生菜散種與葉色性狀的遺傳分析及基因定位
發(fā)布時間:2021-07-21 20:35
散種(shattering)是指植物的種子成熟后,種子從植株上脫落的特性。在豆科、禾本科等植物中散種的調(diào)控機(jī)制已有深入研究,而在菊科植物中相關(guān)研究較少,散種調(diào)控機(jī)理還未知。為定位克隆生菜中控制散種性狀的基因,實驗室利用已有的栽培生菜W111(不散種)和野生生菜PI491245(散種)雜交后自交獲得F2代散種分離群體,該表型分離比符合孟德爾分離定律(散種:不散≈3:1)。利用該群體定位調(diào)控散種性狀的候選基因。根據(jù)實驗室已有分離群體,將控制散種性狀的目的基因定位在6號染色體9.280Mb~17.002Mb之間,約7.72Mb。利用RNA測序的240份萵苣材料進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,結(jié)合功能注釋,預(yù)測LG6581050與LG6580947為控制生菜散種性狀的候選基因,它們的功能分別是乙烯相關(guān)因子和多聚半乳糖醛酸酶的。分析候選基因的表達(dá)量,LG6581050在生菜花托和苞片的表達(dá)量高于其他組織,而LG6580947在生菜的不同組織中都有表達(dá)。對散種近等基因系材料的總苞和花托進(jìn)行了乙烯和細(xì)胞壁成分進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)乙烯含量在不散種和散種材料中無明顯差異,而纖維素和果膠在不散種材料中顯著高...
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:75 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
落粒性基因的調(diào)控解析(茍亞軍等,2019)
生菜散種性狀與葉片紅色深淺的基因定位及遺傳分析5圖2擬南芥離層區(qū)發(fā)育的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。紅色箭頭,基因正調(diào)控;黑色虛線箭頭,基因負(fù)調(diào)控;方括號,多個基因負(fù)調(diào)控(Vittorietal.,2019)Fig.2TheregulatorynetworkforthedifferentiationoftissuesthatarenecessaryforpoddehiscenceinArabidopsis.Redarrows,positivegeneregulation;blackdashedarrows,negativegeneregulation;squarebrackets,negativeregulationonmorethanonegene(Vittorietal.,2019)1.1.3.5激素對種子脫落的作用植物激素是植物體內(nèi)的信號分子,能調(diào)控植物的生長發(fā)育。脫落酸在種子等器官的脫落中起直接作用(Xieetal.,2017)。生長素含量的高低會影響種子的落粒性,例如在擬南芥中,瓣膜邊緣分離層中生長素含量達(dá)到最低限度會引起IND基因的表達(dá),促進(jìn)種子的脫落(Sorefanetal.,2009)。SPAT-ULA(SPT)基因是一個bHLH轉(zhuǎn)錄因子,是生殖器官發(fā)育所必需的,IND和SPT參與調(diào)節(jié)瓣膜邊緣生長素的轉(zhuǎn)運,并相互作用調(diào)控離層區(qū)的形成(Girinetal.,2011)。植物激素細(xì)胞分裂素在雌蕊、果實形態(tài)和形態(tài)建成中起重要作用,細(xì)胞分裂素和生長素在植物生長發(fā)育過程中有拮抗作用(Marschmartinezetal.,2012)。研究表明,細(xì)胞分裂素信號途徑活躍于瓣膜邊緣,細(xì)胞分裂素對于瓣膜邊緣細(xì)胞的分化具有重要作用,在shp1/2和ind突變體中,未成熟的果實的細(xì)胞分裂素可以促進(jìn)瓣膜邊緣細(xì)胞的形成(Klee,2004),進(jìn)而促進(jìn)果莢的開裂。乙烯作為植物激素,可以調(diào)節(jié)花和種子的脫落,乙烯含量的增加通常與組織衰老和細(xì)胞應(yīng)激有關(guān)。乙烯轉(zhuǎn)錄因子(ETR1、EIN2、EIN3)在離層形成中起作用,能促進(jìn)離層的發(fā)育。此外,乙烯是生長素的有效抑制劑,乙烯和生長素之間的平衡和相互作用可能是調(diào)控和決定脫落的關(guān)鍵因素(Xieetal.,2017)。赤霉
