全基因組發(fā)掘甜橙脅迫應(yīng)答ERF類(lèi)基因及其表達(dá)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-12-28 23:31
AP2/EREBP是植物特有的一類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子家族,而ERF是其中的一個(gè)亞族,研究表明,ERF類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子廣泛參與植物生長(zhǎng)發(fā)育及非生物脅迫,在植物抗性分子育種中有較大的應(yīng)用潛力,然而對(duì)柑橘逆境應(yīng)答AP2/EREBP類(lèi)基因發(fā)掘及鑒定的研究還較少。本研究基于甜橙(Citrus sinensis)基因組數(shù)據(jù)庫(kù),發(fā)掘甜橙AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族成員,分析其表達(dá),以期篩選出受逆境誘導(dǎo)的AP2/EREBP類(lèi)基因,從而為柑橘抗逆遺傳改良提供優(yōu)質(zhì)的基因資源;谔鸪然蚪M數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)BLAST比對(duì)分析,共獲得126條AP2/EREBP基因序列,根據(jù)序列和結(jié)構(gòu)特點(diǎn),它們分為5個(gè)亞族,即AP2亞族(18個(gè)成員)、RAV亞族(4個(gè)成員)、ERF亞族(60個(gè)成員)、DREB亞族(38個(gè)成員)和其他類(lèi)(6個(gè)成員)。根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,ERF亞族和DREB亞族又進(jìn)一步分為10個(gè)亞組,對(duì)不同亞族間結(jié)構(gòu)域的分析,也發(fā)現(xiàn)了一些其他的保守結(jié)構(gòu)域。通過(guò)表達(dá)分析,在甜橙和枳中分別篩選出19個(gè)和15個(gè)顯著響應(yīng)低溫的ERF類(lèi)基因?寺〕銎渲械膬蓚(gè)基因,CsERF#10、CsERF#36和PtERF#10、PtERF#36,它們均可...
【文章來(lái)源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:76 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略詞表(Abbreviations)
1. 前言
1.1 研究背景
1.2 文獻(xiàn)綜述
1.2.1 生物及非生物脅迫對(duì)植物生長(zhǎng)的影響
1.2.2 植物抗逆相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子的研究現(xiàn)狀
1.2.3 AP2/EREBP類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)特征及分類(lèi)
1.2.4 AP2/EREBP類(lèi)蛋白保守結(jié)構(gòu)域及GCC-Box
1.2.5 AP2/EREBP類(lèi)蛋白的生物學(xué)功能
1.2.6 乙烯信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的研究進(jìn)展
1.2.7 AP2/EREBP類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子在植物脅迫應(yīng)答中的研究進(jìn)展
1.3 研究目的及意義
2. 材料與方法
2.1 植物材料生長(zhǎng)與處理
2.1.1 甜橙及枳幼苗的生長(zhǎng)
2.1.2 逆境處理
2.1.3 煙草材料培養(yǎng)
2.2 生物信息學(xué)分析
2.3 植物組織總RNA提取
2.4 基因表達(dá)模式分析
2.4.1 RNA反轉(zhuǎn)錄合成第一鏈cDNA
2.4.2 半定量PCR分析基因表達(dá)模式
2.4.3 實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析基因表達(dá)模式
2.5 亞細(xì)胞定位分析
2.5.1 T-A克隆及測(cè)序
2.5.2 載體構(gòu)建
2.5.3 瞬時(shí)表達(dá)
2.6 轉(zhuǎn)基因煙草材料的獲得
2.6.1 煙草遺傳轉(zhuǎn)化
2.6.2 轉(zhuǎn)基因煙草鑒定
2.7 轉(zhuǎn)基因煙草抗性初步分析
2.7.1 低溫處理
2.7.2 DAB和NBT組織化學(xué)染色
3. 結(jié)果與分析
3.1 甜橙AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族基因的生物信息學(xué)分析
3.1.1 甜橙AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族基因的獲得
