早實(shí)核桃雌花芽分化關(guān)鍵microRNA及其靶基因的識(shí)別、鑒定與表達(dá)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-11-17 03:56
核桃(Juglans regia L.)是世界4大堅(jiān)果之一,是我國(guó)重要的經(jīng)濟(jì)林樹種,也是新疆自治區(qū)的特色林果。核桃有早實(shí)和晚實(shí)之分,早實(shí)核桃一般三年就能開花結(jié)實(shí),多數(shù)23年開花,少數(shù)品種可當(dāng)年開花。早實(shí)性是核桃的重要性狀,具有較高的遺傳力。核桃花芽分化研究對(duì)于核桃品種改良、提質(zhì)增效具有重要意義。本研究選用早實(shí)核桃‘新新2’雌花芽不同分化期的雌花芽(F1、F2和F3)和臨界分化期葉芽(JRL),構(gòu)建small RNA(小RNA)和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù),篩選雌花芽分化的關(guān)鍵miRNA,對(duì)其靶基因進(jìn)行驗(yàn)證和表達(dá)分析。主要結(jié)果如下:(1)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序拼接到132154個(gè)Unigene。不同分化期雌花芽間有差異基因2688個(gè),臨界期雌花芽與葉芽間有差異基因551個(gè)。小RNA測(cè)序獲得123個(gè)miRNA,包括51個(gè)已知miRNA和72個(gè)新miRNA。在不同分化期雌花芽及臨界期雌花芽與葉芽間共獲得55個(gè)差異表達(dá)miRNA,包括17個(gè)已知miRNA和38個(gè)新miRNA。jre-miR157a-5p—SPL、jre-miR16...
【文章來源】:石河子大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū) 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:150 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【圖文】:
miRNA介導(dǎo)的植物開花途徑(TeotiaandTang,2015)
1-2 植物 miRNA 的生物合成(Bartel et al.,2004re 1-2 miRNAbiogenesis in plants (Bartel et al.,20機(jī)制基因的結(jié)合大多數(shù)位于 3'-非翻譯區(qū)(3'-untransl5'-非翻譯區(qū)(5'-untranslated region,5'-UTR)種:轉(zhuǎn)錄后水平對(duì)靶 mRNA 的剪切降解、抑制翻譯和 RISC 中后通過堿基互補(bǔ)配對(duì)特異地識(shí)別靶基因 m為,如果 miRNA 與靶基因 mRNA 完全互補(bǔ)配對(duì), 使其降解,反之則抑制靶基因 mRNA 的翻譯(Bar;Park et al.,2005 )。在植物中,由于 miRNA 與靶配對(duì),miRNA 主要通過對(duì)靶 mRNA 的剪切作用導(dǎo)致位點(diǎn)多位于 3'-UTR,miRNA 對(duì) mRNA 的剪切產(chǎn)檢測(cè)。5'RACE 回收片段表明,miRNA 對(duì)其靶 mR的第 9、10 或 11 位堿基(Emery et al.,2003;Milla靶mRNA 的剪切降解作用外,也有一些miRNA通過
法A 提取、cDNA 文庫(kù)的構(gòu)建及 small RNA 測(cè)序態(tài)鑒定結(jié)果(Quan et al.,2019),對(duì)早實(shí)核桃‘新新 2’雌花芽分、中(F_2)、后(F_3)的雌花芽及雌花芽分化臨界期的葉芽(JRRNA 測(cè)序,測(cè)序由北京諾禾致源生物公司完成? RNA 提取采用脂糖凝膠電泳(1.2%)檢測(cè) RNA 的降解程度,Nanodrop 檢測(cè) R/280),Qubit 對(duì) RNA 濃度進(jìn)行精確定量,Agilent2100 精確檢測(cè) R合格后,使用 Small RNA Sample Pre Kit 構(gòu)建文庫(kù),利用 Small RN特殊結(jié)構(gòu)(5'端的磷酸基團(tuán),3'端的羥基),以總 RNA 為起始樣 兩端加上接頭,進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄合成 cDNA。然后進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,PA DNA 片段,切膠回收得到的即為 cDNA 文庫(kù)(圖 2-1)。文庫(kù)構(gòu)建完.0 進(jìn)行初步定量,稀釋文庫(kù)至 1 ng/μl,再采用 Agilent2100 對(duì)文庫(kù)測(cè),最后使用 Q-PCR 對(duì)文庫(kù)的有效濃度進(jìn)行精確定量(文庫(kù)有效合格后進(jìn)行 HiSeq/MiSeq 測(cè)序。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]核桃不定根發(fā)生階段內(nèi)參基因篩選與關(guān)鍵基因表達(dá)分析[J]. 宋曉波,常英英,劉昊,徐慧敏,裴東. 園藝學(xué)報(bào). 2019(10)
[2]梨花芽休眠進(jìn)程中microRNA實(shí)時(shí)定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 馬鑫瑞,李亮,楊夢(mèng)潔,廖正萍,王文婷,劉靖媛,吳少華,李永裕. 分子植物育種. 2018(14)
[3]新疆早實(shí)核桃花芽分化特性研究[J]. 張強(qiáng),寧萬(wàn)軍,黃閩敏,廖康,王國(guó)安. 中國(guó)果樹. 2017(06)
