番茄Ty基因?qū)YLCV復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和移動(dòng)的影響及TYLCV侵染后番茄的轉(zhuǎn)錄組分析
發(fā)布時(shí)間:2021-09-08 21:25
番茄黃化曲葉病毒病是一類由雙生病毒引起的重要病害,對番茄生產(chǎn)危害極大。源于野生番茄抗性基因的應(yīng)用顯著防止了該病的發(fā)生。為深入了解番茄Ty基因與病毒間的互作,本試驗(yàn)從兩個(gè)方面進(jìn)行研究:(1)分別選擇含有Ty-2、Ty-1/Ty-3、Ty-1/Ty-3a、Ty-4和Ty-5的番茄材料,以我國主流TYLCV株系TYLCV-IL[CN:SH2]為病毒材料進(jìn)行苗期接種,使用熒光定量PCR檢測技術(shù),研究Ty抗性基因?qū)YLCV復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和移動(dòng)的影響;(2)TYLCV侵染28 d后,對Ty-1/Ty-3番茄近等基因系進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,研究Ty-1/Ty-3對TYLCV的抗性機(jī)制。主要研究結(jié)果如下:1.Ty-2具有較好的抑制病毒復(fù)制的能力,且不受季節(jié)影響;Ty-1/Ty-3有一定抑制病毒復(fù)制的能力,但抑制病毒復(fù)制的能力弱于Ty-2;Ty-1/Ty-3a和ty-5對TYLCV復(fù)制的抑制均受季節(jié)影響,春季溫度低時(shí),對TYLCV復(fù)制有強(qiáng)抑制性,秋季溫度高時(shí),抑制力下降;Ty-4春季抑制TYLCV的能力較弱,秋季幾乎沒有抑制力。2.Ty-2能有效抑制病毒表達(dá),且不受季節(jié)影響。春季Ty-1/Ty-3有一定抑制TY...
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】:81 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
英文縮略表
第一章 引言
1.1 TYLCD的分布
1.2 TYLCD的影響因素及發(fā)病癥狀
1.3 TYLCD的傳毒介體和傳毒特性
1.4 TYLCV的研究
1.4.1 TYLCD病原
1.4.2 TYLCV病毒基因組結(jié)構(gòu)
1.4.3 病毒的侵染
1.4.4 病毒的復(fù)制
1.4.5 病毒的轉(zhuǎn)錄
1.4.6 病毒的移動(dòng)
1.5 病毒的致病機(jī)理
1.6 番茄抗Ty基因簡介
1.7 番茄與TYLCV的互作
1.8 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
第二章 番茄Ty基因?qū)YLCV復(fù)制的影響
2.1 試驗(yàn)材料
2.1.1 試驗(yàn)樣品
2.1.2 主要試劑及儀器設(shè)備
2.2 試驗(yàn)方法
2.2.1 pBinPLUS-SH2-1.4A的培養(yǎng)及提取
2.2.2 番茄苗的培養(yǎng)
2.2.3 接種病毒
2.2.4 DNA的提取
2.2.5 引物的設(shè)計(jì)及PCR檢測
2.2.6 熒光定量PCR反應(yīng)體系及條件
2.2.7 絕對定量標(biāo)準(zhǔn)曲線的制備
2.2.8 熒光定量PCR分析
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 TYLCV的特異引物
2.3.2 TYLCV絕對定量標(biāo)準(zhǔn)曲線
2.3.3 春季和秋季不同基因型番茄材料中TYLCV的拷貝情況
2.4 討論
第三章 番茄Ty基因?qū)YLCV表達(dá)的影響
3.1 試驗(yàn)材料
3.1.1 試驗(yàn)樣品
3.1.2 主要試劑及儀器設(shè)備
3.2 試驗(yàn)方法
3.2.1 試驗(yàn)材料的處理
3.2.2 RNA的提取及cDNA第一條鏈的合成
3.2.3 引物的設(shè)計(jì)及PCR檢測
3.2.4 熒光定量PCR反應(yīng)體系及條件
3.2.5 標(biāo)準(zhǔn)曲線的繪制及轉(zhuǎn)錄物的定量與分析
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 TYLCV的6個(gè)基因特異引物的設(shè)計(jì)
3.3.2 TYLCV各基因的絕對定量標(biāo)準(zhǔn)曲線
3.3.3 不同基因型番茄材料中TYLCV各基因的表達(dá)情況
3.4 討論
第四章 番茄Ty基因?qū)YLCV移動(dòng)的影響
4.1 試驗(yàn)材料
4.2 試驗(yàn)方法
4.3 試驗(yàn)結(jié)果與分析
4.3.1 TYLCV在番茄材料中的移動(dòng)情況
4.3.2 供試番茄材料的發(fā)病情況
4.4 討論
第五章 TYLCV侵染番茄的轉(zhuǎn)錄組分析
5.1 試驗(yàn)材料及試劑
5.2 材料處理
5.3 轉(zhuǎn)錄組的測序與分析
5.3.1 Illunima測序
5.3.2 基因組參考序列比對
5.3.3 基因表達(dá)量的注釋
5.3.4 基因差異表達(dá)分析
5.3.5 GO功能注釋及功能分析
5.3.6 KEGG pathway分析
5.4 試驗(yàn)結(jié)果
5.4.1 測序產(chǎn)量統(tǒng)計(jì)、序列質(zhì)量評價(jià)
