越橘杜鵑花類菌根共生相關(guān)miRNA前體克隆及功能初探
發(fā)布時(shí)間:2021-08-20 04:39
越橘的果實(shí)富含碳水化合物及多種微量元素,具有多種生理活性功能。在自然界中,越橘根系一般會(huì)與真菌共生形成菌根,其可促進(jìn)越橘對(duì)營養(yǎng)和水分的吸收,增加越橘對(duì)環(huán)境脅迫的抵抗能力。侵染越橘的菌根真菌為內(nèi)生菌根真菌,專性寄生杜鵑花科植物,被稱為杜鵑花類菌根真菌(Ericoid mycorrhizal fungi,EMF)。大量研究顯示MicroRNA(miRNA)在菌根形成過程中起著重要作用,為挖掘菌根共生相關(guān)miRNA并了解其作用機(jī)制,本研究從菌根侵染過程中差異表達(dá)的miRNA入手,分析其靶基因功能以及miRNA對(duì)其靶基因的調(diào)控作用;并通過miRNA過表達(dá)及沉默策略分析miRNA前體功能。研究結(jié)果如下:(1)以越橘組培苗為材料,對(duì)越橘根系接種杜鵑花類菌根真菌Cryptosporiopsis ericae菌株ZE103;對(duì)未接種及接種一、二、三周的越橘毛根組織實(shí)施轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。對(duì)過濾后的轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘,篩選出9種差異表達(dá)miRNA的靶基因Unigene。對(duì)149個(gè)miRNA靶基因的GO富集分析顯示,miRNA靶基因主要富集于細(xì)胞(Cell)、細(xì)胞結(jié)構(gòu)(Cell part)、細(xì)胞器(Organ...
【文章來源】:東北林業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:71 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖2-1轉(zhuǎn)錄組de?novo組裝圖解??Figure?2-1?Schematic?overview?of?the?assembly?process?in?transcriptome?de?novo??
圖2-3?9種miRNA預(yù)測(cè)?
調(diào)控作用。??Level2?GO?terms?of?all??120?1?卜?79.47??100-?r?66.23??1|」丨|上??k曙丨??/??、?^?^?c/?pj-ncess.??/?穿》.?/?^?-ilijia??Comno^nt??I?§?/?/?Woiecuiar?Fimcticr:??/?/?/?/?/?/??Biological?Process?Cellular?Component?Molecular?Function??圖2-4差異miRNA靶基因GO二級(jí)Term注釋結(jié)果??Figure?2-4?Secondary?GO-term?annotation?result?of?target?genes?cut?by?differential??expression?miRNAs??2.3.4?9種miRNA朝基因的KEGG通路分析??KEGG功能富集結(jié)果顯示,9種miRNA靶基因可富集至22條調(diào)控途徑。依據(jù)各通??路的大類進(jìn)行排序,基因信息處理(Genetic?information?processing)及代謝(Metabolism)??類所包含的基因數(shù)較多,分別為68和65個(gè)。在各調(diào)控途徑中,剪接體調(diào)控途徑??(Splicesome.?ko03040?)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白加工途徑(Protein?processing?in?endoplasmic??reticulum.?ko04141?)、核糖體生物發(fā)生途徑(Ribosome?biogenesis?in?eukaryotes.?ko03008)??及胞吞作用調(diào)控途徑(End〇Cyt〇Sis,k〇04144)富集的基因數(shù)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]菌根真菌提高植物耐鹽性的研究進(jìn)展[J]. 張建峰,謝金宏,田磊,吉麗,陳德國,田春杰. 北方園藝. 2019(23)
[2]miR-186過表達(dá)慢病毒載體的構(gòu)建及鑒定[J]. 李勝男,王夢(mèng)旭,胡偉東,陳少鳳,陳杏蘭,李友. 吉林大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2019(05)
[3]叢枝菌根真菌提高林木抗逆性機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 胡華英,曹升,張虹,周垂帆,何宗明,馬祥慶. 世界林業(yè)研究. 2019(02)
[4]改進(jìn)莖環(huán)引物RT-PCR法實(shí)時(shí)定量檢測(cè)microRNA[J]. 薛慧慧,馬驍驍,朱長保,晁天柱,肖君華,周宇荀. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2014(28)
博士論文
[1]礦質(zhì)養(yǎng)分對(duì)枳(Poncirus trifoliata L.Raf)根毛生長發(fā)育的影響及其與叢枝菌根形成的關(guān)系[D]. 曹秀.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
本文編號(hào):3352830
【文章來源】:東北林業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:71 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖2-1轉(zhuǎn)錄組de?novo組裝圖解??Figure?2-1?Schematic?overview?of?the?assembly?process?in?transcriptome?de?novo??
圖2-3?9種miRNA預(yù)測(cè)?
調(diào)控作用。??Level2?GO?terms?of?all??120?1?卜?79.47??100-?r?66.23??1|」丨|上??k曙丨??/??、?^?^?c/?pj-ncess.??/?穿》.?/?^?-ilijia??Comno^nt??I?§?/?/?Woiecuiar?Fimcticr:??/?/?/?/?/?/??Biological?Process?Cellular?Component?Molecular?Function??圖2-4差異miRNA靶基因GO二級(jí)Term注釋結(jié)果??Figure?2-4?Secondary?GO-term?annotation?result?of?target?genes?cut?by?differential??expression?miRNAs??2.3.4?9種miRNA朝基因的KEGG通路分析??KEGG功能富集結(jié)果顯示,9種miRNA靶基因可富集至22條調(diào)控途徑。依據(jù)各通??路的大類進(jìn)行排序,基因信息處理(Genetic?information?processing)及代謝(Metabolism)??類所包含的基因數(shù)較多,分別為68和65個(gè)。在各調(diào)控途徑中,剪接體調(diào)控途徑??(Splicesome.?ko03040?)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白加工途徑(Protein?processing?in?endoplasmic??reticulum.?ko04141?)、核糖體生物發(fā)生途徑(Ribosome?biogenesis?in?eukaryotes.?ko03008)??及胞吞作用調(diào)控途徑(End〇Cyt〇Sis,k〇04144)富集的基因數(shù)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]菌根真菌提高植物耐鹽性的研究進(jìn)展[J]. 張建峰,謝金宏,田磊,吉麗,陳德國,田春杰. 北方園藝. 2019(23)
[2]miR-186過表達(dá)慢病毒載體的構(gòu)建及鑒定[J]. 李勝男,王夢(mèng)旭,胡偉東,陳少鳳,陳杏蘭,李友. 吉林大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2019(05)
[3]叢枝菌根真菌提高林木抗逆性機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 胡華英,曹升,張虹,周垂帆,何宗明,馬祥慶. 世界林業(yè)研究. 2019(02)
[4]改進(jìn)莖環(huán)引物RT-PCR法實(shí)時(shí)定量檢測(cè)microRNA[J]. 薛慧慧,馬驍驍,朱長保,晁天柱,肖君華,周宇荀. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2014(28)
博士論文
[1]礦質(zhì)養(yǎng)分對(duì)枳(Poncirus trifoliata L.Raf)根毛生長發(fā)育的影響及其與叢枝菌根形成的關(guān)系[D]. 曹秀.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
本文編號(hào):3352830
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