梯棱羊肚菌AA1_2家族多銅氧化酶基因的異源表達與生化鑒定
發(fā)布時間:2022-02-13 18:25
典型的漆酶通常屬于輔助活性酶第一家族第一亞族(auxiliary activity family 1 subfamily 1,簡稱AA11家族),而AA12家族的多銅氧化酶通常擁有將二價鐵氧化成三價鐵的活性,部分AA12家族酶蛋白兼具漆酶活性。梯棱羊肚菌全基因組只有一個AA12家族酶基因,該基因編碼的酶蛋白是否擁有漆酶功能尚未清楚。本研究主要從酶生化特性的角度,結合酶基因的表達規(guī)律,對該基因的功能進行初探。對該AA12家族基因在梯棱羊肚菌生長發(fā)育不同階段的表達水平進行實時定量PCR檢測;將該基因編碼序列克隆到表達載體中在大腸桿菌中異源表達,層析獲得純化的酶蛋白,對酶蛋白的生化特性進行了鑒定。發(fā)現(xiàn)該AA12多銅氧化酶基因在外源營養(yǎng)袋和土壤中的營養(yǎng)菌絲里低表達,在菇原基和子實體中表達較活躍。異源表達獲得純化的酶蛋白分子量約64k Da,表現(xiàn)出亞鐵氧化酶(EC1.16.3.1)與漆酶(EC1.10.3.2)雙重活性。其亞鐵氧化酶活性在pH4最高,漆酶活性在pH6...
【文章來源】:菌物學報. 2020,39(06)北大核心CSCD
【文章頁數】:13 頁
【部分圖文】:
MiFOX基因與其他已知屬于AA1_2家族的酶基因氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)育進化樹
利用熒光實時定量PCR方法對MiFOX在梯棱羊肚菌不同生長階段的表達量進行相對定量和對比。結果顯示,MiFOX基因在放置營養(yǎng)袋之前、放置營養(yǎng)袋之后和臨近菇原基形成前的土壤菌絲中,以及營養(yǎng)袋菌絲中的相對表達量都較低,在菇原基和子實體中的相對表達量較高。在子實體階段,菌柄與菌蓋中的相對表達量接近。說明MiFOX可能在子實體形成和生長發(fā)育階段起主要作用,而在攝取土壤和營養(yǎng)袋中養(yǎng)分的階段的作用相對較。▓D3)。2.3 大腸桿菌異源表達MiFOX酶蛋白的活性鑒定
MiFOX基因長度2 011bp,共有5個外顯子、4個內含子(圖1A)。由于MiFOX基因所屬的梯棱羊肚菌SCYDJ1-A1菌株全基因組進行基因注釋時是利用對應的cDNA標定外顯子區(qū)域,因此外顯子和內含子的起止位置是真實的。編碼的蛋白序列長575個氨基酸,N端帶有18個氨基酸的信號肽,該基因編碼的蛋白可能是分泌型蛋白。生物信息學預測其分子量為63.6kDa,等電點為4.67。3D結構模型預測軟件I-TASSER為MiFOX酶蛋白尋找到的最高相似度模板是啤酒酵母的AA1_2家族多銅氧化酶Fet3p(PDB登錄號1ZPU),有90%的區(qū)段比對上,比對上的區(qū)域中氨基酸序列相似度49%。預測的3D結構模型為不規(guī)則筒狀,大體上呈三輻射形,有3對β-片層構成三葉螺旋槳形(圖1B)。每對β-片層構成一個槳葉,相互貼近略呈平行夾板狀。在3對β-片層中,中段和C端的兩對β-片層較為典型,而N端的一對β-片層較不規(guī)整。3對β-片層之間由多個α-螺旋和不規(guī)則卷曲串起來。將MiFOX基因與其他已知的屬于AA1_2家族的酶基因進行氨基酸序列的系統(tǒng)發(fā)育分析(圖2)。CAZy主頁上至2020年2月15日為止已公布的389個被分類為AA1_2家族的酶基因(http://www.cazy.org/AA1_2_all.html),均屬于真核生物。剔除重復和無效序列后,得到382個有效的AA1_2家族酶基因序列,加上梯棱羊肚菌另一菌株CCBAS932中的1個AA1_2家族同源基因(GenBank登錄號RPB13240),共384個AA1_2家族的酶基因,將氨基酸序列進行比對后,構建系統(tǒng)發(fā)育進化樹(圖2)。梯棱羊肚菌SCYDJ1-A1菌株中的MiFOX(圖2黑色箭頭示)與CCBAS932菌株中的對應同源基因(圖2空心箭頭示)氨基酸序列和長度都完全相同,與其他絲狀真菌如各種曲霉、鐮刀菌等的AA1_2家族酶基因在系統(tǒng)進化關系上相對較近,與大多數酵母中的AA1_2家族酶基因在系統(tǒng)進化關系上相對較遠?傮w而言,同一個物種不同菌株的AA1_2家族基因在氨基酸序列上高度相似或完全相同,僅在不同物種之間表現(xiàn)出相對較大的差異,說明AA1_2酶基因是一個進化上較為保守的基因。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]四川羊肚菌人工栽培的現(xiàn)狀分析[J]. 彭衛(wèi)紅,唐杰,何曉蘭,陳影,譚昊. 食藥用菌. 2016(03)
[2]草菇漆酶基因在子實體形成過程中的表達分析[J]. 茅文俊,李燕,周陳力,王瑩,朱剛,鮑大鵬,汪瀅. 食用菌學報. 2016(01)
[3]食(藥)用真菌比較基因組分析揭示其生態(tài)特性[J]. 吳冰,章小靈,崔寶凱,戴玉成. 菌物學報. 2015(04)
[4]糙皮側耳生長發(fā)育過程中漆酶基因家族的表達研究[J]. 卓睿,馬富英,周帥,張曉昱. 菌物學報. 2015(04)
