普通白菜（Brassica rapa ssp.chinensis）為十字花科蕓薹屬植物,原產于我國,分布地區(qū)廣,品種類型多,營養(yǎng)價值豐富。因其利用種子進行繁殖且具有自交不親和性,因此,弄清其花器官發(fā)育機制尤為重要。本試驗以大白菜為參考基因組,分析了普通白菜花芽分化1級與5級莖尖的表達譜,篩選出一些與花器官發(fā)育相關的基因,為普通白菜生殖發(fā)育的進一步研究奠定基礎;在此基礎上,克隆普通白菜SOC1和SPL8同源基因、分析其時空表達模式并構建超表達載體,為后續(xù)的轉基因功能驗證提供研究基礎。主要研究結果如下:1.分析普通白菜花芽分化1級和5級莖尖表達譜的測序結果,2個測序樣品獲得的高質量讀段分別有84.13%和83.67%的unique reads能夠比對到大白菜參考基因組,比對效率較高。比較花茅分化1級和5級莖尖的表達譜,共篩選出525個差異表達基因,其中上調表達224個,下調表達301個。Go功能顯著性富集分析結果表明,差異表達基因編碼的蛋白質主要位于胞外區(qū)、質外體和細胞壁,具有水解酶活性、木葡聚糖轉移酶活性和酸性磷酸酶活性等分子功能,參與糖代謝、苯丙氦酸代謝、低溫響應和赤霉素響應等諸多生物... 

【文章來源】：山西農業(yè)大學山西省

【文章頁數】：72 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

SOCI基因調控網絡lszl

２．１?ＲＮＡ質量檢測??提取兩個樣品的總ＲＮＡ后，進行凝膠電泳檢測，結果表明，兩個樣品２８Ｓ和１８Ｓ??條帶完整且清晰（圖２－１）。為了明確兩個樣品的ＲＮＡ濃度和質量是否達到測序要求，??用ＮａｎｏＤｒｏｐ?２０００ｃ進行了濃度和質量檢測，發(fā)現樣品濃度均大于１０００?ｎｇ／ｐｌ，ＯＤ２６０／２８０??在１．８？２．２之間（表２－２），說明ＲＮＡ純度較高，滿足表達譜測序的需求。??表２－２?ＲＮ?Ａ樣品質量檢測??Ｔａｂ．?２－２?Ｑｕａｌｉｔｙ?ｔｅｓｔ?ｏｆ?ＲＮＡ?ｓａｍｐｌｅｓ??樣品?濃度（ｎｇ／山）?總景（Ｍｇ）?ＯＤ２６０／２８０?ＯＤ２６０／２３０??Ｓａｍｐｌｅ?Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ?Ｑｕａｌｉｔｙ??Ｖ１６?１１２４．０?２８．１?２．１５?１．７１??Ｖ１７?１１０５．５?２７．６?２．０８?２．４７??■??圖２－１?ＲＮＡ瓊脂糖糖凝膠電泳圖??Ｆｉｇ．?２－１?Ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?ａｇａｒ?ｓｕｇａｒ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ＲＮＡ??１３??

實際操作中，通過隨機性分布圖來評估整體的測序隨機性，先對不同長度的參考基??因進行均一化處理，再對每個相對位置上的比對情況進行平均。??從圖中（圖２－３）可以看出，２個樣品的曲線較平緩，本研究所使用的方法是先對??ｍＲＮＡ打斷，然后再反轉錄成ｃＤＮＡ建庫，說明ｍＲＮＡ片段化隨機性較高，ｒｅａｄｓ在基??因各部位分布的比較均勻，達到后續(xù)基因分析的要求。??２ｉ????????????????????２ｉ???????．?????????．???１．５－?１．５－??｜?｜????０．５?０．５??°０?０．１?０．２?０．３?０．４?０．５?０．６?０．７?０．８?０．９?１?°０?０．１?０．２?０．３?０．４?０．５?０．６?０．７?０．８?０．９?１??Ｒｅｌａｔｉｖｅ?Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?Ｇｅｎｅｓ（５＇－３＇）?Ｒｅｌａｔｉｖｅ?Ｐｏｓｉｔ丨ｏｎ?ｉｎ?Ｇｅｎｅｓ（５‘－３＊）??Ｖ１６?Ｖ１７??圖２－３?ｃＤＮＡ片段的隨機性檢驗??Ｆｉｇ．?２－３?Ｒａｎｄｏｍ?ｔｅｓｔ?ｏｆ?ｃＤＮＡ?ｆｒａｇｍｅｎｔｓ??２．３差異表達基因篩選??將花芽分化１級（Ｖ１６）和花芽分化５級（Ｖ１７）兩個文庫中與大白菜基因組比對??上的ｕｎｉｑｕｅ?ｒｅａｄｓ進行差異表達分析，共篩選出差異表達基因（ＤＥＧｓ）?５２５個，上調表??達２２４個，下調表達３０１個（表２－４）。其中，表達上（下）調２？１０倍的基因最多，達到??４７４個

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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[3]番茄景天庚酮糖-1，7-二磷酸酯酶基因的克隆及遺傳轉化[D]. 王美玲.山東農業(yè)大學 2011
[4]白菜花粉發(fā)育相關的C2H2型鋅指蛋白新基因BcMF20的克隆與功能驗證[D]. 韓瑩琰.浙江大學 2011
[5]白菜雄性不育相關基因CYP86MF的功能驗證及其人工不育系的創(chuàng)建[D]. 余小林.浙江大學 2002

碩士論文
[1]哈克尼西棉細胞質雄性不育系和保持系花發(fā)育不同時期microRNA研究[D]. 裴文鋒.中國農業(yè)科學院 2013
[2]白菜花粉發(fā)育與授粉受精相關基因BcAHA8的表達分析及BcSKS11的功能鑒定[D]. 邱琳.浙江大學 2012
[3]海島棉纖維發(fā)育相關轉錄因子GbSBP8的克隆及表達研究[D]. 辛婧.上海交通大學 2007



本文編號：3536678