生菜散種性狀與葉片紅色深淺的基因定位及遺傳分析111.2.2.10.1超表達(dá)載體構(gòu)建為驗證候選基因的功能,構(gòu)建了候選基因的超量表達(dá)載體。擴(kuò)增目的基因全長,從ATG開始到終止密碼子,在正引物的5’端加上接頭序列:CAAGTTCTTCACTGTTGATACATATG,在反向引物的5’端加上接頭序列:CCCGGGGTCGACGGGCATATG,以cDNA為模版進(jìn)行擴(kuò)增,用高保真酶(南京諾唯贊生物科技有限公司)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,獲得外源片段。將NdeI酶切后的PRI101-GFP載體(圖3)與外源片段進(jìn)行同源重組(同源重組的方法見附錄2),同源重組產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌Trans-T1感受態(tài)(北京全式金生物技術(shù)公司),利用Pri101-F/R引物檢測大腸桿菌菌落,檢測獲得的陽性單克隆,送公司進(jìn)行測序(武漢天一輝遠(yuǎn)生物科技有限公司),對序列正確的陽性菌落進(jìn)行菌液保存與質(zhì)粒提取,質(zhì)粒轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌感受態(tài)GV3101(上海唯地生物技術(shù)有限公司),利用Pri101-F/R引物檢測農(nóng)桿菌菌落,陽性菌落加入50%甘油保存于-80℃。圖3PRI-101-GFP載體示意圖Fig.3PRI-101-GFPVectorsketch1.2.2.10.2CRISPR敲除載體構(gòu)建為進(jìn)一步驗證候選基因的功能,構(gòu)建候選基因敲除載體,進(jìn)行遺傳轉(zhuǎn)化,觀察轉(zhuǎn)基因陽性苗表型。敲除載體構(gòu)建:利用華中農(nóng)業(yè)大學(xué)建立的gRNA設(shè)計網(wǎng)站http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/,將目的基因LG6581050與LG6580947的cDNA序列導(dǎo)入該網(wǎng)址,設(shè)計gRNA。在gRNA兩頭加上引物接頭,其中以gRNA2反向序列加上相應(yīng)接頭作為反向引物,以質(zhì)粒pCBC-DT1T2為模板使用高保真酶擴(kuò)增目的序列。用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物大小是否正確,將正確的PCR產(chǎn)物與BsaI酶切好的PKSE401載體進(jìn)行同源重組(圖4),同源重組產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌Trans-T1感受態(tài)(北京全式金生物技術(shù)公司),利用引物
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]廣東雷州雜草稻sh4和qSH1基因的功能SNP位點序列分析[J]. 夏啟玉,曹揚,孔華,李美英,張麗麗,賀萍萍,張雨良,郭安平. 熱帶作物學(xué)報. 2020(01)
[2]水稻落粒性的研究進(jìn)展[J]. 茍亞軍,楊維豐,林少俊,高彥昊,欒鑫. 中國水稻科學(xué). 2019(06)
[3]UV-A和UV-B提高甘藍(lán)幼苗花青素含量以及調(diào)控基因表達(dá)分析[J]. 齊艷,邢燕霞,鄭禾,孫倩倩,李殿波,王晉芳,石錦,趙冰,郭仰東. 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2014(02)
[4]植物花青素合成相關(guān)的bHLH轉(zhuǎn)錄因子[J]. 楊鵬程,周波,李玉花. 植物生理學(xué)報. 2012(08)
[5]環(huán)境因子調(diào)控植物花青素苷合成及呈色的機(jī)理[J]. 胡可,韓科廳,戴思蘭. 植物學(xué)報. 2010(03)
[6]重復(fù)序列及異染色質(zhì)化在植物性染色體重組抑制中的作用[J]. 高武軍,謝璐,盧靖雯,鄧傳良,盧龍斗. 遺傳. 2010(01)
[7]植物器官脫落分子生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 王翔,陳曉博,李愛麗,毛龍. 作物學(xué)報. 2009(03)
[8]植物花青素代謝途徑分析及調(diào)控模型建立[J]. 張寧,胡宗利,陳緒清,侯曉姝,李勇,陳國平. 中國生物工程雜志. 2008(01)