[5]與金針菇子實體發(fā)育有關的漆酶編碼基因Fv-lac4的結構及表達差異分析[J]. 吳光美,嚴俊杰,楊志云,張婷鵑,謝寶貴. 基因組學與應用生物學. 2014(06)
[6]真菌漆酶性質、分子生物學及其應用研究進展[J]. 司靜,李偉,崔寶凱,戴玉成. 生物技術通報. 2011(02)
博士論文
[1]漆酶在斑玉蕈菌絲生長和子實體發(fā)育中的功能研究[D]. 張津京.南京農業(yè)大學 2014
本文編號:3623694
【文章來源】:菌物學報. 2020,39(06)北大核心CSCD
【文章頁數】:13 頁
【部分圖文】:
MiFOX基因與其他已知屬于AA1_2家族的酶基因氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)育進化樹
利用熒光實時定量PCR方法對MiFOX在梯棱羊肚菌不同生長階段的表達量進行相對定量和對比。結果顯示,MiFOX基因在放置營養(yǎng)袋之前、放置營養(yǎng)袋之后和臨近菇原基形成前的土壤菌絲中,以及營養(yǎng)袋菌絲中的相對表達量都較低,在菇原基和子實體中的相對表達量較高。在子實體階段,菌柄與菌蓋中的相對表達量接近。說明MiFOX可能在子實體形成和生長發(fā)育階段起主要作用,而在攝取土壤和營養(yǎng)袋中養(yǎng)分的階段的作用相對較。▓D3)。2.3 大腸桿菌異源表達MiFOX酶蛋白的活性鑒定
MiFOX基因長度2 011bp,共有5個外顯子、4個內含子(圖1A)。由于MiFOX基因所屬的梯棱羊肚菌SCYDJ1-A1菌株全基因組進行基因注釋時是利用對應的cDNA標定外顯子區(qū)域,因此外顯子和內含子的起止位置是真實的。編碼的蛋白序列長575個氨基酸,N端帶有18個氨基酸的信號肽,該基因編碼的蛋白可能是分泌型蛋白。生物信息學預測其分子量為63.6kDa,等電點為4.67。3D結構模型預測軟件I-TASSER為MiFOX酶蛋白尋找到的最高相似度模板是啤酒酵母的AA1_2家族多銅氧化酶Fet3p(PDB登錄號1ZPU),有90%的區(qū)段比對上,比對上的區(qū)域中氨基酸序列相似度49%。預測的3D結構模型為不規(guī)則筒狀,大體上呈三輻射形,有3對β-片層構成三葉螺旋槳形(圖1B)。每對β-片層構成一個槳葉,相互貼近略呈平行夾板狀。在3對β-片層中,中段和C端的兩對β-片層較為典型,而N端的一對β-片層較不規(guī)整。3對β-片層之間由多個α-螺旋和不規(guī)則卷曲串起來。將MiFOX基因與其他已知的屬于AA1_2家族的酶基因進行氨基酸序列的系統(tǒng)發(fā)育分析(圖2)。CAZy主頁上至2020年2月15日為止已公布的389個被分類為AA1_2家族的酶基因(http://www.cazy.org/AA1_2_all.html),均屬于真核生物。剔除重復和無效序列后,得到382個有效的AA1_2家族酶基因序列,加上梯棱羊肚菌另一菌株CCBAS932中的1個AA1_2家族同源基因(GenBank登錄號RPB13240),共384個AA1_2家族的酶基因,將氨基酸序列進行比對后,構建系統(tǒng)發(fā)育進化樹(圖2)。梯棱羊肚菌SCYDJ1-A1菌株中的MiFOX(圖2黑色箭頭示)與CCBAS932菌株中的對應同源基因(圖2空心箭頭示)氨基酸序列和長度都完全相同,與其他絲狀真菌如各種曲霉、鐮刀菌等的AA1_2家族酶基因在系統(tǒng)進化關系上相對較近,與大多數酵母中的AA1_2家族酶基因在系統(tǒng)進化關系上相對較遠?傮w而言,同一個物種不同菌株的AA1_2家族基因在氨基酸序列上高度相似或完全相同,僅在不同物種之間表現(xiàn)出相對較大的差異,說明AA1_2酶基因是一個進化上較為保守的基因。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]四川羊肚菌人工栽培的現(xiàn)狀分析[J]. 彭衛(wèi)紅,唐杰,何曉蘭,陳影,譚昊. 食藥用菌. 2016(03)
[2]草菇漆酶基因在子實體形成過程中的表達分析[J]. 茅文俊,李燕,周陳力,王瑩,朱剛,鮑大鵬,汪瀅. 食用菌學報. 2016(01)
[3]食(藥)用真菌比較基因組分析揭示其生態(tài)特性[J]. 吳冰,章小靈,崔寶凱,戴玉成. 菌物學報. 2015(04)
[4]糙皮側耳生長發(fā)育過程中漆酶基因家族的表達研究[J]. 卓睿,馬富英,周帥,張曉昱. 菌物學報. 2015(04)
[5]與金針菇子實體發(fā)育有關的漆酶編碼基因Fv-lac4的結構及表達差異分析[J]. 吳光美,嚴俊杰,楊志云,張婷鵑,謝寶貴. 基因組學與應用生物學. 2014(06)
[6]真菌漆酶性質、分子生物學及其應用研究進展[J]. 司靜,李偉,崔寶凱,戴玉成. 生物技術通報. 2011(02)
博士論文
[1]漆酶在斑玉蕈菌絲生長和子實體發(fā)育中的功能研究[D]. 張津京.南京農業(yè)大學 2014
本文編號:3623694
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