為了加快茄子（Solanumm elongena L.）分子遺傳學(xué)研究和分子標(biāo)記輔助育種,對(duì)其開(kāi)展轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,采用軟件MISA（MicroSAtellite）對(duì)茄子轉(zhuǎn)錄組中的SSR位點(diǎn)進(jìn)行搜索,共檢測(cè)出5 562個(gè)SSR位點(diǎn),分布于3 438條Unigene中,出現(xiàn)頻率為13.23%,平均分布距離為9.73 Kb。三核苷酸和二核苷酸重復(fù)出現(xiàn)頻率占優(yōu)勢(shì),分別有3 546個(gè)和1 270個(gè),分別占總SSR的63.75%和22.83%。利用Primer 3.0設(shè)計(jì)引物,隨機(jī)選擇其中20 bp以上SSR序列的100對(duì)引物進(jìn)行合成,92對(duì)引物實(shí)現(xiàn)有效擴(kuò)增,占100對(duì)SSR引物的92%,從有效擴(kuò)增引物隨機(jī)選取30對(duì)引物對(duì)29份茄子材料進(jìn)行擴(kuò)增及多態(tài)性評(píng)價(jià),30對(duì)均有多態(tài)性差異。通過(guò)UPGMA作圖,供試的29份不同的茄子材料被劃分為2類(lèi)�；谇炎愚D(zhuǎn)錄組測(cè)序開(kāi)發(fā)的EST-SSR標(biāo)記具有較高的可用性,為茄子種質(zhì)鑒定、親緣關(guān)系分析及遺傳圖譜構(gòu)建等提供更豐富的標(biāo)記來(lái)源。 

【文章來(lái)源】：中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報(bào). 2020,42(08)CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)

【部分圖文】：

引物Q10和引物Q19在29份茄子材料中的多態(tài)性

圖2 引物Q10和引物Q19在29份茄子材料中的多態(tài)性隨著植物功能基因研究的迅速發(fā)展,公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的EST呈指數(shù)增長(zhǎng)趨勢(shì)。通過(guò)尋找EST序列SSR位點(diǎn)來(lái)開(kāi)發(fā)新的EST-SSR標(biāo)記已成為一個(gè)研究熱點(diǎn)。EST-SSR標(biāo)記是來(lái)自比較保守的轉(zhuǎn)錄區(qū),對(duì)比根據(jù)基因組序列設(shè)計(jì)的SSR標(biāo)記種間通用性更好,且費(fèi)用低。EST-SSR標(biāo)記在一些主要蔬菜作物中已有一定的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用,如秋葵[13]、蘿卜[14]、番茄[15]、黃瓜[16]、甘藍(lán)[17]、南瓜[18]和辣椒[19]等。本研究在茄子轉(zhuǎn)錄組測(cè)序基礎(chǔ)上,對(duì)茄子3 438條Unigene進(jìn)行搜索,獲得5 562個(gè)SSR位點(diǎn),出現(xiàn)頻率為13.23%,平均分布距離為9.73 Kb。本研究中茄子轉(zhuǎn)錄組SSR的出現(xiàn)頻率高于印度南瓜(9.52%)[18]、辣椒(7.83%)[19]等草本蔬菜植物,但低于美洲南瓜(48.7%)[20]。而EST-SSR的出現(xiàn)頻率與物種、SSR搜索標(biāo)準(zhǔn)、SSR開(kāi)發(fā)工具和數(shù)據(jù)庫(kù)的大小密切相關(guān)[21],導(dǎo)致出現(xiàn)頻率差異可能是由不同物種本身存在差異、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序所采取的方法不同以及數(shù)據(jù)分析方法不同等因素引起[22]。