5.4.2 差異表達(dá)基因的篩選
5.4.3 差異基因的GO富集分析
5.4.4 KEGG代謝通路分析
5.4.5 光合作用途徑中差異表達(dá)的基因
5.4.6 Ty-1/Ty-3 候選基因的表達(dá)情況
5.5 討論
全文結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡歷
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]植物中依賴RNA的RNA聚合酶6(RDR6)研究進(jìn)展[J]. 吳冰月,陳華濤,許曉明,崔瑾,陳新. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2013(S1)
[2]番茄黃化曲葉病毒的實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測[J]. 林銘,胡鴻,杜永臣,高建昌,王孝宣,國艷梅. 中國蔬菜. 2013(02)
[3]番茄黃化曲葉病毒侵染對番茄葉片光合及熒光特性的影響[J]. 于力,閻君,郭世榮,黑銀秀,許爽,朱為民. 上海農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2012(03)
[4]番茄黃化曲葉病研究進(jìn)展[J]. 張愛紅,劉帥,邸墊平,孫茜,苗洪芹. 河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(08)
[5]我國番茄黃化曲葉病發(fā)生規(guī)律和研究進(jìn)展[J]. 李小靖,葉志彪. 長江蔬菜. 2010(02)
[6]番茄黃化曲葉病及其抗病育種研究進(jìn)展[J]. 余文貴,趙統(tǒng)敏,楊瑪麗,趙麗萍. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2009(04)
[7]B型煙粉虱的入侵機(jī)理與控制基礎(chǔ)——國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃“農(nóng)林危險(xiǎn)生物入侵機(jī)理與控制基礎(chǔ)研究”進(jìn)展[J]. 萬方浩,張桂芬,劉樹生,羅晨,褚棟,張友軍,臧連生,糾敏,呂志創(chuàng),崔旭紅,張麗萍,張帆,張青文,劉萬學(xué),梁沛,雷仲仁,張永軍. 中國科學(xué)(C輯:生命科學(xué)). 2009(02)
[8]侵染廣西煙草的中國番茄黃化曲葉病毒及其伴隨的衛(wèi)星DNA分子的基因組特征[J]. 徐幼平,周雪平. 微生物學(xué)報(bào). 2006(03)
[9]侵染云南白肋煙的中國番茄黃化曲葉病毒及伴隨衛(wèi)星DNA分子的基因組特征[J]. 李桂新,范三微,李正和,謝艷,周雪平. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2003(05)
[10]黃瓜花葉病毒對煙草葉片和葉綠體光合活性的影響[J]. 王春梅,施定基,朱水芳,田波,魏寧生. 植物學(xué)報(bào). 2000(04)
博士論文
[1]侵染我國番茄雙生病毒種類鑒定及致病性分析[D]. 張輝.浙江大學(xué) 2009
[2]煙粉虱、二種植物雙生病毒(TYLCCNV、TbCSV)和寄主植物三者之間的互作[D]. 糾敏.浙江大學(xué) 2006
碩士論文
[1]不同番茄抗病基因型和溫度對TYLCV復(fù)制的影響[D]. 林銘.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2013
本文編號:3391512
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】:81 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
英文縮略表
第一章 引言
1.1 TYLCD的分布
1.2 TYLCD的影響因素及發(fā)病癥狀
1.3 TYLCD的傳毒介體和傳毒特性
1.4 TYLCV的研究
1.4.1 TYLCD病原
1.4.2 TYLCV病毒基因組結(jié)構(gòu)
1.4.3 病毒的侵染
1.4.4 病毒的復(fù)制
1.4.5 病毒的轉(zhuǎn)錄
1.4.6 病毒的移動(dòng)
1.5 病毒的致病機(jī)理
1.6 番茄抗Ty基因簡介
1.7 番茄與TYLCV的互作
1.8 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
第二章 番茄Ty基因?qū)YLCV復(fù)制的影響
2.1 試驗(yàn)材料
2.1.1 試驗(yàn)樣品
2.1.2 主要試劑及儀器設(shè)備
2.2 試驗(yàn)方法
2.2.1 pBinPLUS-SH2-1.4A的培養(yǎng)及提取
2.2.2 番茄苗的培養(yǎng)
2.2.3 接種病毒
2.2.4 DNA的提取
2.2.5 引物的設(shè)計(jì)及PCR檢測
2.2.6 熒光定量PCR反應(yīng)體系及條件
2.2.7 絕對定量標(biāo)準(zhǔn)曲線的制備
2.2.8 熒光定量PCR分析
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 TYLCV的特異引物
2.3.2 TYLCV絕對定量標(biāo)準(zhǔn)曲線
2.3.3 春季和秋季不同基因型番茄材料中TYLCV的拷貝情況
2.4 討論