3.1.2 甜橙AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族基因的分類(lèi)
3.1.3 EREBP亞族的進(jìn)一步分類(lèi)
3.1.4 CBF/DREB亞族和ERF亞族成員的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析
3.1.5 基因結(jié)構(gòu)與系統(tǒng)分類(lèi)的關(guān)系
3.1.6 甜橙EREBP類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子保守結(jié)構(gòu)域的分析
3.2 響應(yīng)低溫脅迫誘導(dǎo)的甜橙及枳ERF類(lèi)基因的篩選
3.3 ERF#10 和 ERF#36 表達(dá)分析
3.3.1 CsERF#10和PtERF#10 表達(dá)模式分析
3.3.2 CsERF#36和PtERF#36表達(dá)模式分析
3.4 兩個(gè)ERF全長(zhǎng)基因的克隆及分析
3.5 兩個(gè)ERF轉(zhuǎn)錄因子的亞細(xì)胞定位
3.6 轉(zhuǎn)基因煙草材料的獲得
3.7 CsERF#36及PtERF#36轉(zhuǎn)基因煙草抗性初步分析
4. 討論
4.1 基因結(jié)構(gòu)與基因功能的關(guān)系
4.2 ERF#10及ERF#36可響應(yīng)多種逆境脅迫
4.3 逆境脅迫下同源ERF基因差異表達(dá)原因初步分析
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于乙烯受體下游轉(zhuǎn)錄因子的果實(shí)品質(zhì)調(diào)控機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 徐倩,殷學(xué)仁,陳昆松. 園藝學(xué)報(bào). 2014(09)
[2]TaERFL1基因過(guò)表達(dá)提高轉(zhuǎn)基因煙草耐鹽性[J]. 郭恒新,徐兆師,李連城,陳明,劉麗,陳學(xué)平,馬有志. 中國(guó)煙草學(xué)報(bào). 2011(02)
[3]國(guó)內(nèi)植物環(huán)境脅迫研究應(yīng)注意的幾個(gè)基本問(wèn)題[J]. 陶大立,何興元. 生態(tài)學(xué)雜志. 2009(01)
博士論文
[1]金柑(Fortunella crassifolia)三個(gè)抗逆基因克隆、功能鑒定及作用機(jī)制解析[D]. 龔小慶.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]枳抗逆基因的克隆及功能鑒定[D]. 黃小三.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[3]ERF類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子OPBP1的功能研究[D]. 陳旭君.浙江大學(xué) 2006
[4]ERF轉(zhuǎn)錄因子TSRF1的功能分析[D]. 張洪博.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005
碩士論文
[1]柑橘類(lèi)植物ERF6和GRAS基因的低溫脅迫應(yīng)答及啟動(dòng)子序列分析[D]. 葉杰君.浙江師范大學(xué) 2013
[2]水稻ERF轉(zhuǎn)錄因子B-3亞組基因的功能分析[D]. 莫紀(jì)波.浙江大學(xué) 2012
本文編號(hào):3554947
【文章來(lái)源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:76 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略詞表(Abbreviations)
1. 前言
1.1 研究背景
1.2 文獻(xiàn)綜述
1.2.1 生物及非生物脅迫對(duì)植物生長(zhǎng)的影響
1.2.2 植物抗逆相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子的研究現(xiàn)狀
1.2.3 AP2/EREBP類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)特征及分類(lèi)
1.2.4 AP2/EREBP類(lèi)蛋白保守結(jié)構(gòu)域及GCC-Box
1.2.5 AP2/EREBP類(lèi)蛋白的生物學(xué)功能
1.2.6 乙烯信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的研究進(jìn)展
1.2.7 AP2/EREBP類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子在植物脅迫應(yīng)答中的研究進(jìn)展
1.3 研究目的及意義
2. 材料與方法
2.1 植物材料生長(zhǎng)與處理
2.1.1 甜橙及枳幼苗的生長(zhǎng)
2.1.2 逆境處理