[9]植物花青素生物合成中的調(diào)控基因[J]. 劉仕蕓,黃艷嵐,張樹珍. 植物生理學(xué)通訊. 2006(04)
[10]氣相色譜法速測翠冠梨中乙烯含量[J]. 吳友根,陳金印,龐會忠,朱俊英. 現(xiàn)代化農(nóng)業(yè). 2003(03)
碩士論文
[1]裸燕麥落粒性相關(guān)AnQ基因的克隆和表達(dá)特性研究[D]. 張凱.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]生菜葉片紅色調(diào)控基因的克隆與功能驗證[D]. 趙冬梅.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
本文編號:3295730
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:75 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
落粒性基因的調(diào)控解析(茍亞軍等,2019)
生菜散種性狀與葉片紅色深淺的基因定位及遺傳分析5圖2擬南芥離層區(qū)發(fā)育的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。紅色箭頭,基因正調(diào)控;黑色虛線箭頭,基因負(fù)調(diào)控;方括號,多個基因負(fù)調(diào)控(Vittorietal.,2019)Fig.2TheregulatorynetworkforthedifferentiationoftissuesthatarenecessaryforpoddehiscenceinArabidopsis.Redarrows,positivegeneregulation;blackdashedarrows,negativegeneregulation;squarebrackets,negativeregulationonmorethanonegene(Vittorietal.,2019)1.1.3.5激素對種子脫落的作用植物激素是植物體內(nèi)的信號分子,能調(diào)控植物的生長發(fā)育。脫落酸在種子等器官的脫落中起直接作用(Xieetal.,2017)。生長素含量的高低會影響種子的落粒性,例如在擬南芥中,瓣膜邊緣分離層中生長素含量達(dá)到最低限度會引起IND基因的表達(dá),促進(jìn)種子的脫落(Sorefanetal.,2009)。SPAT-ULA(SPT)基因是一個bHLH轉(zhuǎn)錄因子,是生殖器官發(fā)育所必需的,IND和SPT參與調(diào)節(jié)瓣膜邊緣生長素的轉(zhuǎn)運,并相互作用調(diào)控離層區(qū)的形成(Girinetal.,2011)。植物激素細(xì)胞分裂素在雌蕊、果實形態(tài)和形態(tài)建成中起重要作用,細(xì)胞分裂素和生長素在植物生長發(fā)育過程中有拮抗作用(Marschmartinezetal.,2012)。研究表明,細(xì)胞分裂素信號途徑活躍于瓣膜邊緣,細(xì)胞分裂素對于瓣膜邊緣細(xì)胞的分化具有重要作用,在shp1/2和ind突變體中,未成熟的果實的細(xì)胞分裂素可以促進(jìn)瓣膜邊緣細(xì)胞的形成(Klee,2004),進(jìn)而促進(jìn)果莢的開裂。乙烯作為植物激素,可以調(diào)節(jié)花和種子的脫落,乙烯含量的增加通常與組織衰老和細(xì)胞應(yīng)激有關(guān)。乙烯轉(zhuǎn)錄因子(ETR1、EIN2、EIN3)在離層形成中起作用,能促進(jìn)離層的發(fā)育。此外,乙烯是生長素的有效抑制劑,乙烯和生長素之間的平衡和相互作用可能是調(diào)控和決定脫落的關(guān)鍵因素(Xieetal.,2017)。赤霉
生菜散種性狀與葉片紅色深淺的基因定位及遺傳分析111.2.2.10.1超表達(dá)載體構(gòu)建為驗證候選基因的功能,構(gòu)建了候選基因的超量表達(dá)載體。擴(kuò)增目的基因全長,從ATG開始到終止密碼子,在正引物的5’端加上接頭序列:CAAGTTCTTCACTGTTGATACATATG,在反向引物的5’端加上接頭序列:CCCGGGGTCGACGGGCATATG,以cDNA為模版進(jìn)行擴(kuò)增,用高保真酶(南京諾唯贊生物科技有限公司)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,獲得外源片段。