番茄果實(shí)顏色主要由類胡蘿卜素和類黃酮決定。番茄果實(shí)綠色條斑（green strip,gs）會(huì)導(dǎo)致成熟果實(shí)表皮特定的條斑花紋,因而外觀收到消費(fèi)者的喜愛。利用集團(tuán)分離分析（Bulked Segregation Analysis,BSA）的方法能在較短時(shí)間內(nèi)獲得只與目標(biāo)性狀關(guān)聯(lián)的兩個(gè)基因池,再結(jié)合測序分析和分子標(biāo)記進(jìn)行分析,快速定位gs基因。番茄莖粗（StemDiameter,SD）是影響植株長勢和抗倒伏的重要因素。番茄的莖具有支持、運(yùn)輸、儲(chǔ)藏等功能,主要由表皮、皮層、維管束和髓組成;維管形成層的不斷分裂使得莖加粗,其向內(nèi)形成初生木質(zhì)部,向外形成初生韌皮部。本實(shí)驗(yàn)室對(duì)360份番茄核心種質(zhì)進(jìn)行全基因組測序,測量了 279份材料的莖粗進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,候選控制莖粗性狀基因sd,并作功能鑒定。主要結(jié)果如下:1.利用條斑果番茄系PK與著色均勻果番茄系M82為親本構(gòu)建了一個(gè)含有627棵單株的F2分離群體,果實(shí)紅熟期進(jìn)行表型鑒定。經(jīng)卡方分析,得出條斑性狀為單基因控制的隱性性狀。挑選條斑果與均勻果植株構(gòu)成兩個(gè)分離池,進(jìn)行BSA測序分析,比對(duì)兩個(gè)DNA池中的SNP頻率差異,候選出ASNP index>0.... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：54 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖２親本與巧不同成熟期果實(shí)??Ａ：斑ＰＫＢ：Ｍ８２Ｃ：ＦＤ：Ｆ

圖３：兩個(gè)極端池各ＳＮＰ的ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ，??Ａ：全基因組＾ＳＮＰｉｎｄｅｘ分布（零假設(shè)檢驗(yàn)置信區(qū)間，綠色線為Ｐ＜０．０５，藍(lán)色線為／＞＜０．０１）；?Ｂ：??７號(hào)染色體上仏仰ｉｎｄｅｘ的分布??Ｆｉｇｕｒｅ?３?：?ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ?ｏｆ?ｅｖｅｒｙ?ＳＮＰｓ?ｉｎ?ｔｗｏ?ｍｉｘｅｄ?ｐｏｏｌｓ??Ａｓ?ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ?ｉｎ?ｇｅｎｏｍｅ?（Ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ?ｉｎｔｅｒｖａｌ?ｏｆ?ｎｕｌｌ?ｈｙｐｏｔｈｅｓｉｓ?ｔｅｓｔｉｎｇ？?ｇｒｅｅｎ?ｌｉｎｅ？?Ｐ＜０．０５，??ｂｌｕｅ?ｌｉｎｅ９?Ｐ＜０．０１）；?Ｂ：?ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ?ｉｎ?ｃｈｒｏｍｅ７??２．３．３?ＣＡＰＳ標(biāo)記的開發(fā)與基因定位??由于ＢＳＡ分析得到的條斑性狀基因識(shí)候選區(qū)段較大，因此我們根據(jù)ＢＳＡ分析獲得??的兩親本間的差異ＳＮＰ位點(diǎn)，在候選區(qū)段前后擴(kuò)大１５?Ｍ范圍內(nèi)設(shè)計(jì)ＣＡＰＳ標(biāo)記。ＣＡＰＳ??標(biāo)記是酶切擴(kuò)增多態(tài)性分子標(biāo)記，利用己知位點(diǎn)的ＤＮＡ序列設(shè)計(jì)特異性引物擴(kuò)增該位??點(diǎn)的ＤＮＡ，接用限制切酶切割擴(kuò)產(chǎn)，凝電泳切。ＣＡＰＳ記

微鏡進(jìn)行觀察并拍照。??３．３實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析??３．３．１全基因組關(guān)聯(lián)分析??３０４份番茄核心種質(zhì)資源的莖粗性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析得到的曼哈頓圖（Ｍａｎｈａｔｔａｎ??ｐｌｏｔｓ）如下，其中Ｘ軸代表染色體，１２條染色體連續(xù)排列，Ｙ軸代表ＳＮＰｓ的－ｌｏｇｌＯ??（Ｐ）值，從圖中可以看出與莖粗顯著相關(guān)的ＳＮＰｓ在染色體上的分布狀態(tài)。綜合分析??莖粗關(guān)聯(lián)候選位點(diǎn)，９號(hào)染色體顯著關(guān)聯(lián)的ＳＮＰ?（ｌｅａｄ?ＳＮＰ）為＊＊６９８２９?（／＞ｖａｌｕｅ＝??２．４９ｘｌ（Ｔ７）。在ｌｅａｄ?ＳＮＰ上下游５０?ｋｂ范圍內(nèi)分布了?９個(gè)基因，而一個(gè)激酶互作家族蛋??白（Ｋｉｎａｓｅ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ?ｆａｍｉｌｙ?ｐｒｏｔｅｉｎ）基因?２５１０?起始位點(diǎn)位于上游?５．９?ｋｂ，全長?７．３?ｋｂ，??ｌｅａｄＳＮＰ落在其基因內(nèi)部，將此基因作為莖粗ＱＴＬ的候選基因。??Ｃｏｍｐｒｅｓｓｅｄ?ＭＬＭ?ｏｏ＞ｐｔｏｔ??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]高通量測序技術(shù)結(jié)合正向遺傳學(xué)手段在基因定位研究中的應(yīng)用[J]. 陸才瑞,鄒長松,宋國立.  遺傳. 2015(08)
[2]玉米穗位葉寬與莖粗相關(guān)性的初步研究[J]. 趙曉燕.  中國農(nóng)學(xué)通報(bào). 2011(09)
[3]不同發(fā)育階段大豆株高和莖粗QTL的動(dòng)態(tài)分析[J]. 周蓉,陳海峰,王賢智,張曉娟,單志慧,吳學(xué)軍,邱德珍,伍寶朵,沙愛華,楊中路,周新安.  植物遺傳資源學(xué)報(bào). 2010(03)
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博士論文
[1]水稻苗期稻瘟病抗性的全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 王彩紅.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2014



本文編號(hào)：3594339