第三章 番茄Ty基因?qū)YLCV表達(dá)的影響
3.1 試驗(yàn)材料
3.1.1 試驗(yàn)樣品
3.1.2 主要試劑及儀器設(shè)備
3.2 試驗(yàn)方法
3.2.1 試驗(yàn)材料的處理
3.2.2 RNA的提取及cDNA第一條鏈的合成
3.2.3 引物的設(shè)計(jì)及PCR檢測
3.2.4 熒光定量PCR反應(yīng)體系及條件
3.2.5 標(biāo)準(zhǔn)曲線的繪制及轉(zhuǎn)錄物的定量與分析
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 TYLCV的6個(gè)基因特異引物的設(shè)計(jì)
3.3.2 TYLCV各基因的絕對定量標(biāo)準(zhǔn)曲線
3.3.3 不同基因型番茄材料中TYLCV各基因的表達(dá)情況
3.4 討論
第四章 番茄Ty基因?qū)YLCV移動(dòng)的影響
4.1 試驗(yàn)材料
4.2 試驗(yàn)方法
4.3 試驗(yàn)結(jié)果與分析
4.3.1 TYLCV在番茄材料中的移動(dòng)情況
4.3.2 供試番茄材料的發(fā)病情況
4.4 討論
第五章 TYLCV侵染番茄的轉(zhuǎn)錄組分析
5.1 試驗(yàn)材料及試劑
5.2 材料處理
5.3 轉(zhuǎn)錄組的測序與分析
5.3.1 Illunima測序
5.3.2 基因組參考序列比對
5.3.3 基因表達(dá)量的注釋
5.3.4 基因差異表達(dá)分析
5.3.5 GO功能注釋及功能分析
5.3.6 KEGG pathway分析
5.4 試驗(yàn)結(jié)果
5.4.1 測序產(chǎn)量統(tǒng)計(jì)、序列質(zhì)量評價(jià)
5.4.2 差異表達(dá)基因的篩選
5.4.3 差異基因的GO富集分析
5.4.4 KEGG代謝通路分析
5.4.5 光合作用途徑中差異表達(dá)的基因
5.4.6 Ty-1/Ty-3 候選基因的表達(dá)情況
5.5 討論
全文結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡歷
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]植物中依賴RNA的RNA聚合酶6(RDR6)研究進(jìn)展[J]. 吳冰月,陳華濤,許曉明,崔瑾,陳新. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2013(S1)
[2]番茄黃化曲葉病毒的實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測[J]. 林銘,胡鴻,杜永臣,高建昌,王孝宣,國艷梅. 中國蔬菜. 2013(02)
[3]番茄黃化曲葉病毒侵染對番茄葉片光合及熒光特性的影響[J]. 于力,閻君,郭世榮,黑銀秀,許爽,朱為民. 上海農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2012(03)
[4]番茄黃化曲葉病研究進(jìn)展[J]. 張愛紅,劉帥,邸墊平,孫茜,苗洪芹. 河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(08)
[5]我國番茄黃化曲葉病發(fā)生規(guī)律和研究進(jìn)展[J]. 李小靖,葉志彪. 長江蔬菜. 2010(02)
[6]番茄黃化曲葉病及其抗病育種研究進(jìn)展[J]. 余文貴,趙統(tǒng)敏,楊瑪麗,趙麗萍. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2009(04)
[7]B型煙粉虱的入侵機(jī)理與控制基礎(chǔ)——國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃“農(nóng)林危險(xiǎn)生物入侵機(jī)理與控制基礎(chǔ)研究”進(jìn)展[J]. 萬方浩,張桂芬,劉樹生,羅晨,褚棟,張友軍,臧連生,糾敏,呂志創(chuàng),崔旭紅,張麗萍,張帆,張青文,劉萬學(xué),梁沛,雷仲仁,張永軍. 中國科學(xué)(C輯:生命科學(xué)). 2009(02)
[8]侵染廣西煙草的中國番茄黃化曲葉病毒及其伴隨的衛(wèi)星DNA分子的基因組特征[J]. 徐幼平,周雪平. 微生物學(xué)報(bào). 2006(03)
[9]侵染云南白肋煙的中國番茄黃化曲葉病毒及伴隨衛(wèi)星DNA分子的基因組特征[J]. 李桂新,范三微,李正和,謝艷,周雪平. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2003(05)
[10]黃瓜花葉病毒對煙草葉片和葉綠體光合活性的影響[J]. 王春梅,施定基,朱水芳,田波,魏寧生. 植物學(xué)報(bào). 2000(04)
博士論文
[1]侵染我國番茄雙生病毒種類鑒定及致病性分析[D]. 張輝.浙江大學(xué) 2009
[2]煙粉虱、二種植物雙生病毒(TYLCCNV、TbCSV)和寄主植物三者之間的互作[D]. 糾敏.浙江大學(xué) 2006
碩士論文
[1]不同番茄抗病基因型和溫度對TYLCV復(fù)制的影響[D]. 林銘.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2013
本文編號:3391512
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