[4]新疆核桃‘溫185’和‘新新2號(hào)’花芽分化特點(diǎn)與成花基因表達(dá)分析[J]. 溫騰健,馬凱,韓立群,王繼勛,胡建芳. 中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(04)
[5]從植物學(xué)角度說核桃[J]. 張志華,裴東. 生命世界. 2016(08)
[6]新疆早實(shí)核桃和晚實(shí)核桃葉綠素?zé)晒馓卣鞑町惐容^[J]. 全紹文,曹福軍,牛建新. 果樹學(xué)報(bào). 2016(07)
[7]大豆干旱脅迫下miRNA與mRNA熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 劉偉燦,王騏,周永剛,鄧宇,趙利旦,王興超,靳京,董園園,王南,王法微,陳歡,李曉薇,李海燕. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2016(02)
[8]與核桃早實(shí)性連鎖的SCAR標(biāo)記基因的克隆與表達(dá)[J]. 曹福軍,葉春秀,牛建新,孫曉霞. 分子植物育種. 2015(06)
[9]石蒜屬植物實(shí)時(shí)熒光定量PCR內(nèi)參基因的選擇[J]. 蔣婷婷,高燕會(huì),童再康. 園藝學(xué)報(bào). 2015(06)
[10]新疆早實(shí)核桃FLOWERING LOCUS C同源基因的克隆與序列分析[J]. 張莉,牛建新. 新疆農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(08)
博士論文
[1]受松—楊柵銹菌侵染的楊樹miRNA表達(dá)特征及其調(diào)控作用[D]. 陳敏.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2017
[2]核桃花芽分化組織學(xué)和激素原位分析研究[D]. 高英.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2014
[3]白菜花粉發(fā)育相關(guān)microRNA的篩選鑒定與功能研究[D]. 江建霞.浙江大學(xué) 2014
[4]‘金冠’蘋果miRNA克隆分析及Md-miRLn11靶向調(diào)控Md-NBS基因表達(dá)影響斑點(diǎn)落葉病抗性研究[D]. 馬超.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[5]葡萄轉(zhuǎn)錄因子SBP家族基因克隆、表達(dá)及功能分析[D]. 侯鴻敏.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2013
[6]葡萄microRNA及其靶基因的識(shí)別、鑒定及作用方式研究[D]. 王晨.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[7]利用抑制性差減雜交研究早實(shí)枳成花轉(zhuǎn)變的分子機(jī)理[D]. 張金智.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[8]草莓microRNA的鑒定及差異表達(dá)研究[D]. 李賀.沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
碩士論文
[1]獼猴桃SBP-box轉(zhuǎn)錄因子基因的鑒定、進(jìn)化及其表達(dá)分析[D]. 祁香寧.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2018
[2]新疆核桃種質(zhì)資源遺傳多樣性分析[D]. 李超.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
本文編號(hào):3500147
【文章來源】:石河子大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū) 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:150 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【圖文】:
miRNA介導(dǎo)的植物開花途徑(TeotiaandTang,2015)
1-2 植物 miRNA 的生物合成(Bartel et al.,2004re 1-2 miRNAbiogenesis in plants (Bartel et al.,20機(jī)制基因的結(jié)合大多數(shù)位于 3'-非翻譯區(qū)(3'-untransl5'-非翻譯區(qū)(5'-untranslated region,5'-UTR)種:轉(zhuǎn)錄后水平對(duì)靶 mRNA 的剪切降解、抑制翻譯和 RISC 中后通過堿基互補(bǔ)配對(duì)特異地識(shí)別靶基因 m為,如果 miRNA 與靶基因 mRNA 完全互補(bǔ)配對(duì), 使其降解,反之則抑制靶基因 mRNA 的翻譯(Bar;Park et al.,2005 )。在植物中,由于 miRNA 與靶配對(duì),miRNA 主要通過對(duì)靶 mRNA 的剪切作用導(dǎo)致位點(diǎn)多位于 3'-UTR,miRNA 對(duì) mRNA 的剪切產(chǎn)檢測(cè)。5'RACE 回收片段表明,miRNA 對(duì)其靶 mR的第 9、10 或 11 位堿基(Emery et al.,2003;Milla靶mRNA 的剪切降解作用外,也有一些miRNA通過
