辣椒（Capicum spp.）作為重要的蔬菜和調(diào)味料,在世界范圍內(nèi)被廣泛種植。黃瓜花葉病毒（CucumberMosaic Virus,CMV）是導(dǎo)致辣椒病毒病發(fā)生的主要病毒,具有巨大的危害性。CMV傳播范圍廣、速度快,利用化學(xué)藥劑等方式難以防治,而選育抗病品種是有效減輕該病害的方法之一。目前,辣椒育種主要是利用傳統(tǒng)育種方式,存在育種周期長(zhǎng)、不良連鎖不易被打破等缺點(diǎn)。分子標(biāo)記輔助選擇育種能夠克服傳統(tǒng)育種的缺陷,加速育種進(jìn)程。本研究以辣椒基因組數(shù)據(jù)的公布為契機(jī),基于高通量測(cè)序的SLAF-seq技術(shù)為基礎(chǔ)開(kāi)展分子育種的基礎(chǔ)研究。本文研究主要包括以下三個(gè)方面內(nèi)容:以高抗CMV的灌木狀辣椒PBC688和不抗CMV的一年生辣椒G29為父母本構(gòu)建F1和F2代群體,進(jìn)行表型驗(yàn)證;利用SLAF-seq技術(shù)定位抗CMV關(guān)聯(lián)區(qū)域;利用Indel標(biāo)記進(jìn)行抗CMV連鎖圖譜的構(gòu)建和QTL定位,預(yù)測(cè)抗CMV相關(guān)基因。主要結(jié)論如下:（1）以高抗CMV的灌木狀辣椒PBC688和不抗CMV的一年生辣椒G29為父母本繁育后代,統(tǒng)計(jì)了父母本、F1、F2群體的發(fā)病率.結(jié)果顯示PBC688病情指數(shù)（DI）小于G29,F1代植株... 

