荸薺是一種營養(yǎng)價值很高的水生蔬菜,廣泛種植于世界各地,一經(jīng)病毒感染會嚴重影響其品質(zhì)和產(chǎn)量,使?fàn)I養(yǎng)價值降低。近年來,小RNA深度測序以及生物信息學(xué)分析是鑒定植物病毒的一種高效方法。本研究自2013年至2015年通過對來源于產(chǎn)區(qū)湖北團風(fēng)縣和廣西農(nóng)科院資源圃的荸薺樣品進行了疑似病毒病害調(diào)查,采集其葉狀莖材料進行小RNA深度測序及其生物信息學(xué)分析,PCR擴增及其序列分析獲得一種整合于荸薺基因組中的內(nèi)源性DNA病毒以及2種+ssRNA病毒,明確了以上3種病毒的分子特性；具體取得的結(jié)果如下：1.首次報道荸薺上攜帶屬于大豆褪綠斑駁病毒屬（Soymovirus）的一種內(nèi)源I)NA病毒新成員（WaterChestnut Soymovirus-1,WCSV-1）。荸薺DNA病毒的基因組全長為7,535 bp,與花椰菜花葉病毒科（Caulimoviridae）成員的序列相似性為42%-52%,推導(dǎo)含有9個ORFs,分別編碼MP、CP、RT、轉(zhuǎn)錄激活因子及其他5個假定蛋白,具有與花椰菜花葉病毒科成員類似的保守結(jié)構(gòu)域�；诨蚪M核酸序列和氨基酸序列分析表明該病毒為大豆褪綠斑駁病毒屬（Soymovirus）的一個... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：87 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
第一章 文獻綜述
第二章 荸薺攜帶DNA病毒的鑒定及其分子特性分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 采集荸薺樣品信息
        2.1.2 主要試劑
        2.1.3 小RNA測序及其生物信息學(xué)分析
        2.1.4 CTAB法提取荸薺基因組總DNA
        2.1.5 WCSV-1的PCR檢測田間樣品感染率
        2.1.6 PCR及其產(chǎn)物回收、克隆和測序
        2.1.7 Southern Blot
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 小RNA測序的clean reads數(shù)據(jù)分析
        2.2.2 WCSV-1全基因組序列擴增結(jié)果
        2.2.3 WCSV-1基因組結(jié)構(gòu)及其序列分析
        2.2.4 來源于病毒的sRNAs的分析
        2.2.5 荸薺樣品潛帶WCSV-1的檢測
        2.2.6 Southern Blot分析
    2.3 討論
第三章 荸薺攜帶兩種RNA病毒的基因組克隆及分子特性分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 植物材料與主要試劑
        3.1.2 小RNA測序及生物信息學(xué)分析
        3.1.3 引物設(shè)計與合成
        3.1.4 荸薺樣品總RNA的提取
        3.1.5 cDNA的合成
        3.1.6 RT-PCR
        3.1.7 RT-PCR產(chǎn)物回收、克隆及測序
        3.1.8 WCV-1和WCV-2的檢測引物
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 小RNA測序的數(shù)據(jù)分析
        3.2.2 荸薺WCV-1序列擴增及其分析
        3.2.3 荸薺WCV-2序列擴增及其分析
        3.2.4 田間荸薺樣品潛帶WCV-1和WCV-2的RT-PCR檢測
    3.3 討論
第四章 結(jié)論與展望
參考文獻
附錄1 常用試劑和培養(yǎng)基配方
附錄2 pMD18-T & pMD19-T克隆載體圖譜
附錄3 WCSV-1全基因組序列(7535 nt)
附錄4 研究生期間發(fā)表的研究論文和會議摘要
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]我國水生蔬菜科研與生產(chǎn)發(fā)展概況[J]. 柯衛(wèi)東,黃新芳,李建洪,嚴守雷,劉義滿,李峰.  長江蔬菜. 2015(14)
[2]基于DIG-化學(xué)發(fā)光法的Southern blot方法優(yōu)化[J]. 張曉,張銳,于源華,史計,孟志剛,孫國清,周燾,郭三堆.  生物技術(shù)通報. 2011(09)
[3]菠蘿桿狀DNA病毒的全基因組序列測定及分析[J]. 吳麗婷,阮小蕾,沈文錦,譚小勇,翟國會,李華平.  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(09)
[4]地高辛隨機引物法標(biāo)記探針的Southern雜交技術(shù)優(yōu)化[J]. 周長發(fā),張銳,張曉,羅淑萍,郭三堆.  中國農(nóng)業(yè)科技導(dǎo)報. 2009(04)
[5]蠶豆萎焉病毒2號侵染豌豆的細胞病理變化[J]. 洪健,周雪平.  電子顯微學(xué)報. 2002(05)



本文編號：3445148