法A 提取、cDNA 文庫(kù)的構(gòu)建及 small RNA 測(cè)序態(tài)鑒定結(jié)果(Quan et al.,2019),對(duì)早實(shí)核桃‘新新 2’雌花芽分、中(F_2)、后(F_3)的雌花芽及雌花芽分化臨界期的葉芽(JRRNA 測(cè)序,測(cè)序由北京諾禾致源生物公司完成? RNA 提取采用脂糖凝膠電泳(1.2%)檢測(cè) RNA 的降解程度,Nanodrop 檢測(cè) R/280),Qubit 對(duì) RNA 濃度進(jìn)行精確定量,Agilent2100 精確檢測(cè) R合格后,使用 Small RNA Sample Pre Kit 構(gòu)建文庫(kù),利用 Small RN特殊結(jié)構(gòu)(5'端的磷酸基團(tuán),3'端的羥基),以總 RNA 為起始樣 兩端加上接頭,進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄合成 cDNA。然后進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,PA DNA 片段,切膠回收得到的即為 cDNA 文庫(kù)(圖 2-1)。文庫(kù)構(gòu)建完.0 進(jìn)行初步定量,稀釋文庫(kù)至 1 ng/μl,再采用 Agilent2100 對(duì)文庫(kù)測(cè),最后使用 Q-PCR 對(duì)文庫(kù)的有效濃度進(jìn)行精確定量(文庫(kù)有效合格后進(jìn)行 HiSeq/MiSeq 測(cè)序。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]核桃不定根發(fā)生階段內(nèi)參基因篩選與關(guān)鍵基因表達(dá)分析[J]. 宋曉波,常英英,劉昊,徐慧敏,裴東. 園藝學(xué)報(bào). 2019(10)
[2]梨花芽休眠進(jìn)程中microRNA實(shí)時(shí)定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 馬鑫瑞,李亮,楊夢(mèng)潔,廖正萍,王文婷,劉靖媛,吳少華,李永裕. 分子植物育種. 2018(14)
[3]新疆早實(shí)核桃花芽分化特性研究[J]. 張強(qiáng),寧萬(wàn)軍,黃閩敏,廖康,王國(guó)安. 中國(guó)果樹. 2017(06)
[4]新疆核桃‘溫185’和‘新新2號(hào)’花芽分化特點(diǎn)與成花基因表達(dá)分析[J]. 溫騰健,馬凱,韓立群,王繼勛,胡建芳. 中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(04)
[5]從植物學(xué)角度說核桃[J]. 張志華,裴東. 生命世界. 2016(08)
[6]新疆早實(shí)核桃和晚實(shí)核桃葉綠素?zé)晒馓卣鞑町惐容^[J]. 全紹文,曹福軍,牛建新. 果樹學(xué)報(bào). 2016(07)
[7]大豆干旱脅迫下miRNA與mRNA熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 劉偉燦,王騏,周永剛,鄧宇,趙利旦,王興超,靳京,董園園,王南,王法微,陳歡,李曉薇,李海燕. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2016(02)
[8]與核桃早實(shí)性連鎖的SCAR標(biāo)記基因的克隆與表達(dá)[J]. 曹福軍,葉春秀,牛建新,孫曉霞. 分子植物育種. 2015(06)
[9]石蒜屬植物實(shí)時(shí)熒光定量PCR內(nèi)參基因的選擇[J]. 蔣婷婷,高燕會(huì),童再康. 園藝學(xué)報(bào). 2015(06)
[10]新疆早實(shí)核桃FLOWERING LOCUS C同源基因的克隆與序列分析[J]. 張莉,牛建新. 新疆農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(08)
博士論文
[1]受松—楊柵銹菌侵染的楊樹miRNA表達(dá)特征及其調(diào)控作用[D]. 陳敏.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2017
[2]核桃花芽分化組織學(xué)和激素原位分析研究[D]. 高英.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2014
[3]白菜花粉發(fā)育相關(guān)microRNA的篩選鑒定與功能研究[D]. 江建霞.浙江大學(xué) 2014
[4]‘金冠’蘋果miRNA克隆分析及Md-miRLn11靶向調(diào)控Md-NBS基因表達(dá)影響斑點(diǎn)落葉病抗性研究[D]. 馬超.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[5]葡萄轉(zhuǎn)錄因子SBP家族基因克隆、表達(dá)及功能分析[D]. 侯鴻敏.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2013
[6]葡萄microRNA及其靶基因的識(shí)別、鑒定及作用方式研究[D]. 王晨.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[7]利用抑制性差減雜交研究早實(shí)枳成花轉(zhuǎn)變的分子機(jī)理[D]. 張金智.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[8]草莓microRNA的鑒定及差異表達(dá)研究[D]. 李賀.沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
碩士論文
[1]獼猴桃SBP-box轉(zhuǎn)錄因子基因的鑒定、進(jìn)化及其表達(dá)分析[D]. 祁香寧.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2018
[2]新疆核桃種質(zhì)資源遺傳多樣性分析[D]. 李超.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
本文編號(hào):3500147
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/yylw/3500147.html
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