將NdeI酶切后的PRI101-GFP載體(圖3)與外源片段進(jìn)行同源重組(同源重組的方法見附錄2),同源重組產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌Trans-T1感受態(tài)(北京全式金生物技術(shù)公司),利用Pri101-F/R引物檢測大腸桿菌菌落,檢測獲得的陽性單克隆,送公司進(jìn)行測序(武漢天一輝遠(yuǎn)生物科技有限公司),對序列正確的陽性菌落進(jìn)行菌液保存與質(zhì)粒提取,質(zhì)粒轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌感受態(tài)GV3101(上海唯地生物技術(shù)有限公司),利用Pri101-F/R引物檢測農(nóng)桿菌菌落,陽性菌落加入50%甘油保存于-80℃。圖3PRI-101-GFP載體示意圖Fig.3PRI-101-GFPVectorsketch1.2.2.10.2CRISPR敲除載體構(gòu)建為進(jìn)一步驗證候選基因的功能,構(gòu)建候選基因敲除載體,進(jìn)行遺傳轉(zhuǎn)化,觀察轉(zhuǎn)基因陽性苗表型。敲除載體構(gòu)建:利用華中農(nóng)業(yè)大學(xué)建立的gRNA設(shè)計網(wǎng)站http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/,將目的基因LG6581050與LG6580947的cDNA序列導(dǎo)入該網(wǎng)址,設(shè)計gRNA。在gRNA兩頭加上引物接頭,其中以gRNA2反向序列加上相應(yīng)接頭作為反向引物,以質(zhì)粒pCBC-DT1T2為模板使用高保真酶擴(kuò)增目的序列。用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物大小是否正確,將正確的PCR產(chǎn)物與BsaI酶切好的PKSE401載體進(jìn)行同源重組(圖4),同源重組產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌Trans-T1感受態(tài)(北京全式金生物技術(shù)公司),利用引物
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]廣東雷州雜草稻sh4和qSH1基因的功能SNP位點序列分析[J]. 夏啟玉,曹揚,孔華,李美英,張麗麗,賀萍萍,張雨良,郭安平. 熱帶作物學(xué)報. 2020(01)
[2]水稻落粒性的研究進(jìn)展[J]. 茍亞軍,楊維豐,林少俊,高彥昊,欒鑫. 中國水稻科學(xué). 2019(06)
[3]UV-A和UV-B提高甘藍(lán)幼苗花青素含量以及調(diào)控基因表達(dá)分析[J]. 齊艷,邢燕霞,鄭禾,孫倩倩,李殿波,王晉芳,石錦,趙冰,郭仰東. 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2014(02)
[4]植物花青素合成相關(guān)的bHLH轉(zhuǎn)錄因子[J]. 楊鵬程,周波,李玉花. 植物生理學(xué)報. 2012(08)
[5]環(huán)境因子調(diào)控植物花青素苷合成及呈色的機(jī)理[J]. 胡可,韓科廳,戴思蘭. 植物學(xué)報. 2010(03)
[6]重復(fù)序列及異染色質(zhì)化在植物性染色體重組抑制中的作用[J]. 高武軍,謝璐,盧靖雯,鄧傳良,盧龍斗. 遺傳. 2010(01)
[7]植物器官脫落分子生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 王翔,陳曉博,李愛麗,毛龍. 作物學(xué)報. 2009(03)
[8]植物花青素代謝途徑分析及調(diào)控模型建立[J]. 張寧,胡宗利,陳緒清,侯曉姝,李勇,陳國平. 中國生物工程雜志. 2008(01)
[9]植物花青素生物合成中的調(diào)控基因[J]. 劉仕蕓,黃艷嵐,張樹珍. 植物生理學(xué)通訊. 2006(04)
[10]氣相色譜法速測翠冠梨中乙烯含量[J]. 吳友根,陳金印,龐會忠,朱俊英. 現(xiàn)代化農(nóng)業(yè). 2003(03)
碩士論文
[1]裸燕麥落粒性相關(guān)AnQ基因的克隆和表達(dá)特性研究[D]. 張凱.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]生菜葉片紅色調(diào)控基因的克隆與功能驗證[D]. 趙冬梅.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
本文編號:3295730
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