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語(yǔ)表
引言
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 黃瓜花葉病毒(CMV)
        1.1 黃瓜花葉病毒簡(jiǎn)介
        1.2 黃瓜花葉病毒基因組結(jié)構(gòu)
        1.3 黃瓜花葉病毒株系劃分
            1.3.1 根據(jù)寄主范圍和寄主反應(yīng)劃分
            1.3.2 根據(jù)基因組RNA劃分
        1.4 黃瓜花葉病毒傳播途徑與癥狀
        1.5 辣椒抗黃瓜花葉病毒遺傳分析
        1.6 辣椒抗黃瓜花葉病毒相關(guān)QTL定位及連鎖標(biāo)記分析
            1.6.1 辣椒抗CMV相關(guān)QTL定位
            1.6.2 辣椒抗CMV相關(guān)基因的連鎖標(biāo)記分析
        1.7 辣椒抗CMV種質(zhì)資源現(xiàn)狀及抗性機(jī)制分析
            1.7.1 辣椒抗CMV種質(zhì)資源現(xiàn)狀
    2 辣椒抗CMV分子輔助育種
        2.1 分子標(biāo)記類型
            2.1.1 插入/缺失多態(tài)性(Insertion/deletion,Indel)標(biāo)記
            2.1.2 單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記
        2.2 分子標(biāo)記輔助育種類型
            2.2.1 標(biāo)記輔助回交
            2.2.2 基因聚合
            2.2.3 標(biāo)記輔助輪回選擇
            2.2.4 全基因組選擇
    3 高通量測(cè)序NGS和集群分離分析方法BSA
        3.1 高通量測(cè)序(High-Throughput Sequencing)
            3.1.1 高通量測(cè)序(High-Throughput Sequencing)原理與技術(shù)流程
            3.1.2 高通量測(cè)序優(yōu)點(diǎn)
            3.1.3 單分子測(cè)序技術(shù)
            3.1.4 高通量測(cè)序技術(shù)在農(nóng)業(yè)科學(xué)研究中的應(yīng)用
                3.1.4.1 全基因組測(cè)序
                3.1.4.2 基因組重測(cè)序
                3.1.4.3 簡(jiǎn)化基因組測(cè)序
                3.1.4.4 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
        3.2 集群分離分析方法BSA
            3.2.1 DNA池的構(gòu)建
    4 SLAF-seq(specific length amplified fragment se-quencing)技術(shù)
        4.1 多態(tài)性SLAF標(biāo)簽后續(xù)檢驗(yàn)方法
            4.1.1 CAPS標(biāo)記開(kāi)發(fā)
            4.1.2 dCAPS標(biāo)記的開(kāi)發(fā)
            4.1.3 等位基因特異PCR (AS-PCR)
            4.1.4 單鏈構(gòu)象多態(tài)性
第二章 基于SLAF-seq技術(shù)定位辣椒抗黃瓜花葉病毒病基因
    1 辣椒抗CMV表型鑒定
        1.1 材料和方法
            1.1.1 供試材料
            1.1.2 父母本接種CMV方法
                1.1.2.1 接種液制備
                1.1.2.2 接種方法
        1.2 結(jié)果與分析
    2 利用SLAF-seq技術(shù)定位抗CMV關(guān)聯(lián)區(qū)域
        2.1 材料和方法
        2.2 SLAF-seq文庫(kù)構(gòu)建和SLAF-seq標(biāo)簽開(kāi)發(fā)
            2.2.1 酶切方案
            2.2.2 SLAF標(biāo)記開(kāi)發(fā)
            2.2.3 SLAF多態(tài)性分析
            2.2.4 SLAF標(biāo)簽在染色體上的分布
            2.2.5 多態(tài)性SLAF標(biāo)簽篩選
            2.2.6 SNP_index標(biāo)記關(guān)聯(lián)分析
        2.3 重測(cè)序結(jié)果分析
            2.3.1 參考基因組對(duì)比統(tǒng)計(jì)
            2.3.2 SNP檢測(cè)
        2.4 重測(cè)序結(jié)果與SLAF結(jié)果整合分析
            2.4.1 關(guān)聯(lián)區(qū)域分析
        2.5 關(guān)聯(lián)結(jié)果功能分析
            2.5.1 關(guān)聯(lián)區(qū)域基因注釋
            2.5.2 關(guān)聯(lián)區(qū)域內(nèi)基因的KEGG富集分析
            2.5.3 關(guān)聯(lián)區(qū)域內(nèi)基因COG分類統(tǒng)計(jì)
    3 利用Indel標(biāo)記進(jìn)行抗CMV連鎖圖譜的構(gòu)建和QTL定位
        3.1 Indel標(biāo)記的開(kāi)發(fā)
        3.2 Indel標(biāo)記分析的材料與方法
            3.2.1 試驗(yàn)材料
                3.2.1.1 植物DNA的提取
                3.3.1.2 Indel標(biāo)記分析的方法
            3.2.2 InDel標(biāo)記多態(tài)性結(jié)果
        3.3 結(jié)果與分析
        3.4 候選QTL區(qū)域生物信息學(xué)分析確定辣椒抗CMV候選基因
全文結(jié)論
創(chuàng)新之處
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]辣椒抗黃瓜花葉病毒的遺傳力及配合力分析[J]. 姚明華,李寧,王飛,葉志彪.  華中農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2013(01)
[3]甜(辣)椒病毒病室內(nèi)接種鑒定技術(shù)研究[J]. 嚴(yán)立斌,范妍芹,孫英濤,婁曉黎.  河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(05)
[4]辣椒CMV廣州分離物的鑒定及辣椒材料抗病性篩選[J]. 孫秀東,雷建軍,周淑梅,陳國(guó)菊,曹必好,劉愛(ài)媛.  中國(guó)蔬菜. 2008(03)
[5]貴州地方辣椒種質(zhì)資源抗病性評(píng)價(jià)[J]. 吳躍勇,崔德祥.  種子. 2007(10)
[6]陜西辣椒病毒病的毒原鑒定及化學(xué)防治藥劑篩選[J]. 陳麗,樊民周,衛(wèi)軍鋒,安德榮,全鑫.  西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2007(01)
[7]防御酶活性、木質(zhì)素和總酚含量與辣椒抗黃瓜花葉病毒的關(guān)系[J]. 楊輝,沈火林,朱鑫,程杰山,韓清霞,辛秀琛.  中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào). 2006(05)
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[9]辣椒抗病毒病種質(zhì)資源創(chuàng)新研究初報(bào)[J]. 黃啟中,呂中華,黃任中,林清,史思茹,雷蕾.  辣椒雜志. 2004(04)
[10]辣椒主要病害抗性雙列雜交分析[J]. 鄒學(xué)校,侯喜林,陳文超,劉榮云,張竹青,馬艷青,戴雄澤,楊宇紅.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2004(11)

博士論文
[1]辣椒病毒病研究[D]. 張竹青.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009

碩士論文
[1]辣椒抗CMV基因同源序列克隆與分子標(biāo)記研究[D]. 楊學(xué)玲.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[2]辣椒抗黃瓜花葉病毒（CMV）遺傳分析及ISSR分子標(biāo)記篩選[D]. 吳小麗.揚(yáng)州大學(xué) 2007



本文編號(hào)：3501796