利用Illumina HiSeq 2500高通量測(cè)序平臺(tái),對(duì)刺芹側(cè)耳（Pleurotus eryngii）雙核菌株‘杏韓’及其原生質(zhì)體單核化菌株‘181’和‘183’菌絲的小RNA文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序分析。將測(cè)序獲得的高質(zhì)量reads與Rfam數(shù)據(jù)庫(kù)和刺芹側(cè)耳基因組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì),發(fā)現(xiàn)來(lái)源于rRNA、tRNA、snRNA和snoRNA等非編碼RNA的reads占47.4%,來(lái)源于mRNA降解的reads占15.5%。將剩余的37.1%reads與miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),發(fā)現(xiàn)946條小RNA匹配數(shù)據(jù)庫(kù)中其他物種的成熟miRNA。進(jìn)一步對(duì)這些小RNA在單核菌株和雙核菌株中的表達(dá)量進(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)雙核菌株中高表達(dá)量的小RNA比單核菌株中多19.4%。單核和雙核菌株差異表達(dá)小RNA分析結(jié)果顯示,單核菌株中只有39條小RNA表達(dá)量上調(diào),而雙核菌株中有196條小RNA表達(dá)量上調(diào)。 

【文章來(lái)源】：食用菌學(xué)報(bào). 2020,27(02)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【圖文】：

菌株之間差異表達(dá)小RNA的比例比較

差異表達(dá)小RNA的韋恩圖

2.3 unique reads與miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)分析去除以上數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)后確定了來(lái)源的小RNA,將剩余37.12%的unique reads與miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)[18]中的miRNA進(jìn)行比對(duì)分析,結(jié)果顯示有946條小RNA匹配數(shù)據(jù)庫(kù)中其他物種的成熟miRNA。miRNA家族是一組來(lái)自同一祖先的miRNA,通常具有相似的生物功能,使用miRBase上已知miRNA家族信息對(duì)946條小RNA進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)其中648條小RNA分別屬于217個(gè)家族,另外298條小RNA不屬于任何家族。圖3顯示了包含小RNA條數(shù)排在前20的miRNA家族信息。其中包含了39條小RNA的miR166是一個(gè)高度保守的的小RNA家族,植物中的研究表明該家族的miRNA在種子發(fā)育與抗非生物脅迫中起重要作用[21]。包含36條小RNA的miR159家族也與生長(zhǎng)發(fā)育的調(diào)控密切相關(guān),擬南芥中的miR159通過(guò)抑制miR156來(lái)調(diào)節(jié)幼年期到成年期的轉(zhuǎn)變[22]。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]Identification of microRNA-like RNAs in Ophiocordyceps sinensis[J]. Wen Zhang,Xiaona Li,Lina Ma,Uzair Urrehman,Xilinqiqige Bao,Yujing Zhang,Chen-Yu Zhang,Dongxia Hou,Zhen Zhou.  Science China（Life Sciences）. 2019(03)
[3]食藥用菌系統(tǒng)演化及多組學(xué)研究進(jìn)展[J]. 龔明,汪瀅,尚俊軍,唐利華,尚曉冬,張勁松,譚琦,鮑大鵬.  食用菌學(xué)報(bào). 2018(04)



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