芹菜轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)SSR標(biāo)記的開發(fā)及其遺傳多樣性分析
發(fā)布時間:2021-11-11 23:53
芹菜(Apium graveolens)是一種世界范圍內(nèi)重要的葉類蔬菜。目前芹菜的遺傳研究需要一些有價值的分子標(biāo)記。本研究利用GenBank中芹菜3套轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的高質(zhì)量reads,通過序列拼接,得到39 619個unigenes序列,從中共識別到4 034個SSR位點,其中二核苷酸重復(fù)類型最為豐富,占43.9%(1772);其次為單核苷酸(26.7%, 1078)和三核苷酸類型(21.0%, 846);四、五、六核苷酸總計占1.3%(52);其余為復(fù)合型(7.1%, 286)。在設(shè)計的375對SSR引物中,有39對在選擇的5種不同來源的代表性芹菜材料中被成功驗證,產(chǎn)生了清晰而穩(wěn)定的高質(zhì)量特異PCR產(chǎn)物。利用熒光標(biāo)記PCR及多重毛細(xì)管電泳技術(shù),在供試的76種芹菜材料中39個位點共檢測出110個等位變異,平均每個位點2.821個,變化范圍為2~4個;基因型數(shù)目變化范圍為2~9,平均每個位點為4.308;平均多態(tài)信息含量(polymorphism information content, PIC)為0.256,變化范圍為0.013~0.581;鑒別力(power of discrimina...
【文章來源】:農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報. 2020,28(04)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:13 頁
【部分圖文】:
39個SSR標(biāo)記評估的76種芹菜材料遺傳關(guān)系
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于RAPD分子標(biāo)記芹菜品種親緣關(guān)系分析研究[J]. 劉龐源,張寶海,何偉明,趙泓,王慧杰. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2013(27)
[2]玉米SSR分子標(biāo)記的熒光多重PCR體系的構(gòu)建及優(yōu)化[J]. 武文艷,易紅梅,王鳳格,宋偉. 作物雜志. 2012(05)
[3]煙草SSR熒光標(biāo)記與毛細(xì)管電泳檢測技術(shù)研究[J]. 陳雅瓊,李鳳霞,李錫坤,徐軍,張磊,王紹美,孫玉合. 中國煙草科學(xué). 2011(02)
[4]SSR熒光標(biāo)記和銀染技術(shù)的比較分析[J]. 郝晨陽,王蘭芬,賈繼增,董玉琛,張學(xué)勇. 作物學(xué)報. 2005(02)
本文編號:3489787
【文章來源】:農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報. 2020,28(04)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:13 頁
【部分圖文】:
39個SSR標(biāo)記評估的76種芹菜材料遺傳關(guān)系
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于RAPD分子標(biāo)記芹菜品種親緣關(guān)系分析研究[J]. 劉龐源,張寶海,何偉明,趙泓,王慧杰. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2013(27)
[2]玉米SSR分子標(biāo)記的熒光多重PCR體系的構(gòu)建及優(yōu)化[J]. 武文艷,易紅梅,王鳳格,宋偉. 作物雜志. 2012(05)
[3]煙草SSR熒光標(biāo)記與毛細(xì)管電泳檢測技術(shù)研究[J]. 陳雅瓊,李鳳霞,李錫坤,徐軍,張磊,王紹美,孫玉合. 中國煙草科學(xué). 2011(02)
[4]SSR熒光標(biāo)記和銀染技術(shù)的比較分析[J]. 郝晨陽,王蘭芬,賈繼增,董玉琛,張學(xué)勇. 作物學(xué)報. 2005(02)
本文編號:3489787
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