5 平邑甜茶輸導(dǎo)根、延長(zhǎng)根和吸收根差異基因分析
    3.3 土培、水培及沙培條件下平邑甜茶根系轉(zhuǎn)錄組分析
        3.3.1 RNA質(zhì)量檢測(cè)結(jié)果及質(zhì)量分析
        3.3.2 RNA-Seq序列統(tǒng)計(jì)、組裝及結(jié)果分析
        3.3.3 差異表達(dá)基因分析
        3.3.4 與細(xì)胞凋亡相關(guān)的差異基因表達(dá)驗(yàn)證
        3.3.5 沙培、土培及水培環(huán)境下平邑甜茶根系差異基因分析
4 討論
    4.1 平邑甜茶三種當(dāng)年生新根系轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和功能注釋
    4.2 三種根系類型差異基因的發(fā)掘和分析
        4.2.1 三類根與吸收相關(guān)基因發(fā)掘
        4.2.2 三類根生長(zhǎng)、衰老、死亡和更新相關(guān)基因差異
    4.3 平邑甜茶三種根區(qū)環(huán)境下根系轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和功能注釋
    4.4 平邑甜茶三種根區(qū)環(huán)境下根系轉(zhuǎn)錄組差異基因的發(fā)掘與分析
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Relationship Between Polyamines Metabolism and Cell Death in Roots of Malus hupehensis Rehd. Under Cadmium Stress[J]. JIANG Qian-qian1, YANG Hong-qiang1,2, SUN Xiao-li1, LI Qiang1, RAN Kun1 and ZHANG Xin-rong1 1 College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University, Tai’an 271018, P.R.China 2 State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Tai’an 271018, P.R.China.  Journal of Integrative Agriculture. 2012(07)
[2]越橘VcANS基因的克隆及表達(dá)分析[J]. 李曉艷,裴嘉博,張志東,吳林,劉海廣,李海燕,李亞東.  西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2012(06)
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[4]轉(zhuǎn)錄組學(xué)在藥用植物研究中的應(yīng)用[J]. 吳瓊,孫超,陳士林,羅紅梅,李瀅,孫永珍,牛云云.  世界科學(xué)技術(shù)(中醫(yī)藥現(xiàn)代化). 2010(03)



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