表2 茄子EST-SSR的類(lèi)型、數(shù)量及分布頻率Table 2 Type,number and frequency of EST-SSRs in Solanumm elongena L. 重復(fù)基序長(zhǎng)度Repeat motif length 重復(fù)次數(shù)Repeat number 總計(jì)Total 比例/%Ratio /% 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Di 0 0 447 244 123 107 68 40 37 23 25 156 1 270 22.83 Tri 0 1 646 729 381 187 168 71 73 58 39 41 153 3 546 63.75 Tetra 179 51 13 6 2 1 1 0 1 0 0 1 255 4.58 Penta 53 10 1 2 0 0 1 0 0 0 0 2 69 1.24 Hexa 229 94 36 23 10 9 6 6 4 0 1 4 422 7.59 Total 461 1 801 1 226 656 322 285 147 119 100 62 67 316 5 562 100 Ratio /% 8.29 32.38 22.04 11.79 5.79 5.12 2.64 2.14 1.80 1.11 1.20 5.68 100表3 茄子30對(duì)EST-SSR引物信息Table 3 Information of 30 pairs of EST-SSR primers developed from Solanumm elongena L. 引物編號(hào)Primer No. 引物Primers 上游引物(5?→3?)Forward primer (5?→3?) 下游引物(5?→3?)Reverse primer (5?→3?) SSR基序SSR motif 1, 2 Q1 CAA GAG GGA GAT GGA GTT CG CAA TCT GTT GTT GCT GAT GAC A (ATA)14 3, 4 Q2 TCT TTG AAA CTC CTG CAC AAT G TGC TGC TCG AGA TGA TTC AC (TCT A)7 5, 6 Q3 CTC CTA GAG ACT CAT GCC CG GCT TTT TCT TTC ATC GGT GG (CTCCAC)5 7, 8 Q4 TGG GAA CAT TTA GAG ACA CCA TTC CAC AAG ACA CCC CTT TC (TTC)7 9, 10 Q5 AAA TTC TAC ACT CGA TCA AAT TAT TCA TTT TGA AAC AAA AAT TGG AGC A (AT)22 11, 12 Q6 GCA TGG CTG CTT TAG GAA TC CTC GTT TAA AGG CGC TGA AG (AT)12 13, 14 Q7 CGG TGG GTT GGA TTA TGA CT GAA TCA TTC CAA AAA GGA AAG AAA (ATT)17 15, 16 Q8 GGG GAA TTT TTG GAG GAT TC GCC TTG CTT CCC ATT CAT TA (GA)10 17, 18 Q9 GGG CGT CTT GTA TCC TTG AA AAG CTT TGA AGG CAA AGG AA (CTT)25 19, 20 Q10 TCT CCA GAG AGC TGA TGC AA TTG CAG AGG TTG AAC AAT GC (CAA)9 21, 22 Q11 TTG ACT TTT GAC CCC AGT CC TCT CAC ACC CTA CCA AAA TAG GA (TG)7(TA)11 23, 24 Q12 ACC GCC GTC ATC ATC TAA AG GCC ATG AAT ACT TCC TCC GT (TTC)9 25, 26 Q13 TCG CAT GAC GAA AAT CTC AC GAC CGA TTC AAA TGC ACC TT (CT)15 27, 28 Q14 GCA GAC GGA TGC ATA ATC CT TGG ACA ATG TTG AAG AAT CCA (TG)9AA(AG)20 29, 30 Q15 GGT ACC GCG CTA AAC AAC AT TGA ATG GTT TCT GTA TTG GCA (TC)16 31, 32 Q16 CTC ACT CCC ACA CAC AGT CG ATC TGA CAT TCC GGC GTT AT (CT)9 33, 34 Q17 GTT TTG GTT GCC CTT TGT GT TTC AAT TTG TAA ACA CTA GTA CCA TCA (ATA)13 35, 36 Q18 CCA TTG TAG AAC GAA ACG CA ACC ACA GCG ACC AAA AGA TT (AG)17 37, 38 Q19 GGT GTG TTG GCT TAG GCA GT TCT GAT TCT TGA GCA CAA TGG (TAT AT)7 39, 40 Q20 TGG GAA GAA GCT TCA CAA GG CAT GCT TAG CCA ACT CAC CA (AAG)27 41, 42 Q21 TGA TCT TTT TGG CGT ATA CAT ATT CT TGC ATG ATT GCA TCA ATA ACA A (AC)20(AT)25 43, 44 Q22 TGG AGG AAG AGG AGA TGT CG TCT TGG TGG AAA ATG CAG TG (AAT)15 45, 46 Q23 CAA CAA GGG AGA TCT TGG GA ATG GTG GTG CAA TTG TGG TA (CAG)8 47, 48 Q24 CCG ATG GCT CCT ATG TCA AT GAG ACC GAA CCT CAT TTG GA (CAG CAA)5 TGG ATG ATG CAA CCT CCT CAA GCA CAA CCA CCG CAG TTT CAA CCT CAG CCT CAA CCT ACT TGG GGT (CAG)5 49, 50 Q25 AGT GCA TAT TTG ACG CAT CG CAG CCA TGT CCA TGC AAT AA (AG)13 51, 52 Q26 CTC TAT GCT GCT ACC GCC TC GCT TGA CTT CTC CCT CTC CC (AGA)11 53, 54 Q27 AAG CGA ACT ACT TGG CCT CA TCT GTC ATT GGC ACC ACC TA (CAT T)7 55, 56 Q28 TGA TAC CAT CGG TTT GGG TT GGC TTT ATG GGC TCG GTA AT (GAA)10 57, 58 Q29 ACG AGG CCC TGT CCT ATC TT CGT ACT AGA CCA CCC CGA GA (TTG)5A(TGT)5 59, 60 Q30 TCC GGG AGA ATT AGA CGA TG TTT TTA CGA GCA GCC TGG TT (GAT GAG)12

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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