2.1.3 煙草材料培養(yǎng)
2.2 生物信息學(xué)分析
2.3 植物組織總RNA提取
2.4 基因表達(dá)模式分析
2.4.1 RNA反轉(zhuǎn)錄合成第一鏈cDNA
2.4.2 半定量PCR分析基因表達(dá)模式
2.4.3 實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析基因表達(dá)模式
2.5 亞細(xì)胞定位分析
2.5.1 T-A克隆及測(cè)序
2.5.2 載體構(gòu)建
2.5.3 瞬時(shí)表達(dá)
2.6 轉(zhuǎn)基因煙草材料的獲得
2.6.1 煙草遺傳轉(zhuǎn)化
2.6.2 轉(zhuǎn)基因煙草鑒定
2.7 轉(zhuǎn)基因煙草抗性初步分析
2.7.1 低溫處理
2.7.2 DAB和NBT組織化學(xué)染色
3. 結(jié)果與分析
3.1 甜橙AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族基因的生物信息學(xué)分析
3.1.1 甜橙AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族基因的獲得
3.1.2 甜橙AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族基因的分類(lèi)
3.1.3 EREBP亞族的進(jìn)一步分類(lèi)
3.1.4 CBF/DREB亞族和ERF亞族成員的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析
3.1.5 基因結(jié)構(gòu)與系統(tǒng)分類(lèi)的關(guān)系
3.1.6 甜橙EREBP類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子保守結(jié)構(gòu)域的分析
3.2 響應(yīng)低溫脅迫誘導(dǎo)的甜橙及枳ERF類(lèi)基因的篩選
3.3 ERF#10 和 ERF#36 表達(dá)分析
3.3.1 CsERF#10和PtERF#10 表達(dá)模式分析
3.3.2 CsERF#36和PtERF#36表達(dá)模式分析
3.4 兩個(gè)ERF全長(zhǎng)基因的克隆及分析
3.5 兩個(gè)ERF轉(zhuǎn)錄因子的亞細(xì)胞定位
3.6 轉(zhuǎn)基因煙草材料的獲得
3.7 CsERF#36及PtERF#36轉(zhuǎn)基因煙草抗性初步分析
4. 討論
4.1 基因結(jié)構(gòu)與基因功能的關(guān)系
4.2 ERF#10及ERF#36可響應(yīng)多種逆境脅迫
4.3 逆境脅迫下同源ERF基因差異表達(dá)原因初步分析
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于乙烯受體下游轉(zhuǎn)錄因子的果實(shí)品質(zhì)調(diào)控機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 徐倩,殷學(xué)仁,陳昆松. 園藝學(xué)報(bào). 2014(09)
[2]TaERFL1基因過(guò)表達(dá)提高轉(zhuǎn)基因煙草耐鹽性[J]. 郭恒新,徐兆師,李連城,陳明,劉麗,陳學(xué)平,馬有志. 中國(guó)煙草學(xué)報(bào). 2011(02)
[3]國(guó)內(nèi)植物環(huán)境脅迫研究應(yīng)注意的幾個(gè)基本問(wèn)題[J]. 陶大立,何興元. 生態(tài)學(xué)雜志. 2009(01)
博士論文
[1]金柑(Fortunella crassifolia)三個(gè)抗逆基因克隆、功能鑒定及作用機(jī)制解析[D]. 龔小慶.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]枳抗逆基因的克隆及功能鑒定[D]. 黃小三.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[3]ERF類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子OPBP1的功能研究[D]. 陳旭君.浙江大學(xué) 2006
[4]ERF轉(zhuǎn)錄因子TSRF1的功能分析[D]. 張洪博.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005
碩士論文
[1]柑橘類(lèi)植物ERF6和GRAS基因的低溫脅迫應(yīng)答及啟動(dòng)子序列分析[D]. 葉杰君.浙江師范大學(xué) 2013
[2]水稻ERF轉(zhuǎn)錄因子B-3亞組基因的功能分析[D]. 莫紀(jì)波.浙江大學(xué) 2012
本文編號(hào):3554947
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/yylw/3554947.html
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